黄酒酿制触及很多的微生物，但是在发酵过程中起重要效果的却是零氧、酵母和细菌。霉菌和酵母对黄酒出产起着主导效果；细菌除某些乳酸菌在浸米水中繁衍、发酵发生乳酸，有利酒醪发酵和增进黄酒风味外，大都细菌对黄酒出产是晦气的。
一、霉菌
霉菌是中国历史上使用最早的一种微生物。中国劳动人民早在几千年前就在日子和出产实践中逐渐认识了霉菌的效果，并使用它们酿酒、制酱（豆酱、酱油）和制腐乳等，这些都是中国传统的发酵食物。
根据酒曲的别离研讨结果表明，酒曲中的霉菌首要微生物有下列几种：
1．曲霉(aspergillus)
曲霉的菌丝有隔膜，为多细胞的菌丝。触摸培育基的菌丝分解厚壁的足细胞，在足细胞上生出直立的分生孢子梗，顶端膨大成球形顶囊；在顶囊外以辐射方法生出一排或两排杆状的小梗，小梗顶端发生一串分生孢子。不一样种的分生孢子呈黑、黄、白、绿等不一样色彩。曲霉分生孢子穗的形状、孢子色彩及巨细等都是判定菌种的重要依据。
现在，黄酒行业使用16米曲霉来制作纯种麦曲，也有的用黑曲霉来制作麦曲。乌衣红曲中的乌衣即是黑曲霉，现已采用纯种培育，该菌经判定，编号为as，3.4319。黑曲霉变异株as.3.4427是用于制曲和糖化酶出产的优秀菌株，其酶生机比别的曲霉高3-5倍，使用于黄酒出产可进步糖化才能及出酒率，但成品酒中会呈现某种细微异味。
黑曲霉和米曲霉有各自的特性和不一样的效果。黑曲霉以糖化型淀粉酶为主，生成的是葡萄糖，能为酵母菌直接使用，并且糖化的持续性长。糖化型淀粉酶能耐酸。用黑曲霉制曲酿酒出酒率较高，但酒的质量不如米曲霉好。米曲霉以液化型淀粉酶为主，生成物首要是糊精、麦芽糖及葡萄糖。液化型淀粉酶不耐酸，在发酵中有前劲，没有潜力。用米曲霉制曲酿酒，出酒率不及黑曲霉高，但酒的质量好。