蒙元自明朝攻破北京，喪失中國疆土後，仍然控制着塞北東北西北雲南之地的廣大疆域，對明朝起嚴重威脅。
經過明太祖朱元璋幾十年的征戰，逐漸削平其勢力，最終在洪武二十一年，明元于捕魚兒海之地交戰中，明将藍玉一舉擊潰元主脫古思帖木兒率領的大軍，俘虜貴族官吏及人口數萬，器械牛馬無數。至此，自鐵木真統一蒙古建立的強盛帝國就此退出曆史舞台。
此後幾百年蒙古地區始終沒有形成統一有力的政權，最終為滿清所滅，為其統治到二十世紀。
忽必烈
君暗臣聩，國之将亡
統治中國全境的最後一位蒙古君主妥歡帖木兒在位時期，元廷的江山已經搖搖欲墜。自元之世祖忽必烈滅宋以來，蒙古人始終實行将人分為三六九等的政策，高位永遠是蒙古色目人所居，而占人口多數的漢人隻能充以小吏。
語曰盛極而衰，否極泰來。蒙元以高壓政策歧視除蒙古色目以外的民族，本就是一顆定時炸彈，時間一到自然爆發。
元末官吏腐敗，社會黑暗，極端的統治之下緻使全國起義遍地，以韓山童劉福通為首的紅巾軍勢力遍布江南，四方響應。元廷采取殘酷鎮壓手段，軍将們久逸于戰事，每每強攻不下，即捕殺良民充任賊寇；又一破城即大肆屠殺。各地軍閥趁勢而起，受元官号卻不尊王命，驕橫跋扈，禍害一方，俨然土皇帝也。谕中原檄言“河洛之雄假元号以濟私，恃有衆以要君，憑陵跋扈，遙制朝權；關陝軍閥衆少力微，阻兵據險，賄誘名爵，志在養力，以俟釁隙，此關陝之人也”，此即真實表現。
南方義軍領袖也紛紛建立政權，如韓林兒劉福通之宋、徐壽輝之宋、漢之陳友諒，東吳之張士誠、西吳之朱元璋、明玉珍之夏……
江南出聖主，元廷氣數盡
出身淮右平民的明太祖朱元璋善于用人，廣施仁義，他采取良策，一一翦滅群雄，統一江南一帶。多年的發展，朱元璋集團已經是一個龐大成熟的封建政權，于1368年正月四日即帝位于應天，國号大明。
去年秋季之時，朱元璋便見時機已經成熟，便計劃伐元，召集諸将相議。他指出山東王宣為人反複無常、河南擴廓帖木兒跋扈、關隴之地的李思齊張思道嚣張猜忌，如今北伐元廷，解民倒懸拯生民于水火，如何取勝？
大将常遇春說：“憑我明軍百戰之精銳，對敵久逸荒廢之兵，一路勢如破竹可直搗元都。”
朱元璋一針見血的說道：“元已建國近百年，京師的守備必然十分牢固，率軍深入，若糧饷不及時而又援兵四集，這是危險之法，自亡之道。宜先取下山東，以撤除他們的屏蔽；然後移兵兩河，破其藩籬；拔潼關而守之，扼其門檻。至此天下之勢入于我手，然後進兵，元都勢孤援絕，不戰而自克。再鼓行而西，雲中、九原、關、隴皆可席卷平定。”諸将一緻稱善。
朱元璋
1367年冬十月二十五日，正式任命徐達為征虜大将軍，常遇春為副将軍，率師二十五萬，由淮河入黃河，北取中原。
洪武元年秋八月，明軍一路勢如破竹，直抵元都，此時元主妥歡帖木兒見明軍強盛，無守城之意，欲北逃，宦官趙伯顔不花抓着他的衣角，哭谏道：“天下者，世祖之天下，陛下當以死守，奈何棄之！臣等願率軍民及諸怯薛歹出城拒戰，願陛下固守京城。”然而一心逃命的妥歡帖木兒哪裡聽得進這些，夜半時分攜妻子大臣一路北逃，至此統治淪陷于外族九十餘年的中國光複。
妥歡帖木兒
捕魚兒海，蒙古帝國的終結之地
明洪武二年（1367年），妥歡帖木兒駐于應昌府，仍然統治者廣大的塞外地區及東北西北雲南，遙控各地殘元勢力攻打明軍。洪武三年夏四月，妥歡帖木兒因病而亡，太子愛猷識理達臘即位，改元宣光。後來得知此事的朱元璋以其“知順天命、退避而去”，上谥順帝。
五月明軍襲擊應昌，皇子買的裡八剌及後妃大臣皆被俘獲。殘元政權中樞被毀。愛猷識理達臘及随從十多騎逃到和林，此後在此遙命各地元軍攻明，不斷制造邊境擾亂，企圖南下奪取中原。八年後死，其子脫古思帖木兒即位，年号天元，此時殘元仍然統治者漠北。
明洪武二十一年（元主脫古思帖木兒天元十年）三月，明太祖命藍玉為将，率領十萬大軍決意一舉消滅塞北殘元。出大甯，至慶州時，探得消息，知元主在捕魚兒海，于是抄近到星夜兼程趕到百眼井，此地離捕魚兒海四十裡，卻仍不見敵軍，藍玉想引兵傳回。随行的定遠侯王弼說道：“我等率軍十多萬人深入漠北，如若一無所就獲班師回朝，怎麼面對皇上怎麼複命？”藍玉稱是。便下令軍隊穴地而居，不見煙火，乘夜趕到捕魚兒海南邊。當時敵營還在海東北八十餘裡處，藍玉命王弼為前鋒，率騎兵迅速逼近敵營。元軍以為明軍缺乏水草，不能深入，故未加防備，加上大風揚起沙塵，白天都看不見什麼。是以，明軍的行動，敵軍毫無察覺。王弼率軍突然沖至敵營前，元軍大驚，倉促迎戰，被明軍大敗。太尉蠻子等被殺，部屬投降無數。
唯獨元主脫古思帖木兒和其太子天保奴和數十騎兵逃走。繳獲其次子地保奴、妃嫔公主數十人，又追獲吳王朵兒隻、代王達裡麻，俘虜平章以下官屬三千人，男女七萬七千餘人。寶玺、符敕金牌、金銀印諸物及馬駝牛羊十五萬餘。并此前攻占元都、攻陷和林，為明三大滅元功績。
到此，蒙古帝國最後的統一中樞政權被徹底擊潰，脫古思帖木兒一行人行至土剌河時，被部下也速疊兒突襲，脫古思及天保奴被缢殺。元朝政權正式徹底滅亡。之後整個蒙古分散成無數部落，此後幾百年始終沒有建立統一的政權，是多股和明清對峙的遊牧部族，最終被滿清一一滅亡。
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