分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF

文章来源：公众号“科研讨论圈”

以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。

• 分子动力学入门理/论                                                                                                                      
• 分子力学简介
  1. 分子力学的基本假设
  2. 分子力学的主要形式
• 分子力场
  1. 分子力场的简介
  2. 分子力场的原理
  3. 分子力场的分类及应用

     LINUX入门	LINUX 简介 用户属组及权限 目录文件属性 LINUX基础命令 LINUX环境变量              Shell常用命令练习
     AMBER简介及安装	AMBER简介和安装 GCC简介及安装 Open MPI简介及安装               AMBER安装运行
     研究对象模型获取	模型文件的预处理 模型来源简介                蛋白文件简介
     研究对象模型构建	模型文件的预处理 蛋白预处理               小分子预处理 AMBER力场简介 拓扑文件、坐标文件简介 top、crd文件的生成 tleap模块的使用 案例实践： HIV-1复合物的预处理
     分子动力学模拟	能量优化、分子动力学模拟 能量优化意义以及方法 模拟温度调节意义及方法 溶剂模型分类及选择 动力学模拟输入文件的编写 运行分子动力学模拟 输出内容解读 案例实践： HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
     结合自由能计算	焓变计算 实验数据分析及检索 MM/PBSA结合自由能计算原理 GB模型讲解及分类 焓变输入文件的编写               焓变结果解读 熵变计算 Nmode计算熵变原理 熵变输入文件的编写 焓变结果解读               实验值与理论值对照分析 案例实践： HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
     可视化软件	3D可视化分析 VMD安装和使用 Discovery Studio 安装和使用                 Pymol 安装和使用
     基于分子动力学的轨迹特征获取	构象分析 RMSD分析 B-Factory 分析                    RMSF分析 RG分析 二级结构分析 VMD动画展示                  距离角度测量
     基于能量的相互作用机理分析	能量分析 残基分解（相互作用分析） 丙氨酸扫描（寻找热点残基） 氢键网络（其它相互作用）