元朝自被朱元璋打垮之後，便隻能倉皇逃竄至他們蒙古老家，緊接着又在明軍的幾番打擊下，其内部發生了嚴重的紛争和内讧，逐漸分化成為鞑靼、瓦剌、兀良哈三部。
其中鞑靼大緻分布在大漠南北，瓦剌則主要分布在葉尼塞河上遊以西至額爾齊斯河之間的阿爾泰山一帶，兀良哈則主要分布在大興安嶺以東、黑龍江以南，薊遼邊外地區。
在這三部中，鞑靼部是元朝皇帝的嫡裔所在，兀良哈是成吉思汗之弟的後裔，至于瓦剌則與蒙古、塔塔爾、奶蠻等一樣，是居住在蒙古高原及其以北地區的諸多部落之一，在成吉思汗崛起的時候，無力抵抗的他們選擇了投降，并主動當帶路黨，使得成吉思汗征讨之路變得異常順利。
念在他們歸附有功，成吉思汗便對其特加優待設立四個千戶，并由他們自己的首領進行管理。元朝建立後，瓦剌歸屬嶺北行省管轄。
到了元末明初的時候，該部逐漸從葉尼塞河上遊的森林地區逐漸擴充到阿爾泰山附近的草原地帶，總人口也達到了四萬以上，從此該部就被中原的史官們稱為瓦剌。
瓦剌起初是以遊獵經濟為主，但随着不斷南移，逐漸轉變為以遊牧經濟為主。明代永樂時期，鞑靼比較強大，威脅到明朝的邊境安全，永樂皇帝決定北征以消除後患，便積極地同瓦剌進行聯系，還将其境内的三個領土馬哈木、太平、把秃孛羅都冊封為王。
第二年，永樂皇帝親率五十萬大軍進行北伐，一舉擊敗鞑靼部，其内部權臣阿魯台俯首聽命，其可汗本雅失裡投靠瓦剌的馬哈木，但随後被馬哈木所殺死。
馬哈木随即立了本雅失裡之子答裡巴為可汗，此時的鞑靼經過了永樂帝的打擊之後，十分衰落，而馬哈木又掌握了他們的可汗，便逐漸驕橫了起來，不再對明朝卑躬屈膝，不斷地扣押明朝使臣，騷擾邊境。
永樂皇帝不想看到瓦剌就此做大做強，并于公元1414年再次東征，這一次他的目标對準的就是日益崛起的瓦剌。在今天蒙古烏蘭巴托的東部地區，兩軍交戰，馬哈木等軍擊敗，不得已獻馬投降。
之後瓦剌的馬哈木與鞑靼的阿魯台進行互相攻伐，最終馬哈木被阿魯台擊斃，并于不久後死去，由其兒子脫歡承襲他的順甯王位，瓦剌就此中衰。
而于此同時，阿魯台又強大了起來，多明朝邊境多行劫掠，于是乎永樂皇帝又進行了三次北征，嚴重打擊阿魯台的勢力，但同時又為瓦剌的再度崛起創造了機會。
此後，脫歡殺了賢義、安樂兩王，控制力一整個瓦剌，緊接着又打敗了阿魯台，将其以及所擁立的阿岱汗，控制了東部蒙古，他本想自己稱可汗，但又害怕被衆人反對，便隻能擁立脫脫不花為可汗，自任太師。
脫歡去世後，尤其長子也先繼位，脫脫不花可汗徒有虛名。瓦剌在也先的帶領下東征西讨，向西降服了哈密、沙州、赤斤蒙古等部，向東攻破了兀良哈三衛，控制野人女真，威逼北韓，成功建立了自明亡之後的最大蒙古帝國。
也先有成為成吉思汗第二的想法，企圖恢複大雲一統天下時的版圖。
當時瓦剌每年都會派遣使團去北京朝貢，而明朝也秉持着“薄來厚往”的原則，會回饋數倍的禮物過去。而瓦剌見到朝貢有利可圖，便不斷地增加使團的規模，并謊報使團的人數。
有一次被禮部發現後，隻按實際朝貢人數進行回禮，也先十分生氣。在此之前明朝有使節出使瓦剌時，曾私下許諾要将公主嫁給也先之子，而朝廷自己并不清楚，并予以了拒絕。
這兩件事并做一起，徹底熱鬧了也先，當即以此為由大舉侵犯明朝邊境。而當時的明英宗朱祁鎮在宦官王振的慫恿下，決定親征，結果不懂軍事的他在土木堡被打得大敗，本人也被也先所俘虜。
明朝廷為此大驚，讓英宗之弟朱祁钰去繼承皇位，是為景泰帝，他啟用抗戰派大臣于謙，并取得了北京保衛戰的勝利。也先也隻好将朱祁鎮給放了，以換來同明朝的再度和平。
兩年後，也先懷疑脫脫不花可汗于明朝合謀，想要殺害自己，便先下手将其殺害，元朝皇帝的嫡裔也盡皆被害，而他自己便順勢自立為皇。
之後也先便沉迷于酒色之中，無辜虐待下屬，部下阿刺知院忍無可忍，将也先殺害，鞑靼部趁機攻殺過來，阿刺知院被殺死，瓦剌就此衰落。
後來，鞑靼部接連出現了兩個有作為的可汗達延汗與其孫子俺答汗，他們一統了大漠南北，兀良哈三衛則被他們所吞并，而瓦剌也在他們的進攻下也，也隻能退縮到天山以北、大漠以西的額爾齊斯河流域。
此時的蒙古主要分為三部分，瓦剌、漠南蒙古和漠北蒙古，這漠南和漠北蒙古都屬于鞑靼，而瓦剌那邊在明末清初的史官中，被記載為衛拉特。
而衛拉特蒙古主要有以下四部土爾扈特、杜爾伯特、準噶爾以及和碩特四部。其中，和碩特部在明末時期，進入青海，控制了西藏，到了清朝時期，又接受了順治皇帝的冊封。
而土爾扈特部因為長期受到了準噶爾部的欺壓，而不得已繼續西遷到伏爾加河下遊流域，後來又受到了沙俄的欺壓，不得已與乾隆年間遷回來，重新回到了祖國的懷抱。
而準噶爾部在噶爾丹帶領下，占據了天山南北，控制了新疆、青海、西藏等廣大地區，并試圖進攻早已歸順清廷的漠北蒙古和漠南蒙古。
清廷忍無可忍，發兵平叛，但屢平屢起，直到乾隆年間，才徹底平定了準噶爾部，至此整個蒙古都處于清朝的有效管轄範圍内。