東晉是一個弱勢王朝，權臣王敦、桓溫、桓玄、劉裕等人都有不臣之心，其中王敦失敗了，桓溫還沒來得及篡位就病死了，其子桓玄廢晉安帝建立桓楚政權，過了一把皇帝瘾，不過僅僅兩年就兵敗被殺，真正獲得成功的是劉裕：419年劉裕殺晉安帝司馬德宗，改立其同母弟司馬德文為帝，史稱晉恭帝；第二年（420年）六月，司馬德文禅位于劉裕，東晉滅亡，同年九月劉裕再殺晉恭帝。
兩百年前的220年東漢最後一位皇帝漢獻帝劉協禅讓帝位給曹丕，一百多年前的265年曹魏末帝曹奂禅讓帝位給司馬炎，不過劉協和曹奂禅位後都得到很好的待遇，比如曹丕封劉協為山陽公，食邑萬戶；司馬炎封曹奂為陳留王，同樣食邑萬戶，而且兩人都得以善終，那麼同樣是禅讓，為何到了劉裕這裡，他卻要先殺晉安帝、再殺晉恭帝以斬草除根？原因其實并不複雜。
第一，劉裕生于363年，419年已經56歲了，年近60歲花甲之年對于戎馬一生的劉裕來說很有一種時不我待的迫切感，更為關鍵的是劉裕老來得子，406年他43歲的時候才有了長子劉義符，也就是說419年他最大的兒子也才13歲（很多人會對417年劉裕攻下長安後因為劉穆之病逝匆忙南歸，為何留下年僅11歲的劉義真鎮守長安？劉裕是被逼無奈，因為劉義真是次子，其他幾個兒子年齡更小）。
自己已年老，兒子們還小，萬一哪天自己駕鶴西去，司馬氏還有可能卷土重來，是以劉裕不僅誅殺了晉安帝和晉恭帝，連在建康的司馬氏皇族也全部被他屠殺幹淨，劉裕的出發點粗暴又簡單，就是要斬草除根，以絕後患。
第二，東晉立國已逾百年，雖然孱弱但是在朝野仍有相當的号召力，十幾年前的桓楚代晉就很不得人心也說明了這一點，而且東晉的門閥政治根深蒂固，有司馬氏在，世家大族仍有很大可能會團結在司馬氏身邊。
還有一點不同的是，無論是曹魏代漢還是西晉代魏，在此之前都有比較長時間的鋪墊和積累，比如曹魏有曹操和曹丕兩代，司馬氏有司馬懿、司馬師和司馬昭、司馬炎三代人的經營，朝野上下基本上都是自己人，而劉裕不同，白手起家根基又不深，朝廷内部也不是鐵闆一塊，這也是劉裕攻下長安後聽到劉穆之病逝後就不管不顧匆忙傳回建康的原因所在。
第三，在殺晉安帝和晉恭帝之前，劉裕已經殺過兩位皇帝了：一個是410年第一次北伐攻滅南燕，南燕末帝慕容超被押送到建康，在街市被斬首；另外一個是417年第二次北伐攻滅後秦，後秦末帝姚泓同樣在建康鬧市中被斬首。
對于劉裕來說，殺皇帝也不是第一次，殺晉安帝、晉恭帝和殺慕容超、姚泓也沒什麼差別，這也是晉安帝和晉恭帝死于非命的另外一個原因。
至于說劉裕殺盡司馬氏是為了替劉氏複仇（劉裕是西漢楚元王劉交之後），這個原因就有點牽強了。