成化初年，楊繼宗升任浙江嘉興知府。他赴任時僅有一個仆人跟随，到任後經常召集鄉間父老詢問疾苦，施以援手，又大力興辦社學，民間子弟年滿八歲不上學，他們的父兄便會遭受處罰。每遇到學官，楊繼宗都待以之以禮，府内教師、儒生競相勸學，一時文教大興。
有一次，監察禦史孔儒到嘉興清理軍籍，暴力“執法”，弄得雞飛狗跳，老百姓不得安甯，有的老年人經不住折騰，頂撞了幾句，就被毒打喪命。楊繼宗對此十分憤慨，張榜通告說：“誰家有被禦史打死的，家屬可以到府裡來登記。”孔儒見楊繼宗如此不買賬，大發雷霆，說小小知府竟敢管禦史，真是豈有此理。楊繼宗不怕摸老虎屁股，專程去見孔儒，毫不客氣地說：“治理國家有一定的制度，各級官吏有不同的職責。孔大人身為監察禦史，就應當舉劾不法，剔除奸弊。至于挨門挨戶清查戶口，那是地方官吏的事，用不着禦史親自去管。”
孔儒是專門糾察官吏的監察禦史，所到之處，地方官員無不拍馬逢迎，沒想到竟被小小知府頂撞，自感顔面大失，便懷恨在心，伺機報複。直到要離開嘉興時，孔儒也沒有抓到楊繼宗的任何把柄，便想：當官的人沒有不愛錢的，楊繼宗在這麼富庶的嘉興當知府，還能不刮點地皮？不如抓他一個出其不意。于是，孔儒帶着幾個随從借口向楊繼宗辭行，突然闖進知府衙門，直入楊繼宗的住處。見他室内空空，沒什麼值錢的東西，唯有床頭放着一口箱子，便搶步上前打開箱子，結果裡面僅有幾套破舊衣服，隻得悻悻而去。
有太監經過嘉興，楊繼宗出于禮節，送給他們菱角、芡實之類的土特産。誰知這些太監在其他地方索拿慣了，根本看不上這些，開口便要錢。楊繼宗當即發出公牒讓他們去領取庫中金銀。太監們吓得直咋舌，隻得離去。
九年任滿，楊繼宗升為浙江按察使。浙江鎮守太監張慶很是嚣張，楊繼宗曾多次因公得罪過他。張慶的哥哥張敏在司禮監，經常在憲宗面前诋毀楊繼宗。憲宗說：“你說的不就是那個‘不私一錢’的楊繼宗嗎？”張敏惶恐不安，寫信給張慶說：“好好對待楊繼宗，皇上已經知道他了。”
後來母親去世，楊繼宗立即将官署中的器物全部清理傳遞官府，隻帶着一個仆從、幾卷書回到家鄉。守制結束後，楊繼宗以右佥都禦史巡視順天府。京畿之内，凡有權貴侵占百姓産業的，就立即奪回，還給百姓。他還巡查關塞，武備得到很大整饬。遇到星辰變異，楊繼宗應诏上疏，曆陳太監和文武諸臣們貪贓殘虐之狀，并請求召回出鎮的太監，是以更加為權貴們所嫉恨。當時，有朝中官員誣告他的過失，權貴們趁機中傷他，他是以被貶為雲南副使。
明孝宗即位後，楊繼宗改任湖廣按察使。到任後，他讓人打來上百斛水，把廳衙沖洗一番，然後再處理事務，意思是“清除污穢”。在任不久，又以佥都禦史巡視雲南。當時，雲南有許多舊日同僚，見面後他向僚友揖禮說道：“明天要辦公事，望君能給予諒解。”接着罷免了不稱職的八人。之後不久，他便去世了。