黃酒釀制觸及很多的微生物，但是在發酵過程中起重要效果的卻是零氧、酵母和細菌。黴菌和酵母對黃酒出産起着主導效果；細菌除某些乳酸菌在浸米水中繁衍、發酵發生乳酸，有利酒醪發酵和增進黃酒風味外，大都細菌對黃酒出産是晦氣的。
一、黴菌
黴菌是中國曆史上使用最早的一種微生物。中國勞動人民早在幾千年前就在日子和出産實踐中逐漸認識了黴菌的效果，并使用它們釀酒、制醬（豆醬、醬油）和制腐乳等，這些都是中國傳統的發酵食物。
根據酒曲的别離研讨結果表明，酒曲中的黴菌首要微生物有下列幾種：
1．曲黴(aspergillus)
曲黴的菌絲有隔膜，為多細胞的菌絲。觸摸培育基的菌絲分解厚壁的足細胞，在足細胞上生出直立的分生孢子梗，頂端膨大成球形頂囊；在頂囊外以輻射方法生出一排或兩排杆狀的小梗，小梗頂端發生一串分生孢子。不一樣種的分生孢子呈黑、黃、白、綠等不一樣色彩。曲黴分生孢子穗的形狀、孢子色彩及巨細等都是判定菌種的重要依據。
現在，黃酒行業使用16米曲黴來制作純種麥曲，也有的用黑曲黴來制作麥曲。烏衣紅曲中的烏衣即是黑曲黴，現已采用純種培育，該菌經判定，編号為as，3.4319。黑曲黴變異株as.3.4427是用于制曲和糖化酶出産的優秀菌株，其酶生機比别的曲黴高3-5倍，使用于黃酒出産可進步糖化才能及出酒率，但成品酒中會呈現某種細微異味。
黑曲黴和米曲黴有各自的特性和不一樣的效果。黑曲黴以糖化型澱粉酶為主，生成的是葡萄糖，能為酵母菌直接使用，并且糖化的持續性長。糖化型澱粉酶能耐酸。用黑曲黴制曲釀酒出酒率較高，但酒的品質不如米曲黴好。米曲黴以液化型澱粉酶為主，生成物首要是糊精、麥芽糖及葡萄糖。液化型澱粉酶不耐酸，在發酵中有前勁，沒有潛力。用米曲黴制曲釀酒，出酒率不及黑曲黴高，但酒的品質好。