德屬東非（1884-1916）
在19世紀末及20世紀初，盧旺達和布隆迪被德國占領并與大湖地區的一些國家合并。這個地方與德屬東非的大部分地區連在一起，但卻很少有德軍駐守。
比屬盧旺達-布隆迪（1916-1959）
第一次世界大戰時，在1916年，此地區被比利時剛果的軍隊占領。其後，凡爾賽條約把德屬東非分成兩部分：較大部分的坦噶尼喀由英國接管；最西面的較小部分也就是今天的盧旺達、布隆迪由比利時接管。
1924年，國際聯盟正式授權比利時托管這兩個地區，稱其為盧旺達-烏隆迪。然而，比利時并未完全遵守國際聯盟有關二類托管地的規定，而是将其直接置于比屬剛果的管轄之下，直到剛果民主共和國在1960年取得獨立（在1945年聯合國的重新授權前後，該地區的實際管轄情況并未發生過變更）。
盧旺達王國（1959-1961）
1959年，盧旺達宣布獨立，成立盧旺達王國，由圖西族人擔任國王。
盧旺達共和國（1961-1962）
1962年，胡圖族人推翻國王，廢除君主制，成立盧旺達共和國。
盧旺達共和國（1962-2001）
紅色象征烈士的鮮血，黃色象征革命的勝利，綠色象征希望，R是國名的第一個字母。由于該國旗上的紅色會讓盧旺達群眾聯想到1994年盧旺達大屠殺時血流遍地的場景，故2001年盧旺達更換國旗。
盧旺達共和國（2001至今）
獨立後，盧旺達國内充滿着胡圖族和圖西族之間的沖突。幾年内，有十幾萬圖西族人流亡到周邊國家。許多流亡與烏幹達的圖西族，成立了盧旺達愛國陣線。1990年10月1日，盧旺達愛國陣線從烏幹達根據地侵入盧旺達。對此，當時的朱韋納爾·哈比亞利馬納軍政府聲稱圖西族企圖再次奴役胡圖族人，對圖西族采取了種族滅絕的政策。戰争持續了兩年。1994年4月6日，一架飛機在首都基加利上空失事，機上人員包括哈比亞利馬納總統和鄰國布隆迪總統西普裡安·恩塔裡亞米拉全部遇難。接下來的兩個月内，軍隊和各軍事組織在種族屠殺中殺害了近80萬的圖西族和胡圖族平民。愛國陣線再次攻入，7月占領了盧旺達北部。
10月，盧旺達愛國陣線宣布停火協定，此一事件終告段落，在此事件中，聯合國及西方國家幾乎對此沒有任何反應及動作，放任胡圖族軍政府、民兵及激進分子的屠殺行為。事件結束後，因害怕圖西人報複，200萬胡圖族人，逃到鄰國剛果、坦尚尼亞等。
新的國旗上包含藍色，代表人民必須為和平而戰方能使經濟持續成長并帶來快樂生活；黃色，代表人民必須安居樂業以促進永久的經濟發展；綠色，象征借由人民合理的開發達到繁榮的希望，也象征國家的資源。右上方的太陽标志，用24道光芒指引著全國人民，也表示團結一緻、純真透明，與對抗無知的奮鬥。