建兴四年（公元 316 年）十一月，立国五十一年的西晋王朝宣告灭亡。次年三月，在南下的中原士族与南方士族共同的拥立下，琅邪王司马睿在建康重建晋朝政权，史称东晋。
大兴元年，（公元318年）三月，愍帝被害的消息传至建康，司马睿正式称帝。此时的北方地区已经彻底沦为游牧部落与地方军阀的地盘。东晋王朝的建立，作为汉族的一面政治旗帜，象征着所谓"正朔相承"，给江南地区经济文化的发展提供一个相对安定的社会环境。
但是，东晋建立后，推行的一系列政策并没有起到所谓的休养生息，准备反攻的效果。实际上，东晋执行的依然是导致西晋末年人民反抗的士族门阀统治。王导等人提出的"谦以接士，俭以足用，以清静为政，抚绥新旧"的方针，仅能勉强维持偏安局面而已。正因如此，东晋一代始终没有出现过焕然中兴的新气象。而错综复杂的社会矛盾—阶级矛盾与统治阶级内部矛盾，则成了笼罩在东晋王朝的复杂多变的政治风云。
东晋是士族地主阶级垄断政权，把持仕途，实行门阀专政的时期，门阀制度发展到了顶峰。西晋时还没有出现某几家士族独掌政权的局面，少数寒门出身的人物也可以通过种种途径跻入高官显宦之列。到了东晋，地盘小了，门阀政治反而却更加极端。史载"高门华阀，有世及之荣；庶姓寒人，无寸进之路。"
最为关键地是，东晋依旧实行"八议"制度。所谓"八议"，系指"议亲"、"议故"、"议贤"、"议能"、"议功"、"议贵"、"议勋"、"议宾"。以上八种人享有被酌情减刑或免刑的特权，如果犯了死罪，要报请皇帝亲自裁决。历朝历代，贵族肯定是有特权的，但是直接在法律上规定贵族有特权的王朝还没几个。
这些仅仅只是门阀政治的一点缩影，总之，东晋的整体方针就是围绕士族而制定的。在这样的压迫下，农民起义基本上是必定发生的。如范宁说∶"人不堪命，叛为盗贼，是以山湖日积"，王羲之也指出，"山海间，民逃亡殊异，永嘉乃以五百户去，深可忧，深可忧!"。
隆安三年（公元399年）十月，司马元显以东晋朝廷的名义颁布征兵令，征发东土诸郡原是奴隶被放免的佃客当兵，美其名曰"乐属"。征兵令下达后，"东土嚣然，人不堪命，天下苦之矣"。该事件立即成为大规模农民起义的导火线。
在此之前，东晋的农民群众早已对东晋王朝的反动统治深怀不满，先后爆发过一系列小规模的农民起义。当司马元显强征的命令下达后，被逼得走投无路的佃客、编户农民以及奴隶们怒不可遏，准备起义。孙恩抓住了"民心骚动"的有利时机，于隆安三年（公元399年）十月，率百余人攻上虞（今浙江上虞），向山阴进发。途中，农民群众纷纷前来投奔，迅即"有众数万"。会稽内史王凝之是一个虔诚的五斗米道信徒，既不出兵阻击，也不分兵防御，而是"日于道室稽颡跪咒"。
十一月初二日，孙恩率众攻陷山阴。王凝之逃跑，被起义军抓到斩首。孙恩受到当地群众的热烈欢迎和衷心拥护，"会稽大小莫不翼戴"。
孙恩率众登陆成功，连克二城，东南诸郡立即爆发了起来。史载"会稽谢缄、吴郡陆琅，吴兴丘旭、义兴许允之、临海周胃、永嘉张永及东阳、新安等凡八郡，一时俱起，杀长吏以应之，旬日之中，众数十万。"各地起义农民络绎不绝地向会稽集中，山阴成为浙东诸郡农民起义的中心。孙恩发动起义有功，众望所归，成为东土诸郡农民起义的领袖。他自称"征东将军"，称起义军战士为"长生人"。
吴兴太守谢邈、永嘉太守谢逸、嘉兴公颜胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲（邈冲为第一流大士族官僚谢安之侄）及张琨、中书郎孔道、太子洗马孔福、乌程令夏侯情等，均被起义军镇压。位高势重的侨姓大族受到的打击最为沉重，有的"合门遇祸，资产无遗"。被镇压的官僚和地主分子中，有不少是五斗米道的信徒，起义军并没有因为宗教信仰而混淆阶级阵线，这正说明东土诸郡武装起义的基本性质是农民阶级反对封建统治阶级的阶级大搏斗。
农民起义军攻势凌厉，守卫郡县的东晋政府军不堪一击。平日骑在群众头上作威作福的地方官僚如吴国内史桓谦、临海太守新蔡王崇、义兴太守魏隐（又作儒）等惊慌弃郡，狼狈逃窜。起义军迅速控制了东土诸郡的大部分地区，署置官属，建立起临时性的政权机构，如任命许允之为义兴太守、陆壤为吴郡太守、丘框为吴兴太守、沈穆夫为余姚令等等。首都建康附近的农民群众积极响应起义，"畿内诸县，处处蜂起"。①连建康城中，也潜伏着孙恩派去的起义战士，他们在城中刺探消息，观察动向，为起义军进军建康作准备。
东晋中央政权能够直接指挥的兵力很单薄，"乐属"新军的组建又已流产，要扑灭燃遍浙东诸郡、危及东晋统治的革命烈火，只能依靠北府兵。 当时北府兵实际上堂握在辅国将军刘牢之的手中。
北府兵是一支训练有素、能征惯战的劲旅，与郡县兵不同。可是起义军在控制八郡后，义军首领孙恩却由胜而骄，不能正确估计敌我形势，以为胜利在握，因而麻痹轻敌。在这种思想指导下，孙恩根本不作军事上继续进攻的部署，这就使素有战斗经验的北府兵有机可乘，从而使浙东诸郡战场的军事形势很快便发生了明显的变化。
隆安三年（公元399年）十二月，谢琰率军攻陷义兴。杀害孙恩所署义兴太守许允之。接着又打败起义军丘炳部，占领吴兴，屯兵乌程。刘牢之率军东讨至吴郡，东晋朝廷进封他为前将军，都督吴郡诸军事。谢琰派部将高素带领一支部队，配合刘牢之作战。刘、高联军渡浙江（今富春江），陷会稽，起义军委派的吴郡太守陆璃、吴兴太守丘旭，余姚令沈穆夫等均遭惨杀。
起义军连遭打击，被迫向海岛撤退。在撤退途中，他们有意把许多珍宝丢弃在路旁，从而使起义军赢得了安全退却的时间。
孙恩退入海岛后，刘牢之还镇京口，东晋朝廷任命谢琰为会稽内史，都督会稽、临海、东阳、永嘉、新安等五郡诸军事。打了胜仗的谢琰十分骄横，认为起义军已经彻底无法反抗。所以，谢琰对军事准备一点措施都没有。
然而，谢琰错误地估计了形势。农民起义军虽然暂时失利，但部队主力并未受到损失。经过短时间的休整，于隆安四年（公元400年）四月，从浃口（今浙江镇海南甬江入海处）迅速登陆，突入余姚，疾趋上虞，兵锋直逼邢浦（今浙江绍兴北）。这是一次试探性的进攻，当义军遭到刘宣之部阻截后，旋即退回海岛。几天后，又重新组织进攻，在邢浦附近，击溃上党太守张虔硕部，乘胜锐进。
五月三十日，在山阴附近，谢琰亲自统帅主力部队与起义军展开决战。当时东晋军士卒还没有吃早饭，而山阴附近河湖密布。谢琰的部队只能排成单行，鱼贯而前。起义军则分列在舰中"傍射之"。东晋士兵既不能隐蔽，又无法还击，一个个应弦而倒，最后溃不成军。谢琰帐下的都督张猛见此便欲降起义军，趁机杀死谢琰与其二子（谢肇、谢峻）。琰前锋广武将军桓宝，也被起义军杀死。起义军收复山阴。
谢琰被杀的消息传到建康，东晋朝廷异常惊恐，派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终，宁朔将军高雅之等率军增援浙东前线。起义军在余姚重创高雅之部，歼灭敌军大部。由于军情紧急，司马元显不得不重用刘牢之，让他都督浙东五郡诸军事，全权指挥浙东战场的各支政府军。
隆安四年十一月，刘牢之"率众东征，屯上虞，分军戍诸县"，重新进行军事部署，加强各地防务。孙恩为了保存有生力量，指挥起义军退守浃口，以便进可攻，退可撤回海岛。
隆安五年（公元401年）二月，起义军复出浃口，频攻句章（今浙江宁波市南）。义军围城数十日，仍不能攻克，又退回浃口。三月，起义军北攻海盐（今浙江海盐县），刘裕在海盐筑城死守，双方展开了激烈的争夺战。开始，起义军失利，将领姚盛战死。起义军前仆后继，英勇奋战，刘裕也不得不称赞起义军说∶"贼兵甚精"。最后刘裕遭到惨败，"所领死伤且尽"，但起义军未能攻克海盐，于是转而进兵沪渎（今上海青浦）。五月，起义军攻下沪渎垒，杀死吴国内史袁山松，政府军死亡四千余人。为了摆脱政府军的主力，起义军决定进行战略大转移，利用水上优势，以十万之众分乘楼船千艘，乘风破浪而上，旌旗直指京口。
京口是屏障建康的门户，如果京口失守，建康就危在旦夕。因此，东晋朝廷再次宣布戒严，并召豫州刺史司马尚之领兵入援京师。六月一日，孙恩率领舰队至丹徒，引起"京邑震动"。这时司马尚之的部队还在途中，刘牢之隔在山阴，只有刘裕带领一支北府兵沿海拒之。
虽然刘裕率军倍道兼行，几乎与起义军同时到达蒜山（今江苏丹徒西），但是所带兵力不多。起义军方面则拥有十万之众，士气高昂，明显地占据优势。
起义军抢先攻占蒜山，甩开刘裕部，乘船径向建康进发。但是由于楼舰高大，逆风而行，速度十分缓慢。当抵达自石（今江苏南京市北）时，奉诏入援的司马尚之已经先行赶到，同时刘牢之也率军向建康进发，孙恩的计划无法实现。
根据新的形势，起义军分为两部行动，主力部队由孙恩统帅，回至郁州（今连云港市，当时为海岛）；一支偏师由卢循率领，进攻广陵（今江苏扬州）。卢循部歼灭东晋军三千余人，退据郁州，与孙恩会师。刘裕与刘敬宣率军紧追不舍，八月也赶到郁州。东晋王朝在沿海严密布防，使起义军无法靠岸。
由于长时间航行在风急浪恶的大海上，数万名战士得不到休整，给养也难以补充，战斗力大为削弱。在郁州的遭遇战中，起义军遭受严重损失。孙恩率众浮海南下，刘裕督师尾随。起义军十一月在沪渎、海盐试图登陆，都没有成功，连续被刘裕部击败，损失兵力万余人，加上疾疫，起义军不得不从涞口远进海中。
元兴元年（公元402年）三月，孙恩率起义军直趋临海。由于起义军在上次大规模的军事行动中元气大伤，因而不仅未能攻占临海，反而被临海太守辛景击溃。起义军连遭重创，陷入濒临覆灭的绝境。孙恩不愿被政府 军俘虏，于临海投海自杀，与孙恩一起殉难的战士有数百人之多。孙恩起义遭到东晋政府的血腥镇压，数十万起义军战士，由于"战死及自溺"或"流离被传卖"，最后，"裁数千人存"。