历史是说过和做过事情的记忆。——卡尔·贝克
宗庙制度，是任何一个王朝祭祀制度中的重中之重。《商书》中称"七世之庙，可以观德"。也就是说太庙之中太祖百世不迁，后世皇帝按照三昭三穆以世次比，至亲尽而迁。作为一个心怀天下的皇帝，明太祖朱元璋在至正二十七年（公元1367年）还是吴王的时候，就已经开始操心老朱家的宗庙制度了。到了明宪宗朱见深驾崩之后，当时太庙内神主牌位已满，对于该把哪位祖宗的牌位迁出去，朝臣之间产生了激烈的争论。
大明王朝的宗庙制度
洪武朝制定制度
至正二十七年九月，南京太庙竣工，标志着朱元璋政权正式独立，也为老朱开国称帝打下了基础。当时由于出身贫寒，老朱家能追溯到的先祖就是朱元璋的高祖父朱百六、曾祖父朱四九、祖父朱初一和生父朱五四。
至正二十八年（公元1368年）正月初四，朱元璋在南京开国称帝，国号"大明"，年号"洪武"，称今年为洪武元年。当天，朱元璋就就追尊四位先祖为皇帝，其中高祖父朱百六为德祖玄皇帝、曾祖父朱四九为懿祖恒皇帝、祖父朱初一为熙祖裕皇帝，生父朱五四为仁祖淳皇帝。当时太庙之中的位置为德祖居中，懿祖居东第一庙，熙祖居西第一庙，仁祖居东第二庙。从这里看出，当时太庙之中实行的是"一帝一庙"的制度。
明太祖朱元璋孝陵神道
到了洪武八年（公元1375年），感觉到当时的太庙所在地"地势稍偏"，于是朱元璋下旨重建太庙。洪武九年十月，新太庙竣工，但是此时迁入新太庙的四祖牌位却由"一帝一庙"改成了"同殿异位"。中室奉德祖，东一室奉懿祖，西一室奉熙祖，东二室奉仁祖，皆南向。同时确定了天子九庙制度，后世皇帝依次迁入，等太庙中九个牌位满了之后，再根据"亲尽而迁"的原则依次迁出。
永乐朝启用双庙
朱元璋驾崩之后，皇太孙朱允炆即位。朱允炆登基之后将其父懿文皇太子朱标追尊为皇帝，庙号兴宗并升祔太庙。但是朱棣靖难成功之后，朱标一系的合法性被彻底否定。朱标的牌位被弟弟朱棣从太庙中迁出，朱允炆这个合法皇帝既没有追谥，更没有升祔太庙。
永乐十八年（公元1420年）十一月，朱棣正式下旨迁都北京。第二年的正月初一，朱棣亲自奉五庙神主于北京太庙，一切礼制同南京时旧制。至此，明朝开始实行一国两个太庙的"双庙制"。
北京太庙
围绕该祧哪个牌位所产生的争论
朱棣去世后，庙号太宗，太庙之中牌位数达到6个。朱棣之子朱高炽去世后，庙号仁宗，太庙之中牌位数达到7个。朱高炽之子朱瞻基去世后，庙号宣宗，太庙之中牌位数达到8个。朱瞻基之子朱祁镇去世后，庙号英宗，太庙之中牌位数达到9个。现在皇帝朱见深驾崩，庙号宪宗，即将升祔太庙。根据"亲尽而迁"的原则，到底应该把德祖还是懿祖的牌位迁出太庙，新皇帝朱祐樘下旨朝臣对此进行讨论，结果朝堂之上就此产生了剧烈的分歧。
（成化二十三年十一月）丁未，敕谕礼部曰：朕惟古者天子九庙，而祖功宗德百世不祧，其他则以次祧迁有常制焉。恭维太祖高皇帝混一区宇，肇正纲常。追祀德懿熙仁四祖，同殿异位，情文具称。列圣相承，昭穆有序。至于皇祖考英宗睿皇帝，九庙已备。兹者皇考继天凝道诚明仁敬崇文肃武宏德圣孝纯皇帝山陵将毕，升祔有期，当定祧迁之制。（《明孝宗实录卷六》）
十一月二十六日，礼部尚书周洪谟回复祧迁之制。中心思想就是以德祖为始祖，百世不迁。太祖朱元璋和太宗朱棣则仿照周文王和周武王在周朝太庙中的位置，建立世室，皆百世不迁。然后从懿祖开始，到熙祖、仁祖、仁宗、宣宗、英宗乃至宪宗以次递迁。太庙寝殿之后则别建一殿以奉懿祖神主及之后"亲尽而迁"的皇帝神主。
吏部侍郎杨守陈则反对周洪谟的建议，认为天子七庙，祖功而宗德。因此，但凡是庙号太祖的，就是始祖，始祖必须配天。现在正确的做法就是将德祖、懿祖、熙祖三祖一并迁出太庙。这样把宪宗皇帝升祔太庙之后，正好符合《周礼》所说的天子七庙制度。等再下一任皇帝即位，将仁祖迁出太庙之后，太祖皇帝正位中间，就可以比拟契稷，其余祧主藏于后寝依礼祭祀就好。
最终朱祐樘拍板坚持九庙的制度，也就是采取了周洪谟的建议，将懿祖皇帝的神主迁出太庙。朱祐樘的这个举动，为日后明世宗嘉靖帝钻空子留下了隐患。如果按照杨守陈的建议，宪宗祔庙之后，太庙中的神主依次为仁祖、太祖、太宗、仁宗、宣宗、英宗、宪宗。等孝宗驾崩，武宗继位之后，将仁祖神主迁出。太庙中的神主依次为太祖、太宗、仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗。而武宗驾崩，世宗继统之后，按照太祖、太宗百世不迁的原则，应该迁出仁宗神主。太庙中的神主依次为太祖、太宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、武宗。此时世宗如果要将其生父称宗祔庙的话，就要把宣宗朱瞻基的神主迁出太庙。按照世宗日后为了保持其父的地位，先将去世皇后祔庙的话，就要再把英宗的神主迁出。要知道英宗是世宗的曾祖父，无论如何都不到"亲尽"的程度。
明孝宗朱祐樘无论如何也没有想到自己的儿子明武宗朱厚照会绝后无嗣，而自己的侄子明世宗朱厚熜为了给自己老爹一个名分，将太庙制度折腾地不像样子。正是他采取了周洪谟的建议以德祖为始祖，并保持太庙之中九庙制度不变，世宗才可以只将德祖迁出太庙，便轻松实现自己生父祔庙的意图。此后再以亲尽为理由迁出仁宗，别人也不好说什么，毕竟对于世宗来说，仁宗已经了六世祖了。