2020-LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战

“LAMMPS分子动力学技术与应用”

各有关单位:

分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

为全力做好秋季开学疫情防控工作，各地和学校按照“最大限度复学、最严标准防控”原则全面推进恢复正常教育教学秩序，各级教育主管部门也将继续通过开展网络教学衔接高校师生开学后教学科研工作。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办““LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战培训，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，通过本次培训，能够了解LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，走通整个模拟流程，做出能够发表的结果，具体事宜通知如下：

一、时间地点： （非工作日9：00-17：00，工作日19：00-21：00） 

2020年10月11日—10月12日   在线直播

2020年10月17日—10月18日   在线直播

二、报名费用：

每人￥3300元（含报名费、培训费、资料费、证书费）

优惠一：9月21号之前报名汇款可享受优惠 200元（名额有限）；

优惠二：同一单位同时参加2人及以上可享受每人200元学费优惠；；

费用提供正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函；

三、培训特色：

1、本次课程共计20小时，采用非工作日上午和下午各三小时、工作日晚上两个小时教学，全部线上实训教学方式；小班授课，对知识进行由浅入深，层层递进，系统讲解；配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；通过认真阅读文献中分子动力学的描述，能够编写in文件，以复现文献的结果，在此基础上开展自己的研究；在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求；

2、课堂上建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固学习内容。

四、培训课表：

“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”专题线上培训

课  程	内   容
第一天 上午 LAMMPS基础	1  分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中各命令的意义 1.1系综理论 1.2主要算法介绍 1.3积分步长的选取 1.4温度和压力控制 1.5周期性边界条件 1.6分子动力学模拟流程
下午 LAMMPS入门学习	2  LAMMPS入门操作基础 2.1 Linux命令入门基础——掌握运行LAMMPS常用的Linux命令 2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。 2.4 LAMMPS的in文件结构格式，基本语法及常用命令讲解、data文件格式。 2.5 LAMMPS实例讲解。 实例操作：在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序，并运行一个例子。
第二天 上午 Lammps的建模1	3   LAMMPS建模——掌握基本操作流程 3.1  LAMMPS各种参数计算 3.1.1 颗粒模拟 3.1.2 可视化快照 3.1.3 弹性常数模拟 3.1.4 计算热导率 3.1.5 计算粘度 3.1.6 计算均方位移 3.1.7 计算径向分布函数 3.1.8 计算扩散系数 3.1.9 计算能量数据 3.1.10 Lammps常见错误及解决途径 实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子 3.2  lattice命令语法学习及建模实操（金属、合金等晶体建模） 3.3  packmol 建模语法学习及建模实操（含多种分子成分的模拟体系建模） 实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
第二天 下午 Lammps的建模2	4   LAMMPS建模——掌握基本操作流程 4.1  根据分子结构绘制小分子模型、多个模型的合并处理，添加力场及使用msi2lmp.exe工作得到data文件  4.2  VMD、OVITO建模学习及实操（用于建模\模型及轨迹文件显示分析处理等） 实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
第三天  从examples的简单例子学起	5   通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义 5.1  运行examples\flow 两个简单例子并做可视化处理 练习与思考：  5-1 把二维couette流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布 5-2 把二维poiseuille流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布 5-3 建立三维管道内的poiseuille流动 5-4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟 5-5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响 5-6 模拟体系中水更改为KCl溶液 5.2  运行并理解examples\shear   到石墨烯、金属钛拉压模拟 5.3  运行并理解examples\friction  到金属/合金的摩擦模拟
第四天 理解并复现文献内容1 环氧树脂在二氧化硅表面吸附模拟(CVFF力场)	6 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响 6.1 建立模拟体系的初始模型 6.2运行能量最小化及体系的预松弛 6.3压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据） 6.4模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 6.5查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出) 6.6数据分析（origin软件的使用） 6.6.1 MSD分析 6.6.2 计算RDF 6.6.3 计算密度分布
第四天  理解并复现文献内容2 夹层结构(graphene/C60/graphene)摩擦性质模拟 （AIREBO力场）	7  夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度条件下的摩擦性能研究（复杂模型采用多种建模方式组合而成） 7-1  建立夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型 7-2  夹层结构的应力-应变曲线性能研究 7-3  夹层结构摩擦性质研究

颁发证书：

参加相关培训并通过考试的学员，可以获得： 北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用》专业技能结业证书。

联系方式：

【注】开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到请及时电话咨询！

【腾讯文档】LAMMPS分子动力学技术与应用

https://docs.qq.com/pdf/DRFFPd2F4UWVBUGdj