明代始设督抚制，负责地方军政，但明代的督抚往往因事而设（比如地方发生紧急事件），待事情解决就裁撤或者外调他处另用，带有临时差遣的性质。清初，清廷基本上继承了明代的督抚制，督抚临时派遣的性质不变。
清中期，督抚成为固定官职。清廷一般在两省合设总督一职，比如两广总督和云贵总督。当然也有特列，比如四川一省之地就设有四川总督一职。再如两江总督一人辖制东南三省之地。
总督因为职位之高，权力之大，所以清廷在各地总督人选上也是再三慎重。虽然实际管辖范围有所差别，但各地总督在官阶上一般还是平级。然而又因为各地军事、经政重要性存在差异，所以在现实层面各地总督无论是在权力还是威望上都有高低之别。比如直隶总督，除了负责直隶省的军政大事外，在管辖范围内其还负责保卫京畿的安全稳定，所以其职权比一般的总督要高。
而两江总督所辖三省，除了是全国最重要的产粮区，还是清廷的财税重地，所以两江总督自然水涨船高，其实际权力和威望也同样比一般总督更高。另外到了晚清，直隶总督和两江总督往往还另兼朝廷重职，实际权力又更上一层楼。如李鸿章在担任直隶总督后，又兼任北洋通商大臣，权侵一时。
除了常设八大地方总督外，清廷有时还设有专职漕运的漕运总督，以及负责运河堤防、疏浚，兼办黄河的河道总督。
在明代，巡抚并非单纯的文职，一般遇有兵事才被朝廷临时派遣，带有武官的特点。从清乾隆朝开始，巡抚依省而设，一般每个省设一名巡抚。
总督官阶为正二品，巡抚官阶为从二品，但清廷继承了明代总督和巡抚一般都兼任部院大臣的旧制，所以实际上总督官阶一般为从一品，巡抚官阶一般为正二品。值得注意的是，虽然总督的官阶和职权都比巡抚大，但这并不意味着总督就是巡抚的直属领导，总督对巡抚只有“节制”之权，二者并不形成上下级关系。
所以在督抚驻地同城（如湖广总督与湖北巡抚皆驻武昌）的情况下，二者往往容易因为职权上的交互而出现不和，影响地方安稳。
一般来说，总督总管地方军务，巡抚总理地方行政，但有清一代除了少有的边疆领土争端和少数民族叛乱，事实上多数时间还是处于政局稳定、百姓安居乐业的和平状态，故实际上总督并没有什么紧急“军务”可管。
若是总督和巡抚驻地不在一处，二者职权上也容易错开，然而就怕出现督抚同城的情况。没了军务在身，总督强势一点的话，就要把原本属于巡抚的职权纳入到自己手下。
然而虽然总督对巡抚有“节制”之权，但这种伪权力也只是徒于表面的建议指导权。面对总督对自己职权的无理干涉，巡抚虽然表面上不好与之抗拒，但私底下还是会阳奉阴违。督抚二人不和，不仅不利于地方军政的建设，更容易导致社会不安。
然而事实上，督抚权力之争的现象就是清朝帝王一手促成的，属于有意而为，目的也简单——就是为了防止总督和巡抚一方独大，形成地方割据势力。
在未设督抚之前，有些边疆地区出于加强边防的需要，常设将军总揽军政大权。如建省前的新疆设有伊犁将军。而在将军之下又常设都统和总管，负责下属地区上的军政。有清一代，将军和都统都属于武职，将军一般为从一品，都统通常比将军低一级，为正二品。
清代兵制有满汉之别，将军和都统属于八旗兵，而提督和总兵一般属于汉军绿旗兵。绿旗兵由地方长官统率，各省绿旗兵的主将即为提督。提督与总督同级，但与地方巡抚一样同受总督节制。
另外，各省一般设一名提督，境内有水路经过的省份就加增一名水路提督。提督之下又设有总兵，辖制各镇军务，故又被称为总镇。清代提督官阶为从一品，总兵官阶为正二品。
综上所述，有清一代，总督、提督和将军同级，皆为从一品封疆大吏，而巡抚和总兵同级，皆为正二品官员，只有文官武将之别。