罗马与迦太基的争霸战争以罗马人的胜利画上了句号，但很快一个新的敌人出现了，那就是悬挂着骷髅旗的强大海盗！
公元前146年，罗马军队潮水一般涌进了迦太基城，攻占了这座曾控制大部分地中海地区的堡垒。在落日的余晖下，几位罗马统帅望着城中的团团浓烟和远处辽阔的领地，不由松了一口气，罗马人和腓尼基人长达117年的血腥战争终于以罗马军队的胜利ji画上了句号！战争的胜利促进了商业的发达，古罗马的商业中心奥斯提亚港变得更加繁忙，大批被罗马帝国奴役的民族交纳的贡品如食品、粮食、木材、牲畜、钻石、珍珠、黄金、象牙、香料源源不断地从这里运往各省。
罗马贵族们把古希腊的豪华别墅、埃及的珍贵文物拆装上船，从这里运往自己的领地。罗马人从奥斯提亚港出发，驶往地中海沿岸，去掠夺一切可能到手的财富。正当罗马人沉浸在太平盛世之中时，一些船长却频频向元老院的贵族们报告：他们正受到海盗的威胁！这群海盗们凶勇残暴，抢劫商船，将那些有钱的商人抓起来作人质以收取赎金，并扬言进攻一些港口城市以要挟罗马人。海盗们还杀害无辜、侵害妇女，贵妇淑女们也难以幸免。
元老院上下大为愤怒，居然有人还敢挑战强大的罗马帝国！他们派出军队围捕，但总是一无所获，而商船遇难的消息连续不断，繁荣的奥斯提亚港变得萧条冷落。同时由于粮食价格暴涨，平民们因饥饿而一次次暴乱，严重地威胁了帝国的安全。罗马人意识到自己犯了一个错误，误认为打垮了迦太基人后海上的敌人就永远消失了。实际上海上运送的财富让海盗们垂涎三尺，他们联合起来，在拥有强大海军的本都王国国王的支持和庇护下，迅速扩大舰船数量，悬挂起象征死亡的骷髅旗，封锁了地中海的主要海上通道，肆意攻击和掠夺罗马人的船队。
公元前67年，罗马元老院委任著名军事统帅庞培负责围剿海盗。精干的庞培认为海盗难以对付，请求给他三年的时间完成使命。他建造了500艘帆桨船，这些船轻巧而快速，他还组建了一支有12000名步兵和5000名骑兵的部队以铲除沿岸的海盗据点，水陆并进搜寻战机。终于，他以一艘载满珍宝的大船为诱饵，使大队海盗上了钩。战斗异常激烈，海盗们伤亡惨重，地中海西部的海盗基本肃清了。庞培一鼓作气，挥师东进，驶向奇里乞亚海盗活动猖狂地区。骄横的海盗们，与罗马军队在科拉克西附近海域展开决战。这天海浪汹涌，杀声震天。面对新组建的罗马舰队，海盗们傻了眼，昔日那些庞大笨拙的战船不见了，清一色的快船将海盗们冲得七零八落。这一战，海盗们损失了1300只船，2万海盗被俘，1万战死，罗马人取得了前所未有的胜利。
庞培下令处死了数百名海盗头目，将其余的海盗移居到地中海东部荒废的土地上，让他们耕耘为生。罗马人的胜利让一些势力单薄的海盗闻风丧胆，纷纷投降，承认罗马人在地中海的霸权。但是，海盗的威胁并未消灭，只不过从地中海转移到罗马帝国的边远地区。这些海盗得到了一些地区领主们的怂恿和支持。居住在亚得里亚海沿岸的伊利里亚王国的女王曾傲慢地对罗马使节说：“我不禁止我的臣民从大海中获得好处”。这种暗示让大批伊利里亚人驶着小舟袭击罗马商船。同时，布匿海盗和希腊海盗也兴风作浪，搅得罗马人惶恐不安。
公元前44年3月，独裁者恺撒被刺死，引起了罗马帝国内部的权力纷争，这无疑给了海盗们有利时机。大大小小的海盗似乎一下子从海底窜出，挂着骷髅旗，纵横海上。其中，名声和势力最响最大的海盗头目是庞培的小儿子谢克斯特·庞培。小庞培巧妙利用了他父亲当年的宽容，将大批流放在荒芜土地上的奇里乞亚海盗和他们的后裔重新召唤在自己身边，并接纳了大批逃跑的奴隶，组成了强大的海盗舰队。他们打了几个漂亮的遭遇战，获得了大批财宝，一时名噪地中海沿岸，并占据了西西里岛、撒丁岛、科西嘉岛，封锁了通往罗马的海上通道，成为罗马帝国海上霸权最有威胁的对手。
几经较量，罗马人对小庞培无可奈何，于是，罗马皇帝、恺撒大帝的继承人屋大维不得不向海盗妥协。他派人与小庞培谈判，并于公元前38年签订了著名的《米西亚条约》，该条约承认小庞培对已占领的所有土地的拥有权，对小庞培和所有手下的海盗实行赦免，承认其自由民的身份，而小庞培则保证不再收留逃跑的奴隶为海盗，并定期向罗马供应小麦。这个条约使小庞培成为西西里岛、撒丁岛、科西嘉岛、伯罗奔尼撒半岛的霸主，建立起可以与强大罗马相抗衡的势力。
起初，双方相安无事，但渐渐小庞培野心膨胀，他不甘心向罗马俯首称臣，又开始偷偷地招兵买马、扩张地盘，他的海盗船重新开始在意大利沿海掳掠船只，他的海盗阵营又接纳了大量逃跑的奴隶，他愈来愈多地向罗马帝国提出种种苛刻要求。屋大维和他的将军们不能忍受小庞培的傲慢猖狂，决定使用武力来解决海盗，他们任命罗马将军阿格利巴为舰队司令，组成了阵容强大的海军，准备与小庞培决一雌雄。
公元前36年，罗马舰队和小庞培的海盗船队在西西里岛东北角海域展开决战。尽管双方兵力相差不大，但老谋深算的阿格利巴利用了海盗们厌战的弱点，向海盗们喊话保证如果投降，仍是自由民而不作任何处置，并将接纳加入罗马军队。这一招分外见效，海盗们纷纷将武器扔进大海，向罗马军队投降。结果，数百艘战船纷纷倒向罗马人一方，海盗被击败了，仅仅只有17艘舰船逃跑。
小庞培十分沮丧，他怎么也没有料到自己的部队是如此地不堪一击。在逃跑途中，许多昔日的奴隶为自由民的诱惑所吸引，杀死了海盗头目，调转船头，向罗马军队扬起了白旗。只有小庞培和他的几个亲信向大海深处亡命奔逃。最后，他潜藏在小亚细亚地区，带着大批珍宝准备潜伏度过余生。但不妙的是被人认出告密，罗马人逮住了他，并以残酷的方式处决了他。
然而，那些投降的海盗们也并没有如愿以偿。在投降后不久，屋大维担心会留下后患，便密令将三万多海盗全部逮捕，一部分交还给原来的奴隶主，让他们带着镣铐下地干活，重新沦为奴隶；对无法确定主人的海盗则全部杀死。在受刑前海盗们后悔不已，他们高喊着小庞培的名字，流着泪走向刑场。从此，在地中海上，对罗马人造成强大威胁的海盗减少了，尽管仍有海盗骚扰，但在海上罗马人仍掌握着霸权，一场争夺霸权的战争终以罗马人的胜利而告一段落。