賈寶玉夢遊太虛幻境，翻看了金陵十二钗正冊。按照警幻仙姑的介紹，這是金陵十二冠首女子，擇緊要地錄入了正冊，出現的先後順序分别是：林黛玉、薛寶钗、賈元春、賈探春、史湘雲、妙玉、賈迎春、賈惜春、王熙鳳、巧姐、李纨、秦可卿。這十二個人命運遭遇各不相同，在書中的地位也不相同。如果這些人中11個人是賈寶玉的家人或親戚，妙玉和賈寶玉非親非故，卻排在了第六，将賈府四春拆開夾了塞，為什麼她能進入十二钗并排名第六呢，我們還要看妙玉和賈寶玉的關系。
妙玉是個尼姑，因為從小多病，遁入空門帶發修行。她的祖上是仕宦之家，本人也通文墨，模樣長得極好，跟随師父到了長安都中，元春省親，下請帖将她請來賈府，居住在賈府的家廟栊翠庵。
妙玉在書中出現的回目并不多，前八十回中僅僅有六回提到她，這六回中她真正出場了四回，出場的五回中有三回她主動向賈寶玉示好，次次如願。
第一次提到她，是在判詞中出現，她的曲子是《世難容》，第二次提到她是在17-18回中，借林之孝家的口來說出她不肯進入賈府，理由是“侯門公府，必以貴勢壓人，我再不去的”，等王夫人下文章備車轎才肯答應，這兩次她本人沒有出場，但是通過鋪墊我們已經知道妙玉性格孤傲。
她真正出場是在第四十一回，妙玉進入賈府已經有一段時間來，但是她沒有和賈府的人有什麼來往，還是保持相對的獨立。劉外婆來榮國府，賈母帶着這些人到妙玉到栊翠庵品茶，她依然是保持她的孤高的脾氣，隻是給賈母捧了一杯茶。然後悄悄拉了一下寶钗和黛玉的衣襟，連同寶玉一起去她的耳房内喝體己茶。
在長達兩頁的内容中，寶钗全程沒有說話，林黛玉也僅僅問了一句“這也是舊年的雨水”，遭了妙玉一頓搶白“你這個人，竟是個大俗人”，其餘都是賈寶玉和妙玉的對話，林黛玉本是绛珠仙子，超凡脫俗，在妙玉眼裡也成了大俗人，何況是鄉野村婦劉外婆呢 ，劉外婆用了庵中的成窯杯子，她就要把那個杯子扔掉。
她給林黛玉和薛寶钗喝茶用的杯子是古董茶杯，給賈寶玉用的是自己日常喝茶用的綠玉鬥。和一個青年男子共用一個茶杯喝茶，這對于普通的女孩可能也難以接受，妙玉的這種舉動表明她對賈寶玉别樣的情愫。
其實我們可以這樣猜想，在大觀園中的栊翠庵，是與世隔絕的。賈母此番帶人到來，妙玉悄悄拉着薛寶钗林黛玉去喝體己茶，是醉翁之意不在酒，為的就是和賈寶玉有近距離的接觸，是以全程都是她和賈寶玉的談話，林黛玉中斷他們談話的發問才會遭到妙玉的搶白。
當遭到搶白後的林黛玉覺得妙玉天性怪癖，不好多話，也不好多坐起身約着寶钗出來的時候，妙玉依然和賈寶玉談笑風生意猶未盡，寶玉這個鐘情于女兒的多情公子，也非常善解妙玉的心意，怕來的這些人髒了栊翠庵，命小麼打水洗地，說得妙玉滿心歡喜。俗話說千人寵不如一人懂，整日孤燈清影陪伴的妙玉遇見有人懂她，必然是欣喜的，而這個懂她的人又是自己鐘情的賈寶玉，其内心難免會波瀾起伏。
第五十回，蘆雪庵聯詩賈寶玉落後，李纨喜歡栊翠庵的梅花，卻讨厭妙玉為人，于是罰賈寶玉前去向妙玉讨要梅花。賈寶玉欣然前行，但是當李纨命丫頭跟着的時候，被林黛玉勸住了，她說“有人反不好得了”。林黛玉的意思表達得很明确，如果賈寶玉自己去，會很容易要來紅梅，有外人在場，能不能取回來，就兩說了。
林黛玉何以說出這樣的話，前面栊翠庵品茶的時候，林黛玉已經有所察覺，戀愛中的女孩在這方面可以說有特異功能一樣。果然賈寶玉很快就将梅花帶回。
從蘆雪庵詠詩聯句之後，這一行人又去了惜春的暖香塢，從暖香塢說笑一會兒出來後，賈母等人發現了站在山坡上的寶玉和寶琴二人。原來賈寶玉又去來栊翠庵，寶琴遙遙地站在山坡上等他，寶玉說道“我才又去了一趟栊翠庵，妙玉每人送你們一枝梅花”，顯然這又是他們兩人的單獨相處，第一次乞梅之後，是不是妙玉再次邀約也未可知，大機率是了。
我們看第一次乞梅之前的賈寶玉，本來文才枯竭，乞梅之後馬上賦詩一首
酒未開樽句未裁，尋春問臘到蓬萊。
不求大士瓶中露，為乞孀娥檻外梅。
入世冷挑紅雪去，離塵香割紫雲來。
槎枒誰惜詩肩瘦，衣上猶沾佛院苔。
賈寶玉這首詩做得很有意思，他将讨要梅花，寫成了“尋春”，女孩子情窦初開被稱為“春心萌動”，這裡有了幾分愛情的味道，同時他将妙玉看成了嫦娥，嫦娥常年待在月宮中，是寂寞的，寂寞中的嫦娥後悔吃下長生不老藥，一直在思念凡間。那成天呆在庵中的妙玉呢，不也是凡心萌動，情愫暗生嗎？
尤其是詩的最後一句“衣上猶沾佛院苔”，賈寶玉雖然從庵中回來，但是他的衣服上仿佛還沾着佛院中的青苔，他的心思還在庵中，是以後來衆人去探春那裡，寶玉又第二次去了栊翠庵。
第六十三回賈寶玉過生日，妙玉特意讓人送來一張粉紅色的信箋，上面寫着“檻外人妙玉恭訴遙扣芳辰”的生日賀貼，少女心爆棚，賈寶玉對于妙玉的這個文章也是相當重視，當時跳了起來，責怪小丫頭沒有立刻告訴他，看的比誰的文章都要緊，這是少男少女之間的互相吸引，妙玉鐘情于寶玉，但是作為世外人，又必須克制着但是她一主動，必然能得到賈寶玉的回應，次次如願。
在賈寶玉心中，妙玉是有吸引力的，妙玉也是塵緣未了，在七十六回，林黛玉和史湘雲聯詩的時候，妙玉也參與了進來，可以想象，賈府一家賞月的時候，妙玉是在旁邊偷偷關注的。言談中她直接将自己定位成“閨閣女子”，并且聯句中有“芳情隻自遣，雅趣向誰言”的句子，這一腔情感，也隻有是對寶玉吧。
妙玉“氣質美如蘭，才華阜比仙”但是“王孫公子總無緣”，妙玉的結局是不幸的，終陷泥淖中，未曾逃脫薄命司的命運，她和賈寶玉是知己，是好友，關系密切，進入金陵十二钗也理所當然。