公元7世紀成為阿拉伯帝國的一部分。阿拉伯人不斷移入，并和當地土著居民同化，逐漸形成了現代巴勒斯坦阿拉伯人。此後的幾千年，耶路撒冷一直是由巴勒斯坦阿拉伯人居住，直到二戰期間。在這期間他們抗擊十字軍等侵略者，付出了大量的犧牲。
二戰後，猶太人大量從其他地區遷入，同時驅逐巴勒斯坦人，改變了當地的人口成分。
耶路撒冷能夠成為三教聖城的最主要原因當然是它獨一無二的曆史程序；而它之是以仍然被尊奉至今，而不是像曆史上其他五花八門的許多“聖地”一樣煙消雲散或者隻剩殘骸，則是和近一個世紀的政治格局分不開的。這麼排耶路撒冷的曆史分期也許能把問題說得清楚一點（括号内是該時期城市中最強大的宗教勢力）：
一.聖殿時期（猶太教）
對耶路撒冷的控制權，最有發言權的民族大概就是猶太人。如果按照“自古以來”的定義，正是猶太人在耶路撒冷最早期的曆史上建設了這座城市。最早的猶太王國在此定都、興建聖殿，猶太人可以說是耶路撒冷的造物主。
最開始耶路撒冷所在的地方就是一個小村莊，後來因為它在迦南地區（Cannan，也就是今天的巴勒斯坦地區）的地理優勢——向西可以俯瞰從埃及到小亞細亞/美索不達米亞的地中海沿岸商路，向東可以監視該地區最重要的水源約旦河——而被當地的土著人建成一個小型要塞。
二.耶稣傳教與羅馬帝國統治後期（基督教）
猶太人被羅馬人趕走後，耶路撒冷這座城市就開始在不同教派的手中轉移。一開始這裡被羅馬人改造成了偉大的基督教城市。猶太教和基督教本來就有着藕斷絲連的親緣關系，耶路撒冷成為兩教聖地并不特别奇怪。
耶路撒冷及周邊的統治權落到了希律王的手中，他是一個口口聲聲說自己是猶太人但其實比羅馬人還更像羅馬人的以東人（真繞。。。），并且是凱撒的好基友（還救過凱撒一命）。是以名義上猶太人還掌握着耶路撒冷，實際上羅馬人想當占領軍是分分鐘的事。根據聖經新約（希伯來聖經當然是沒有這一段的）記載，耶稣就是出生在希律王的統治時期。
猶太人覺得生活處處受制于羅馬人很不爽了，不斷起義，在哈德良做皇帝的時候，羅馬人徹底忍不了城中猶太人沒完沒了的反抗，幹脆把耶路撒冷整個兒鏟平了，猶太人也就開始大流散。
三.阿拉伯帝國崛起與擴張（伊斯蘭教）
耶路撒冷對穆斯林來說的重要之處，在于先知默罕默德在這裡完成過一次升天的壯舉。為了紀念默罕默德在聖訓中提到的夜晚飛升之處，阿拉伯人建設了兩座清真寺，也就是著名的圓頂清真寺和阿克薩清真寺。
不過由于當時阿拉伯帝國如日中天信心爆棚，和同時期的東土大唐一樣對宗教和民族特别寬容，連猶太人都被允許常回家看看。
400年後，阿拉伯帝國光輝不在，新王朝的哈裡發對民族混雜的耶路撒冷局勢有點慌張，便開始迫害猶太人和基督徒。最出格的行為，就是把基督徒苦苦追尋幾百年的聖墓教堂給拆了。這在宗教層面上直接導緻了第一次十字軍東征，歐洲基督徒和穆斯林之間持續至今的沖突開場了。
四.十字軍東征（基督教）
十字軍雖然奪回了耶路撒冷，但是駐守當地的基督教小國家各懷鬼胎，在和阿拉伯英雄薩拉丁的戰鬥中落敗。即使獅心王出面也沒有能夠挽回敗局，耶路撒冷又成了穆斯林城市。雖然城市所屬的國家寂靜起手，這個城市屬于穆斯林的狀态卻一直沒有改變。
五.混戰及之後奧斯曼帝國的統治（伊斯蘭教)
1517年，新崛起的奧斯曼帝國攻占了耶路撒冷，這個苦難的城市終于可以有喘息的機會了，奧斯曼統治下的耶路撒冷經曆了緩慢的複興，比如蘇萊曼大帝就重建了圓頂清真寺和城牆。
當歐洲國家開始步入近代化社會的時候，對東方充滿好奇的探險者和傳教士們可以毫無限制地進出這座城市。而真正改變這座城市今後命運的，是此時在東歐愈演愈烈的反猶主義。先是信奉正統猶太教、相信彌賽亞救贖的宗教人士大量湧入耶路撒冷慢慢地改變了這座城市的人口比例，之後，随着猶太複國主義的誕生，越來越多年輕的東歐猶太人也來到了巴勒斯坦地區。在奧斯曼土耳其人的統治下，當地的阿拉伯人還能在一定程度上與新來的猶太移民保持着相對良好的關系（反正大家都是被統治階級，再加上猶太人口占整個地區人口的比例還是相對較小）。但随後在第一次世界大戰期間，英法聯軍幾經周折終于幹翻了奧斯曼帝國，成功進入耶路撒冷。
六.現代以色列（猶太教）
在英國的主持下，聯合國于1947年表決通過了181号決議，将耶路撒冷周邊東至阿布迪斯，南至伯利恒，西至艾因卡裡姆，北至舒法特的地區，單獨成立一個獨立個體。城中居民不屬于以色列，也不屬于巴勒斯坦。1948年，更是把這個獨立體劃歸聯合國托管理事會代管。
由于是聯合國大會表決通過的決議，且五大佬均點頭同意，這個決定就帶有了明确的國際限制力。在法理上，世界各國，尤其是主導這次決議的歐洲國家，都不承認耶路撒冷是以色列的城市。
20年後，借着第三次中東戰争，以色列人完全收複了耶路撒冷全城。為了明确這座重點城市的國家地位，1980年以色列國會通過了著名的《耶路撒冷法》，确定了耶路撒冷的法定首都地位——當然國際社會是不承認的，非但不承認還嚴厲譴責以色列。
至于巴勒斯坦阿拉伯人，隻能幽怨地看着以色列的倔強，順便畫畫圈圈詛咒這幫外來戶了……當然，他們也把法定首都設在耶路撒冷，更準确地說是約旦曾經占據過的耶路撒冷東部。
就這樣，耶路撒冷成為了兩個國家的首都，以及名義上的國際代管區域。在談判桌上，這裡的歸屬問題可能永遠都糾纏不清了。