蒙古高原一分為二，蒙古國與内蒙古，但内外蒙古之分并非到了近代才有。
漠南漠北地形圖
元朝覆滅之後，蒙古各部日漸分裂，明成祖皇帝朱棣屢次禦駕親征，緻使北方騎兵多年不敢犯邊。在這段曆史裡我們經常可以看到“漠南”、“漠北”這樣的名詞，而它們事實上也是内蒙和外蒙的前身。一般來說，征讨蒙古的中原軍隊都是出長城，先掃平漠南，而後穿越沙漠，再擊漠北。這裡的“漠”就是區分内蒙和外蒙的地理辨別。
明朝疆域
蒙古高原是誕生遊牧民族的搖籃，但這裡卻并非都是一望無際的草原，在今蒙古國南部東戈壁省、南戈壁省、戈壁阿爾泰省，以及我國内蒙古錫林郭勒西部一帶就是浩瀚的沙漠。在漢朝和唐朝的曆史文獻裡，這片沙漠經常被冠之以“瀚海”，到了明末清初，圍繞着這片沙漠一共盤踞着三大蒙古勢力，分别是“漠北蒙古”、“漠南蒙古”和“漠西蒙古”。
蒙古國
漠北蒙古主要是喀爾喀部，後來演化為今天的蒙古國；漠南蒙古主要是科爾沁部和察哈爾部，後來演化為今天的内蒙古自治區；漠西蒙古主要是準噶爾部，後來就是今天的新疆。成吉思汗的黃金家族就是源自科爾沁部的，換句話說内蒙古才是蒙古帝國的正統繼承者。但明末之時，漠南蒙古逐漸式微，東面有強勢崛起的後金，西面則是一心稱雄的準噶爾。
中國内蒙古自治區位置
此時黃金家族的掌舵人為林丹汗，這也是蒙古帝國法理上的最後一位大汗。林丹汗想效仿其祖先入主中原，但首先要統一北方，而此時他面對的最大敵人卻是盤踞于白山黑水的女真人。漠南蒙古與後金的戰争爆發，努爾哈赤勢如破竹，很快将林丹汗的軍隊擊潰，漠南也就順勢被後金收入囊中，改稱“内屬蒙古”，即内蒙古。因為歸順的時間最早，是以清廷對内蒙的控制最為牢固。後來滿蒙聯姻無一不是從内蒙挑選後妃，外蒙則從來沒有這個待遇。
蒙古騎兵
漠南擺平之後，剩下漠北和漠西，但此時清朝忙着入主中原，也就沒空關注貧瘠的蒙古高原。恰在此時，準噶爾部的擴張卻促成了外蒙的歸附。發源于伊犁河谷的漠西蒙古日漸強大，準噶爾汗國決心吞并漠北，喀爾喀部不敵，于是向清廷告急。康熙皇帝料定準噶爾在吞并漠北之後必然要與清廷一決雌雄，當即率師出征，準噶爾被擊退。此戰遏制了漠西蒙古的東進步伐，同時也将漠北收入版圖，改稱“外藩蒙古”，即外蒙古。
清朝平定準噶爾
至此，内外蒙古盡皆被清廷控制，此後清朝對其采取不同的管理制度，從某一方面來說也固化了兩地的差異。而漠西蒙古直至乾隆年間才徹底平定，曆經康雍乾三朝用兵，準噶爾汗國終于從地圖上消失了。對于這片土地，清廷沒有再以“西蒙古”之類的稱呼命名，而是取“新開辟疆土”之意，取名“新疆”。
清初疆域
早在俄羅斯進入亞洲之前，蒙古各部就已經四分五裂。而在後來的曆史演化當中，由于地理阻隔、曆史糾纏等各種因素，逐漸形成了内蒙和外蒙兩大區域闆塊，并且一直延續到今天。