徐達、李文忠等人雖然攻占了北京，但是北元的勢力仍然不能小觑，特别是王保保的存在。也許是因為輕敵，在長期戰争中，徐達沒有敗在過王保保手中。由此，1372年的這場戰争過于冒進了，緻使15萬精銳大軍死傷了數萬人馬。蒙古自此與明朝對峙了200多年。
徐達與王保保的交往，常勝将軍徐達
作為朱元璋手下第一武将，徐達與王保保的初次交鋒在至正二十六年（1366年），徐達率軍進攻張士誠的大學營高郵時，王保保率兵南下進攻朱元璋，因為朱元璋判斷正确要求徐達早做準備，是以，王保保未與徐達交鋒便撤退了。
其後，徐州戰役中王保保被徐達打敗，損兵萬餘。徐達北伐攻占大都之前，二人保持着友好關系。王保保為儲存實力未與徐達交戰，徐達也未進攻山西。
占領大都後，洪武元年（1368年）八月十五，朱元璋指令徐達攻占山西。此即西征。西征的主要目的就是讓王保保放棄收複大都，順勢攻下山西等地。
太原之戰，王保保在徐達、常遇春、傅友德的攻打下大敗，其主因是王保保手下大将蒙古将領霍鼻馬暗中投降，王保保損失了四萬餘人。1369年正月，山西全部解放，王保保逃往甘肅。稍後，常遇春、李文忠攻占陝西。
其後，徐達大軍進攻今天的甘肅、甯夏，圍繞着慶陽展開了拉鋸戰。九月份，徐達奉命回到了南京（應天）。王保保便率軍不斷南下，在這種情況下，徐達再次北上。
1370年正月初三，“征虜大将軍”徐達，領西路軍進攻王保保；左副将軍李文忠，進攻應昌（内蒙古阿巴哈納爾旗西南）。
1370年大勝，造成徐達輕敵
洪武三年（1370年）正月十三，王保保為奪取定西州進攻周邊地區。三月二十九日，徐達率部抵達。王保保率10萬大軍搶占了有利地形車道岘（通現）。徐達出安定進駐沈兒峪，在王保保營寨附近的深溝對面紮營。
四月初八，王保保派精兵千餘人繞道徐達之後，以奇兵攻打東南營，徐達慌忙率兵殺退敵兵。氣憤之下，徐達将東南大營的指揮趙将軍等數人斬殺。第二天雙方決戰，王保保僅率妻兒數人逃走。徐達獲得大勝，活捉兩位王爺、一位國公，俘虜北元将士8萬6千多人，戰馬1萬5千多匹。郭英奉命追趕王保保到甯夏，而王保保則逃往和林（蒙古國哈爾和林）。五月十六日，李文忠攻陷應昌，活捉元順帝嫡孫及後妃、宮人。
這一場戰争下來，北元處在了岌岌可危狀态。元順帝之子昭宗與王保保徹底捐棄前嫌，準備力保北元的存在。元順帝曾拒絕前往西部蒙古諸部（西道諸王）合兵，也拒絕了前往東部蒙古諸部（東道諸王）合兵的建議。但元順帝之子昭宗并未聽從建議，而是繼續北上和林。由此，奠定了天元帝被鞑鞑所殺的曆史悲劇。
1372年兵敗嶺北，徐達慘敗
嶺北在哪裡？嶺北全稱嶺北等處行中書省，是蒙古帝國管理外蒙古到北冰洋的廣大地區。其統治核心就是成吉思汗興起之地，首輔在和林。
洪武五年（1372年）正月二十二，朱元璋召集文武大臣讨論北元問題。徐達主動請纓實行北征。朱元璋沉默良久後，同意了這一建議。
朱元璋發兵15萬，以徐達為主将，分兵三路進攻北元。徐達中路大軍的目的是誘使北元主力與明軍決戰，當時，北元尚控制嶺北、遼陽、甘肅、雲南四地，嶺北則是北元的根據地，是以徐達為主力。
左副将李文忠率東路軍和1370年偷襲應昌類似，也是長途奔襲和林。西路軍的統帥征西将軍則是負責牽制元朝在甘肅以西地區的蒙古諸王。
藍玉率部充目前鋒，藍玉在二月，于野馬川（蒙古烏蘭巴托以南）與蒙古交戰。在三月二十日徐達與王保保交戰，大敗，其原因主要是輕敵死傷萬餘人（也有說數萬）。徐達靠退守營壘一個半月才獲得喘息，最終撤回。
同時，馮勝率西路軍大獲全勝。六月底，李文忠部因為迷失了方向，大部分将士饑渴而亡。李文忠一線戰死了宣甯侯曹良臣、周顯、常榮、張耀等數名員大将，就連李文忠也被流箭射中。
三路大軍隻有馮勝這一路軍獲得極大成就，但因為其戰略地位較弱，明朝上下對此并不重視。結果最終導緻了馮勝在此一戰後，被朱元璋下令撤軍。為了嫌麻煩，馮勝找個理由徹底撤出了甘肅地區。
北元為何不聯系其他蒙古政權
徐達兵占北京後，元順帝仍然有百萬人馬，到了洪武五年（1372年），明朝開始正式實行衛所制時正規軍兵力120萬人，雙方相距不多。北元兵力主要分三路，哈納出二十多萬在遼東，王保保居右，元順帝居中。
但是，問題是元末農民大起義中，由于元順帝太子和元順帝争權，再加上實力自保心理，北元各部衆間協調配合不好。再加上，元順帝東部諸王、西部諸王與中央之間的沖突，使得最終“黃金家族”沒落，北元成立不到34年便覆滅了。
盡管，王保保是以戰而被重用，元順帝之子昭宗也奮發圖強，但是，因為上述原因，北元根本沒有辦法對明朝産生緻命威脅。
到了洪武二十年（1387年），朱元璋終于報了這大敗之仇，派藍玉出兵北元。結果，北元天元帝（一說是元順帝孫子，一說是昭宗的親弟弟）被忽必烈的弟弟阿裡不哥的後裔殺死。北元滅亡。
此戰對于北元的唯一好處是拖延了滅亡時間，此戰後，朱元璋主要采用了修生養息的政策，一直對北元進行政治上的拉攏，大規模北上、力圖一舉消滅北元的政策暫時擱置了。