蒙元自明朝攻破北京，丧失中国疆土后，仍然控制着塞北东北西北云南之地的广大疆域，对明朝起严重威胁。
经过明太祖朱元璋几十年的征战，逐步削平其势力，最终在洪武二十一年，明元于捕鱼儿海之地交战中，明将蓝玉一举击溃元主脱古思帖木儿率领的大军，俘虏贵族官吏及人口数万，器械牛马无数。至此，自铁木真统一蒙古建立的强盛帝国就此退出历史舞台。
此后几百年蒙古地区始终没有形成统一有力的政权，最终为满清所灭，为其统治到二十世纪。
忽必烈
君暗臣聩，国之将亡
统治中国全境的最后一位蒙古君主妥欢帖木儿在位时期，元廷的江山已经摇摇欲坠。自元之世祖忽必烈灭宋以来，蒙古人始终实行将人分为三六九等的政策，高位永远是蒙古色目人所居，而占人口多数的汉人只能充以小吏。
语曰盛极而衰，否极泰来。蒙元以高压政策歧视除蒙古色目以外的民族，本就是一颗定时炸弹，时间一到自然爆发。
元末官吏腐败，社会黑暗，极端的统治之下致使全国起义遍地，以韩山童刘福通为首的红巾军势力遍布江南，四方响应。元廷采取残酷镇压手段，军将们久逸于战事，每每强攻不下，即捕杀良民充任贼寇；又一破城即大肆屠杀。各地军阀趁势而起，受元官号却不尊王命，骄横跋扈，祸害一方，俨然土皇帝也。谕中原檄言“河洛之雄假元号以济私，恃有众以要君，凭陵跋扈，遥制朝权；关陕军阀众少力微，阻兵据险，贿诱名爵，志在养力，以俟衅隙，此关陕之人也”，此即真实表现。
南方义军领袖也纷纷建立政权，如韩林儿刘福通之宋、徐寿辉之宋、汉之陈友谅，东吴之张士诚、西吴之朱元璋、明玉珍之夏……
江南出圣主，元廷气数尽
出身淮右平民的明太祖朱元璋善于用人，广施仁义，他采取良策，一一翦灭群雄，统一江南一带。多年的发展，朱元璋集团已经是一个庞大成熟的封建政权，于1368年正月四日即帝位于应天，国号大明。
去年秋季之时，朱元璋便见时机已经成熟，便计划伐元，召集诸将相议。他指出山东王宣为人反复无常、河南扩廓帖木儿跋扈、关陇之地的李思齐张思道嚣张猜忌，如今北伐元廷，解民倒悬拯生民于水火，如何取胜？
大将常遇春说：“凭我明军百战之精锐，对敌久逸荒废之兵，一路势如破竹可直捣元都。”
朱元璋一针见血的说道：“元已建国近百年，京师的守备必然十分牢固，率军深入，若粮饷不及时而又援兵四集，这是危险之法，自亡之道。宜先取下山东，以撤除他们的屏蔽；然后移兵两河，破其藩篱；拔潼关而守之，扼其门槛。至此天下之势入于我手，然后进兵，元都势孤援绝，不战而自克。再鼓行而西，云中、九原、关、陇皆可席卷平定。”诸将一致称善。
朱元璋
1367年冬十月二十五日，正式任命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率师二十五万，由淮河入黄河，北取中原。
洪武元年秋八月，明军一路势如破竹，直抵元都，此时元主妥欢帖木儿见明军强盛，无守城之意，欲北逃，宦官赵伯颜不花抓着他的衣角，哭谏道：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城。”然而一心逃命的妥欢帖木儿哪里听得进这些，夜半时分携妻子大臣一路北逃，至此统治沦陷于外族九十余年的中国光复。
妥欢帖木儿
捕鱼儿海，蒙古帝国的终结之地
明洪武二年（1367年），妥欢帖木儿驻于应昌府，仍然统治者广大的塞外地区及东北西北云南，遥控各地残元势力攻打明军。洪武三年夏四月，妥欢帖木儿因病而亡，太子爱猷识理达腊即位，改元宣光。后来得知此事的朱元璋以其“知顺天命、退避而去”，上谥顺帝。
五月明军袭击应昌，皇子买的里八剌及后妃大臣皆被俘获。残元政权中枢被毁。爱猷识理达腊及随从十多骑逃到和林，此后在此遥命各地元军攻明，不断制造边境扰乱，企图南下夺取中原。八年后死，其子脱古思帖木儿即位，年号天元，此时残元仍然统治者漠北。
明洪武二十一年（元主脱古思帖木儿天元十年）三月，明太祖命蓝玉为将，率领十万大军决意一举消灭塞北残元。出大宁，至庆州时，探得消息，知元主在捕鱼儿海，于是抄近到星夜兼程赶到百眼井，此地离捕鱼儿海四十里，却仍不见敌军，蓝玉想引兵返回。随行的定远侯王弼说道：“我等率军十多万人深入漠北，如若一无所就获班师回朝，怎么面对皇上怎么复命？”蓝玉称是。便下令军队穴地而居，不见烟火，乘夜赶到捕鱼儿海南边。当时敌营还在海东北八十余里处，蓝玉命王弼为前锋，率骑兵迅速逼近敌营。元军以为明军缺乏水草，不能深入，故未加防备，加上大风扬起沙尘，白天都看不见什么。所以，明军的行动，敌军毫无察觉。王弼率军突然冲至敌营前，元军大惊，仓促迎战，被明军大败。太尉蛮子等被杀，部属投降无数。
唯独元主脱古思帖木儿和其太子天保奴和数十骑兵逃走。缴获其次子地保奴、妃嫔公主数十人，又追获吴王朵儿只、代王达里麻，俘虏平章以下官属三千人，男女七万七千余人。宝玺、符敕金牌、金银印诸物及马驼牛羊十五万余。并此前攻占元都、攻陷和林，为明三大灭元功绩。
到此，蒙古帝国最后的统一中枢政权被彻底击溃，脱古思帖木儿一行人行至土剌河时，被部下也速迭儿突袭，脱古思及天保奴被缢杀。元朝政权正式彻底灭亡。之后整个蒙古分散成无数部落，此后几百年始终没有建立统一的政权，是多股和明清对峙的游牧部族，最终被满清一一灭亡。
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