德属东非（1884-1916）
在19世纪末及20世纪初，卢旺达和布隆迪被德国占领并与大湖地区的一些国家合并。这个地方与德属东非的大部分地区连在一起，但却很少有德军驻守。
比属卢旺达-布隆迪（1916-1959）
第一次世界大战时，在1916年，此地区被比利时刚果的军队占领。其后，凡尔赛条约把德属东非分成两部分：较大部分的坦噶尼喀由英国接管；最西面的较小部分也就是今天的卢旺达、布隆迪由比利时接管。
1924年，国际联盟正式授权比利时托管这两个地区，称其为卢旺达-乌隆迪。然而，比利时并未完全遵守国际联盟有关二类托管地的规定，而是将其直接置于比属刚果的管辖之下，直到刚果民主共和国在1960年取得独立（在1945年联合国的重新授权前后，该地区的实际管辖情况并未发生过变更）。
卢旺达王国（1959-1961）
1959年，卢旺达宣布独立，成立卢旺达王国，由图西族人担任国王。
卢旺达共和国（1961-1962）
1962年，胡图族人推翻国王，废除君主制，成立卢旺达共和国。
卢旺达共和国（1962-2001）
红色象征烈士的鲜血，黄色象征革命的胜利，绿色象征希望，R是国名的第一个字母。由于该国旗上的红色会让卢旺达民众联想到1994年卢旺达大屠杀时血流遍地的场景，故2001年卢旺达更换国旗。
卢旺达共和国（2001至今）
独立后，卢旺达国内充满着胡图族和图西族之间的冲突。几年内，有十几万图西族人流亡到周边国家。许多流亡与乌干达的图西族，成立了卢旺达爱国阵线。1990年10月1日，卢旺达爱国阵线从乌干达根据地侵入卢旺达。对此，当时的朱韦纳尔·哈比亚利马纳军政府声称图西族企图再次奴役胡图族人，对图西族采取了种族灭绝的政策。战争持续了两年。1994年4月6日，一架飞机在首都基加利上空失事，机上人员包括哈比亚利马纳总统和邻国布隆迪总统西普里安·恩塔里亚米拉全部遇难。接下来的两个月内，军队和各军事组织在种族屠杀中杀害了近80万的图西族和胡图族平民。爱国阵线再次攻入，7月占领了卢旺达北部。
10月，卢旺达爱国阵线宣布停火协议，此一事件终告段落，在此事件中，联合国及西方国家几乎对此没有任何反应及动作，放任胡图族军政府、民兵及激进分子的屠杀行为。事件结束后，因害怕图西人报复，200万胡图族人，逃到邻国刚果、坦桑尼亚等。
新的国旗上包含蓝色，代表人民必须为和平而战方能使经济持续成长并带来快乐生活；黄色，代表人民必须安居乐业以促进永久的经济发展；绿色，象征借由人民合理的开发达到繁荣的希望，也象征国家的资源。右上方的太阳标志，用24道光芒指引著全国人民，也表示团结一致、纯真透明，与对抗无知的奋斗。