皇姑屯火车爆炸案是一个典型的政治谋杀案，日本关东军是这场事件的主犯。日本人为什么要杀了东北军阀张作霖？
张作霖是日本人扶植的。为此，张作霖背叛了国家利益，给了日本人很多好处。但日本无休止的需求和扩张也让张作霖有很大的顾忌。
自从日本向袁世凯提出毁灭中国的“二十一条”以来，反日浪潮非常之高，张作霖不敢完全满足日本的要求，这引起了日方的不满。
1927年，日本政府决定给予张作霖在满蒙的特权。日方强迫他同意日本提出的所有无理需求，否则日本将用武力解决奉系军阀。
于是，日军开始一步步向张作霖施压，这让张作霖非常气愤。
一天，在张作霖打牌的时候，日本使节芳泽紧急拜访了张作霖，要求他答应由中日共同修建吉会铁路。
芳泽说，如果能达成一致，日本可以设法阻止北伐军穿越黄河。张作霖满脸愤怒，回答说，“家中的事情，不必劳烦邻居操心。即使我奉系军被北伐军打败，我也可以撤到关外。”
芳泽见张作霖不同意，就威胁说，如果满洲的治安若因此受到影响，日方将采取强硬措施。
同时，日本公使芳泽污蔑说，张作霖应该对张宗昌部下在济南杀害数十名日本人负全责。
张作霖气得从座位上跳起来，把翡翠烟袋摔成两段。他愤怒地说：“没有调查，要求我对这件事负责是不合理的！就算我这身臭皮囊不要了，我也不能让我的后代抬不起头来。”
话音刚落，张作霖就撇下芳泽，离开了。
日军见张作霖拒不投降，下定决心要除掉张作霖，并将任务交给日本关东军高级参谋长河本大佐去谋划和执行。
河本大佐决定，用炸车的方式谋杀张作霖。他将爆炸地点选在沈阳皇姑屯附近的京奉铁路与南满铁路交汇处。
爆炸物的引爆装置设置在200米外的哨兵处。当时设置了两个引爆按钮（一个备用按钮）以防万一。
河本大佐还组织了一支突击队，一旦张作霖没有被炸死，日本关东军突击队就在混乱中赶来将张作霖杀死。河本大佐还找了三个瘾君子充当死者的替身，转移注意力，混淆视听。
1928年6月3日，张作霖的专列一开动，日本人就给河本大佐发了电报。随后，日本人将张作霖的列车路线情报准确地报告了河本大佐。
张作霖的专列驶入爆炸现场，河本大佐命令东宫大尉引爆，东宫然后按下了引爆按钮，但没有爆炸。
东宫大尉急得大叫：“快，快，快按下备用引爆按钮。”于是，另一旁的神田中尉立即按了备用按钮。一声巨响，只见张作霖的车厢被炸飞了。
张作霖的专列，是当年大清慈禧皇太后的专用花车。爆炸后，日本关东军东宫大尉立即检查，在确认张作霖被炸死后下令关东军撤退。
在撤退之前，东宫大尉还下令属下将引爆的电线收起来。
皇姑屯事件的第二天，日本关东军还假惺惺地邀请奉天交涉署的人员一同去检查现场，并谎称这是南方便衣队干的。
其实，在张作霖被炸死后，日本关东军拍摄了大量现场照片。
直到20世纪80年代，30多张张作霖被炸现场的照片被发现，这些爆炸现场的照片是原侵华日军陆军特务机关的佐久间德带回日本保存的，这些照片是日本关东军谋杀张作霖的有力证据。