袁崇煥誅殺毛文龍一事，在曆史中頗受争議。有人說，此舉是鏟除國賊；也有人說，這是袁崇煥的政治抱負，意在誅殺異己。那麼，真相到底是怎樣的呢？毛文龍又犯了什麼錯誤呢？
根據文獻記載，袁崇煥誅殺毛文龍的直接原因，是因為毛文龍不聽号令，這才使其忍無可忍，痛下狠手。毛文龍作為朝中大将，袁崇煥在未經禀報皇帝的情況下，擅自做主殺之，這種後果無疑是十分嚴重的。
但是，意外的是，崇祯皇帝知道此事後，不僅沒有生氣，反而對袁崇煥贊賞有加，這種反應未免令人匪夷所思。
正如上文所說，真正促使袁崇煥下手的原因，是源于毛文龍霸占東江之地，不聽軍令。毛文龍的身份是東江總兵，後來，又加封至左都督，身配尚方寶劍，可謂是榮耀一時。毋庸置疑，毛文龍此人是有能力的，尤其是率軍作戰，堪稱明代一員良将。
但同時，他也有狂妄自大的一面，令朝中大臣避而遠之。毛文龍作為征戰多年的老将，脾氣暴烈，性情耿直，這本是無可厚非。
但是，換個角度去想，帶兵之人又豈能是文弱書生之輩呢。粗犷沒有錯，自傲也可以了解，這些都不是毛文龍的主要問題，最根本的是，他在失去朝廷信任的同時，亦頑固不化，桀骜不馴，擁兵自重，無疑更加令朝廷警惕。
袁崇煥此行上任，或多或少是受到了朝廷的訓示，但是否得到指令誅殺袁崇煥，這點尚不可知。文獻記載，兩人的沖突主要由于戰略的分歧，袁崇煥精心制定有平遼戰略，需要控制東江的毛文龍進行配合，但毛文龍性情孤傲，自然不願意受制于他人。
由此，二人沖突加深，至後期時已經不可調和。
袁崇煥上任後不久，甯遠、錦州等軍事要地相繼發生兵變，令他臉上有些無光。袁崇煥認為，作為守護邊關重鎮的軍隊，卻軍備廢弛、派系林立，是應該進行大力整肅一番。而毛文龍所領的軍隊，首當其沖成為整肅的第一個目标。
作為東江地區的“土皇帝”，毛文龍自然不甘任人擺布。論名望，他不差于袁崇煥，論勢力，他手中有二十萬兵力，還真的不會害怕一個袁崇煥。
根據文獻記載，袁崇煥來到東江一處島嶼，緻書毛文龍前來一見。不久後，毛文龍即率領着三千将士趕到，而袁崇煥并未帶多少人，場面一時有些尴尬。初見面時，二人熱情寒暄，好似多年的老朋友，氣氛融洽。
但是，當袁崇煥把話題轉到設饷甯遠、更定營制、增設監司等事時，毛文龍面色瞬變，強硬拒絕袁崇煥的一切要求。至此，會談破裂，袁崇煥碰了一鼻子灰，他了解毛文龍的性格，既然這次談不攏，以後肯定會成為禍患。于是，他心中起了殺心，決意除掉這個抗令的變數。
毛文龍作為手握重兵的統領，想要誅殺談何容易，袁崇煥遂采取智取的方式，以計殺之。
六月五日，袁崇煥在營中舉辦了一場聯歡活動，名為“校射領賞”，參與的不僅有袁崇煥的數百親兵，還邀請了毛文龍及其三千将士前來。顯然，袁崇煥醉翁之意不在酒，他邀請毛文龍等人前來，無疑是要一網打盡。
活動開始前，袁崇煥對東江地區的官員進行慰問，并承諾在活動之後，每人都有賞賜。衆人聽後，欣喜不已，毛文龍也性情高漲，對着衆人道：“這些人都是我的兒孫。”此話一出，令袁崇煥為之一驚，他沒有想到，毛文龍勢力已壯大到了這種地步，來訪的東江官員，皆是毛氏一族。
這種公然在軍中培養家族親信的做法，無疑觸犯了袁崇煥的大忌，更加堅定其内心的誅毛決心。随後，趁着全軍士兵狂歡飲酒時，袁崇煥暗下把己方的親信士兵遣走，不久後，場上就隻剩下毛文龍的士兵。
見時機已到，袁崇煥一聲令下，周圍瞬間沖出數千位全副武裝的士兵，把毛文龍一行人包圍在内。由于事發突然，且毛文龍部都在飲酒，身上并未攜帶武器，是以，他們輕而易舉被袁崇煥控制。袁崇煥命人束住毛文龍，曆數其十二條罪狀，對毛文龍執行死刑。
在場的毛氏三千将士見狀，皆一片嘩然，但是，礙于眼前形勢，無人敢挺身反對。宣布罪狀後，袁崇煥當即拔出皇帝所賜寶劍，将毛文龍斬殺。
事後，袁崇煥對毛文龍進行厚葬，并在隔日祭拜時，痛哭流涕道：“我本不忍殺你，但朝廷法律不可抗拒，希望你泉下能夠了解。今天我來向你祭拜，也是念及你我二人同僚之情。”袁崇煥的這種表現，究竟是裝模作樣，還是确實心有愧疚，這或許誰也不知道。
這裡，我們再來看看崇祯皇帝的心思。
誅殺毛文龍後，袁崇煥第一時間向崇祯皇帝告知了此事。他在呈上的書信中說：“毛文龍是朝中大将，并非我能夠擅自誅殺的。今我犯了大忌，已準備好草席、麻袋，甘願領死。”崇祯皇帝看完信後，震怒不已。
明知不可殺，卻依舊擅自做主誅殺，殺掉後，還正義凜然求死，這不是打皇帝的臉嘛。不過，憤怒歸憤怒，崇祯皇帝還是有着一絲理智的，眼下毛文龍已死，朝中大将稀缺，如果殺掉袁崇煥，恐将對朝廷不利。
更何況，後金軍隊頻頻來犯，邊關地區還需要袁崇煥主持大局，萬不可殺掉。思忖一番後，崇祯皇帝強壓怒氣，對袁崇煥贊賞有加，甚至還安慰他，不要把“誅殺毛文龍”一事放在心裡。顯然，袁崇煥頭腦是十分聰明的。他明白自己對于明室朝廷的作用，這才敢擅自殺掉毛文龍。
但是，他卻小看了崇祯皇帝的城府。崇祯皇帝派袁崇煥至邊關地區，目的是借其鉗制毛文龍壯大。然而毛文龍之死，打亂了崇祯皇帝的一切計劃。邊關軍權落入袁崇煥手中，這對于崇祯皇帝來說，并不是什麼好事。對他來說，袁崇煥一旦失去利用價值，就是殒命之時。
袁崇煥控制東江時，多次向朝廷增要糧饷。但每次所取糧饷的數量，都要超過東江軍隊所需的數量，崇祯皇帝懷疑袁崇煥暗藏糧饷。盡管如此，在國家危難面前，他還是選擇了妥協，以讨好袁崇煥。糧饷派送三個月後，皇太極即率軍攻破關口，京城岌岌可危。
崇祯皇帝大怒，把内心怒火發洩至袁崇煥身上。本身來說，崇祯皇帝就有誅殺袁崇煥之一，若不是依仗他鎮守關口，或許早已殺之後快。不曾想，一味的妥協順從，還是未能保住關口，眼下，袁崇煥失去了利用價值，崇祯皇帝新賬舊賬一起算，以“通敵罪”将其殺死。
魏忠賢遺黨王永光、高捷、袁弘勳、史褷等人想趁機給魏忠賢報仇，以擅自與後金軍議和、擅殺毛文龍兩條罪名定袁崇煥死罪，并意圖一并殺死錢龍錫。崇祯三年八月，袁崇煥被淩遲處死活剮三千刀，家人被流徙三千裡，并抄沒家産，實則家無餘财。
那麼，此時的袁崇煥到底應不應該殺？
後世對于袁崇煥的評價，主要是通過毛文龍展現。若毛文龍是當代功勳，那麼，袁崇煥就是誅殺功勳，最後，落得凄慘下場就屬于罪有應得。可是，若是毛文龍之死咎由自取，那麼，袁崇煥的死，則會顯得悲壯許多。對于學術界來說，最重要的是弄清毛文龍該不該殺？
這是古今一直争論的問題，有人覺得毛文龍該殺，否則，早晚會成禍患，而有的人則覺得，毛文龍之死，隻是袁崇煥達成政治野心的第一步。換言之，真正的問題在于袁崇煥身上，毛文龍隻是政治的犧牲品。具體真相如何，我們已無從考證，但可從後世給出的說法上，一窺真相。
首先，我們先來說說毛文龍該殺的理由：
須知，古時軍隊作戰，軍令為基本。袁崇煥作為抗金前線總指揮官，他有着指令毛文龍的資格，然毛文龍卻抗命不從，這已經犯了兵家大忌。若是不殺一儆百，勢必會造成軍心動搖，甚至出現大批效仿者。這樣的話，整個軍隊就是一盤散沙，談何資本與後金軍隊作戰？
袁崇煥誅殺毛文龍，不僅是為了穩定軍心，更多的是塑造個人威嚴，整肅軍紀。根據上文可知，軍紀松懈、軍備廢弛的軍隊很多，為何袁崇煥僅挑毛文龍下手？
其實，原因也很簡單。
一是毛文龍桀骜不馴，跋扈盛行，最難限制，袁崇煥借機殺一儆百，可以有效震懾其他蠢蠢欲動将領。
二是普遍有傳毛文龍通敵後金，盡管沒有實質證據，但袁崇煥作為前線總指揮官，有必要引起足夠重視，加之毛文龍抗拒軍令，無疑加大了通敵的可能性。綜合之下，袁崇煥選擇誅殺毛文龍，絕除後患。這樣看來，袁崇煥并未有什麼過錯。
其次，我們再來說說毛文龍不該殺的理由：
上文已說，毛文龍作戰能力卓著，多次在戰鬥中重創後金軍隊，榮立戰功。可以說，在正面戰場上，後金軍隊最為懼怕的就是毛文龍，甚至，達到聞之色變的地步。
有人認為，毛文龍與後金議和之事，應當是皇太極方面的計策，借袁崇煥之手除掉毛文龍。毛文龍死後，軍心渙散，原本忠毛的士兵盡皆叛逃，邊關軍隊戰鬥力下滑嚴重。以至于後來，僅憑袁崇煥一己之力，是不足以抵抗後金大軍的。
是以，明朝的滅亡，與毛文龍之死有着很大關聯。
現今，丹東大鹿島上的毛文龍碑亭内設有石碑兩塊，分别立于天啟六年和崇祯元年，其中，崇祯元年所立之碑的正面銘刻着毛文龍的铮铮誓言：“指日恢複全遼，神色苞孕于此，吾侪赤心報國，忠義指據于此。”碑的背面，镌刻着毛文龍等衆将士的官職和姓名。