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科舉制度從确立到廢止，前後延續一千三百年，不僅成為唐代以降封建王朝铨選官員的主要制度，甚至對現在的聯考制度也有着深遠的影響。
比如現行聯考制度下，高校在擇取新生的問題上，并不是唯分數論，而是分省錄取。這樣做蓋因為我國幅員遼闊，各省發展及教育資源多少不盡相同，為了最大限度的做到公平，采取各省定額錄取的原則。
實際上“分省錄取”正是始于科舉制度下的明代，導火索則是洪武的一樁科舉“舞弊案”。
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洪武三十年（1397年）二月，明朝建立以來的第六次科舉如期舉行，朱元璋任命老臣劉三吾為主考官，與王府紀善白信蹈一起主持此次科舉事宜。
這次科舉共錄取51名士子，以福建人陳安阝為狀元，南京人尹昌隆為榜眼，浙江人劉仕谔為探花。本身這隻是一次尋常無奇的科舉，既非恩科又無逸事，偌大的大明朝此時一次科舉隻能錄取五十餘名進士，除了讓人感慨一下明初文教不昌之外，再無值得注意的地方。
但這次科舉注定會載入史冊，影響深遠，因為放榜後，竟然觸發了一樁機率低到隻存在于理論中的巧合性事件——51名進士，全是南方人！
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如果仔細研究一下曆史，會了解這個事件應該确實是巧合，一是因為自南宋以降，經濟及文化中心已經南移，二是自靖康之後，北方淪落胡塵達二百餘年，而南方相對安定，以上種種因素造成此次科舉“中式者皆南人”。
可落選的士子，特别是北方士子可不這樣想，當然，也可能是故意無視這些因素，他們隻知道此次科舉隻錄取了南方人，這是曆代未有之奇觀，是以，這一定是地域歧視，這一定是科舉舞弊。于是他們串聯交相上疏，“言三吾等南人私其鄉”。
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老于世故的朱元璋并沒有輕易被洶湧的輿情所左右，在自己眼皮子底下怎麼敢有人徇私舞弊，他一眼便看清了事件的本質，不患寡而患不均是也，
于是遣侍讀張信等人檢索未被錄取的試卷，從其中拾遺補缺。朱元璋的本意很明了，直接增加錄取名額，這是消弭事态的最有效方法。
可不知是官員們會錯意還是其他原因，彙報上來的複核結果是餘下的卷子并不适合被錄取。
這就由巧合演變成政治事件了。
剛好這時有人舉報說張信等人暗中勾結，故意拿“陋卷”應付差事，朱元璋以此為由頭，興起大獄，史稱“南北榜案”。
南北榜案中，考官被殺的殺，罷黜的罷黜，連年過八旬的老臣劉三吾也被發配戎邊。而朱元璋又在當年夏季，另開一榜，親自閱卷，重新錄取了61名進士，這61人則全部是北方人。
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那麼這次科舉真的存在舞弊現象嗎？我覺得不大可能，莫過當時“藍玉案”剛剛結束，百官們沒那個膽量，光是主考官劉三吾的人品就無可指摘，按《明史.劉三吾傳》記載，：劉三吾“為人慷慨，不設城府”，是以深得朱元璋器重。這點從朱元璋對相關人員的處置也可以看出，主考官劉三吾被發配戎邊，但不久就被召回，而錄取的51名南方士子，雖然不等科第榜，但大多照常任官留用，從這些地方都可以看出，朱元璋是把南北榜看作一場政治事件。
考試公平與制度公平二者不可兼得，而朱元璋作為一名政治人物，毫不猶豫選擇了後者。
而建文之後，永樂遷都北京，明代的政治中心已經轉向北方，但此時的科舉進士南北分布問題仍與洪武時期一樣，南多而北少。
按《明清進士題名碑錄索引》記載，洪武、建文、永樂三朝共錄取進士2792人，其中南方籍貫2228人，南方進士占總人數的80%。
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南方士子在科舉中始終占據絕對優勢的局面如果不改變，将會加深南北割裂，甚至影響到國家根本。這一點，作為最高統治者的明仁宗感觸尤深，是以甫一即位，他便跟負責科舉事宜的禮部大臣說道：“比累科所選，北人僅得什一，非公天下之道”。次月，他又召見内閣大臣楊士奇等人，明确表達了改革現行取士制度的想法。“科舉弊亦須革。
通曉上意的楊士奇一開口就指出了問題關鍵所在：“科舉兼取南北士”，接着他從取士這一主題入手，親自設計了一項新的取士制度。
臣士奇對曰：“科舉須兼取南北士。”上曰：“北人學問遠不逮南人。”對曰：“自古國家兼用南北士，長才大器多出北方，南人有文多浮。”上曰：“然。将如何試之？”對曰：“試卷例緘其姓名，請今後于外書‘南’‘北’二字。如一科取百人，南取六十，北取四十，則南北人才皆入用矣。”
楊士奇給出的建議是根據考生的籍貫在試卷背面寫上“南”、“北”二字，然後以總錄取數一百人為标準，南方占六成，北方占四成，如此既能在充分照顧區域發展的前提下盡量做到公平。後來又在南北卷的基礎上增加了中卷，所謂中卷即主要涵蓋今天的雲南、貴州、廣西、四川四省，這四省在當時屬于偏遠省份，文教相對不昌，是以需要政策是的扶持與傾斜，最終，明代的南北中卷錄取比例分别為：5.5：4.5:1
這是會試進士的額數配置設定問題，接下來說說鄉試。
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鄉試的舉人數量在洪武年間是沒有定額的，洪武十七年，朱元璋曾專門下诏令諸州縣不拘鄉試額數。
這是根據當時的實際情況所下達的政策，因為當時剛經過元末喪亂，讀書人稀缺，百業凋敝，是以不虞超額之憂，不限定數量才更更加不拘一格的提拔人才，以達到籠絡人心的目的。
而到永樂以後，天下承平日久，各地早已人丁興旺文教昌盛，如果不限定各地舉人數量的話，會有僧多粥少之憂，這個時候，關于舉人的錄取問題的議案也被擺上了台前。
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同樣，如果純以“考試公平”來論的話，定額後的鄉試必然也是南方人占絕對優勢，遲早又釀成“南北榜”之事。是以在洪熙元年決定，各地采取分省定額的方式來決定鄉試舉人的數量。
即：南京國子監和南直隸額數八十人；北京國子監和北直隸額數八十人；江西布政司五十人，浙江布政司額數四十五人；福建布政司額數四十五人；胡廣布政司額數四十人；廣東布政司額數四十人；河南布政司額數三十五人；四川布政司額數三十五人；陝西、山西、山東各三十人；廣西二十人；雲南、交趾各十人，貴州則可占用胡廣的名額。
這種鄉試分省定額的制度确立于洪熙年間，但是額數卻時有增加，等到了明末，南北直隸的額數已經達到一百三十多人，額數最少的雲南額數也增加了數倍。
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分省定額的确立，最大限度保證了制度上的公平，同時也促進了北方及西南偏遠地區的文教建設，同時也增進了南北士子之間的互相交流——許多東南地區的士子自覺在當地并不出彩，于是便想方設法落籍在偏遠地區，起到鶴立雞群的效果，在今天，我們把這種行為稱作“聯考移民”。
同時，明代的“南北中卷”及“分省定額”制度也為後來的清代所沿用，甚至于今天的聯考也有許多共同之處。