羅馬與迦太基的争霸戰争以羅馬人的勝利畫上了句号，但很快一個新的敵人出現了，那就是懸挂着骷髅旗的強大海盜！
公元前146年，羅馬軍隊潮水一般湧進了迦太基城，攻占了這座曾控制大部分地中海地區的堡壘。在落日的餘晖下，幾位羅馬統帥望着城中的團團濃煙和遠處遼闊的領地，不由松了一口氣，羅馬人和腓尼基人長達117年的血腥戰争終于以羅馬軍隊的勝利ji畫上了句号！戰争的勝利促進了商業的發達，古羅馬的商業中心奧斯提亞港變得更加繁忙，大批被羅馬帝國奴役的民族交納的貢品如食品、糧食、木材、牲畜、鑽石、珍珠、黃金、象牙、香料源源不斷地從這裡運往各省。
羅馬貴族們把古希臘的豪華别墅、埃及的珍貴文物拆裝上船，從這裡運往自己的領地。羅馬人從奧斯提亞港出發，駛往地中海沿岸，去掠奪一切可能到手的财富。正當羅馬人沉浸在太平盛世之中時，一些船長卻頻頻向元老院的貴族們報告：他們正受到海盜的威脅！這群海盜們兇勇殘暴，搶劫商船，将那些有錢的商人抓起來作人質以收取贖金，并揚言進攻一些港口城市以要挾羅馬人。海盜們還殺害無辜、侵害婦女，貴婦淑女們也難以幸免。
元老院上下大為憤怒，居然有人還敢挑戰強大的羅馬帝國！他們派出軍隊圍捕，但總是一無所獲，而商船遇難的消息連續不斷，繁榮的奧斯提亞港變得蕭條冷落。同時由于糧食價格暴漲，平民們因饑餓而一次次暴亂，嚴重地威脅了帝國的安全。羅馬人意識到自己犯了一個錯誤，誤認為打垮了迦太基人後海上的敵人就永遠消失了。實際上海上運送的财富讓海盜們垂涎三尺，他們聯合起來，在擁有強大海軍的本都王國國王的支援和庇護下，迅速擴大艦船數量，懸挂起象征死亡的骷髅旗，封鎖了地中海的主要海上通道，肆意攻擊和掠奪羅馬人的船隊。
公元前67年，羅馬元老院委任著名軍事統帥龐培負責圍剿海盜。精幹的龐培認為海盜難以對付，請求給他三年的時間完成使命。他建造了500艘帆槳船，這些船輕巧而快速，他還組建了一支有12000名步兵和5000名騎兵的部隊以鏟除沿岸的海盜據點，水陸并進搜尋戰機。終于，他以一艘載滿珍寶的大船為誘餌，使大隊海盜上了鈎。戰鬥異常激烈，海盜們傷亡慘重，地中海西部的海盜基本肅清了。龐培一鼓作氣，揮師東進，駛向奇裡乞亞海盜活動猖狂地區。驕橫的海盜們，與羅馬軍隊在科拉克西附近海域展開決戰。這天海浪洶湧，殺聲震天。面對新組建的羅馬艦隊，海盜們傻了眼，昔日那些龐大笨拙的戰船不見了，清一色的快船将海盜們沖得七零八落。這一戰，海盜們損失了1300隻船，2萬海盜被俘，1萬戰死，羅馬人取得了前所未有的勝利。
龐培下令處死了數百名海盜頭目，将其餘的海盜移居到地中海東部荒廢的土地上，讓他們耕耘為生。羅馬人的勝利讓一些勢力單薄的海盜聞風喪膽，紛紛投降，承認羅馬人在地中海的霸權。但是，海盜的威脅并未消滅，隻不過從地中海轉移到羅馬帝國的邊遠地區。這些海盜得到了一些地區領主們的慫恿和支援。居住在亞得裡亞海沿岸的伊利裡亞王國的女王曾傲慢地對羅馬使節說：“我不禁止我的臣民從大海中獲得好處”。這種暗示讓大批伊利裡亞人駛着小舟襲擊羅馬商船。同時，布匿海盜和希臘海盜也興風作浪，攪得羅馬人惶恐不安。
公元前44年3月，獨裁者恺撒被刺死，引起了羅馬帝國内部的權力紛争，這無疑給了海盜們有利時機。大大小小的海盜似乎一下子從海底竄出，挂着骷髅旗，縱橫海上。其中，名聲和勢力最響最大的海盜頭目是龐培的小兒子謝克斯特·龐培。小龐培巧妙利用了他父親當年的寬容，将大批流放在荒蕪土地上的奇裡乞亞海盜和他們的後裔重新召喚在自己身邊，并接納了大批逃跑的奴隸，組成了強大的海盜艦隊。他們打了幾個漂亮的遭遇戰，獲得了大批财寶，一時名噪地中海沿岸，并占據了西西裡島、撒丁島、科西嘉島，封鎖了通往羅馬的海上通道，成為羅馬帝國海上霸權最有威脅的對手。
幾經較量，羅馬人對小龐培無可奈何，于是，羅馬皇帝、恺撒大帝的繼承人屋大維不得不向海盜妥協。他派人與小龐培談判，并于公元前38年簽訂了著名的《米西亞條約》，該條約承認小龐培對已占領的所有土地的擁有權，對小龐培和所有手下的海盜實行赦免，承認其自由民的身份，而小龐培則保證不再收留逃跑的奴隸為海盜，并定期向羅馬供應小麥。這個條約使小龐培成為西西裡島、撒丁島、科西嘉島、伯羅奔尼撒半島的霸主，建立起可以與強大羅馬相抗衡的勢力。
起初，雙方相安無事，但漸漸小龐培野心膨脹，他不甘心向羅馬俯首稱臣，又開始偷偷地招兵買馬、擴張地盤，他的海盜船重新開始在意大利沿海擄掠船隻，他的海盜陣營又接納了大量逃跑的奴隸，他愈來愈多地向羅馬帝國提出種種苛刻要求。屋大維和他的将軍們不能忍受小龐培的傲慢猖狂，決定使用武力來解決海盜，他們任命羅馬将軍阿格利巴為艦隊司令，組成了陣容強大的海軍，準備與小龐培決一雌雄。
公元前36年，羅馬艦隊和小龐培的海盜船隊在西西裡島東北角海域展開決戰。盡管雙方兵力相差不大，但老謀深算的阿格利巴利用了海盜們厭戰的弱點，向海盜們喊話保證如果投降，仍是自由民而不作任何處置，并将接納加入羅馬軍隊。這一招分外見效，海盜們紛紛将武器扔進大海，向羅馬軍隊投降。結果，數百艘戰船紛紛倒向羅馬人一方，海盜被擊敗了，僅僅隻有17艘艦船逃跑。
小龐培十分沮喪，他怎麼也沒有料到自己的部隊是如此地不堪一擊。在逃跑途中，許多昔日的奴隸為自由民的誘惑所吸引，殺死了海盜頭目，調轉船頭，向羅馬軍隊揚起了白旗。隻有小龐培和他的幾個親信向大海深處亡命奔逃。最後，他潛藏在小亞細亞地區，帶着大批珍寶準備潛伏度過餘生。但不妙的是被人認出告密，羅馬人逮住了他，并以殘酷的方式處決了他。
然而，那些投降的海盜們也并沒有如願以償。在投降後不久，屋大維擔心會留下後患，便密令将三萬多海盜全部逮捕，一部分交還給原來的奴隸主，讓他們帶着鐐铐下地幹活，重新淪為奴隸；對無法确定主人的海盜則全部殺死。在受刑前海盜們後悔不已，他們高喊着小龐培的名字，流着淚走向刑場。從此，在地中海上，對羅馬人造成強大威脅的海盜減少了，盡管仍有海盜騷擾，但在海上羅馬人仍掌握着霸權，一場争奪霸權的戰争終以羅馬人的勝利而告一段落。