明朝嘉靖年间，海瑞任淳安知县时，一位少妇省亲回家，半路遇上大雨，便到附近寺庙避雨。不料，寺中的老和尚见少妇貌美，动了邪念，但少妇只对小和尚有意思，坚决不顺从老和尚。
老和尚一怒之下，竟然杀死了少妇，将尸体埋在寺庙后院。少妇失踪后，婆家、娘家都找不到人，互相责怪，因争执不下，最后告到衙门，找海瑞决断。
海瑞便派了一个年轻的手下，装扮成普通百姓，暗地里侦察，得知少妇曾路过寺庙避雨。这名手下，便一连几日和寺庙的和尚厮混，从小沙弥口中，得知是老和尚害了少妇。
次日，海瑞便带着衙役一干人等，隆重地入寺庙烧香，寺庙的老和尚照例出列陪同。只见海瑞烧香时，当着众人的面突然抬头看向天，好像在倾听什么。过了一会儿，海瑞又突然向上天打躬作揖，连声说道：“知道了，知道了！”
老和尚心虚，顿时脸色大变。海瑞见状，随即大喝一声：”菩萨已经告诉我了，说你（老和尚）杀了那个少妇，你还不快快招认，免得受皮肉之苦！“
说罢，就带领衙役，带着工具，向后院奔去，果然在后院掘出那名少妇的尸体。老和尚以为海瑞果真得到菩萨的指点，心中一慌，就如实交代了自己欲侵犯少妇不得，而杀人的经过，和尚招了供，案子也就破了。
可见，海瑞在审案，断案方面果然智慧非凡，在古代没有指纹提取等现代技术的前提下，审案往往需要审案官和罪犯打心理战，用心计给罪犯”下套“，激着罪犯自我承认，不然罪犯死不招供，就难以结案了。
关于海瑞用智慧断案的故事还有很多，比如”决东明乡刘松冤事“。
话说，当时淳安县东明乡有一个叫刘松的人，外出经商，很久都没有回家。刘松的父亲便外出找儿子，后来在儿子刘松常住的一家旅店，发现了儿子使用的一杆秤，便咬定是旅店的店主杀了儿子，告到衙门，求海瑞大人替他申冤。
海瑞听了刘松父亲的哭诉，觉得这事没有这么简单。海瑞暗想：”如果真是店主杀了刘松，店主应该把秤杆和秤砣都毁了，以便灭迹。既然完好无损地放在店里，说明凶手不是店主“。为了不打草惊蛇，海瑞便将这个案子悬而不决，暗中派人寻访。
半年后，衙役在一个叫三官营的地方发现了刘松的尸体，除了尸体旁边有一块白布头巾外，无任何凶器，和其它线索。
海瑞便从白布头巾下手，他检查后，发现这是一块当时办理丧事之时才用的白布头巾，便派人查访半年前，有谁家办理丧事，最后查到朱守先家。海瑞派人去朱守先家搜查，果然搜出了赃物和凶器。
大堂上，朱守先供认他还有两个同伙。海瑞一听，担心同伙得到消息逃跑，便在大堂上假装发怒，吼道：”既然杀了人，你一个人抵命就可以了，又何必无故牵连他人！“说着，就让衙役把朱守先押入大牢，宣布明日宣判结案。
另外两个同伙听说海瑞只追究朱守先一人，命日就要结案，便放松了警惕，没有逃走。不料，海瑞把朱守先押入大牢后，马上询问朱守先另外两人是谁，住在哪里，询问清楚后，火速派人前去抓捕。次日一早，另外两个人就被抓捕归案，三个人一起抵罪。