清朝四大奇案中，後人認為科考案并沒有什麼玄機，雖然順治十四年丁酉科考案吳兆骞有些冤枉，其實從這場大案中，沒有冤枉之說，從科場案中有許多深層次東西外露，一個是明朝黨争延伸到清朝，第二是順治打壓漢人，第三是南北之争。
順治十四年（1657年）除了順天考場外，清朝還在南京設了“江南闱”，南京考場同樣重要，因為自古江南多才俊，是以設定江南闱就是為清朝選拔江南的人才。江南闱的主考官叫方猷，副主考叫錢開宗。
這兩名考官都是順治帝親自挑選的，順治帝對二人很相信。臨行前警告二人：“倘所行不正，決不輕恕”。
當時科舉考試有很多問題，在明朝就出現舞弊問題了。順治進關後，效仿明朝科舉考試，經常發生舞弊案，順治帝對科場案處罰的很輕微。是以方、錢二人對于順治帝的警告并沒有放在心上。更重要還是沒瞧得起順治帝，認為順治帝年輕，而且還是滿人并不懂科舉考試。但方、錢二人沒想到他們輕視之舉引發一場大案。
方、錢二人到了南京後，早把順治帝的話放一邊了，他們在考試中收了大量錢财。江南闱揭榜後，考中的都是些富貴子弟，當時有江南士子就寫詩諷刺方猷與錢開宗：“孔方主試合錢神，題目先論富與貧。金陵自古稱金穴，白下于今中白丁。”
除了寫詩諷刺，還有人出書諷刺，當時南京有一本叫《萬金記》就是影射方猷與錢開宗的，把方字去一點，錢字取一半。還有一本叫《鈞天樂》雜劇也是寫科場舞弊的故事。方、錢二人回京師路上，路過常州蘇州時，被人一路罵聲不斷，還有人向他們乘的船裡扔石頭，吓得二人不敢出來。
本來順天大案剛過去不久，牽連很多人，像李振邺等人都被處以極刑，此時北方大臣劉正宗認為有機會可以收拾南方官員了，于是工科給事陰應節把就江南闱的案子上報順治帝。甚至把方拱乾的第五子方章钺與方猷聯宗也列入其中。
其實劉正宗與陰應節參奏此案，主要目的就是把方拱乾牽連進去，為什麼要牽連方拱乾，這是明朝末年黨争的延續。因為方拱乾曾在南明時期南太子案中得罪過劉正宗。是以，劉正宗要報複。
另外方拱乾父子深受順治帝寵愛，大兒子方玄成是順治六年的進士，二兒子方享鹹是順治四年的進士，三子方育盛、四子方膏茂都是舉人，還有五子方章钺、方奕箴。方拱乾給兒子取名都有規律，第一個字第一筆為點，第二字最後一筆都是斜鈎。方氏父子的才名震江南，投降清朝後，同樣也受到順治帝的喜歡。是以方氏父子也遭到北方大臣的嫉妒。
由此可見順治十四年江南闱案實際上是明末黨争延伸，是北方大臣與南方大臣之間的恩怨之事。
本來順治帝就因順天科場案很惱火，當陰應節的奏折報來後，順治帝立即把方玄成叫來，詢問是否與方猷有關。方玄成說他們家是安徽桐城的方家，而方猷是浙江人，兩個方家不是同宗人。是以，他的弟弟方章铖不在回避之列。
順治帝要進一步了解江南闱的情況，此時太監找來《萬金記》和《鈞天樂》兩刻本，順治看完将信将疑，但當他聽說《鈞在樂》作者是尤侗時，立即相信了。因為尤侗這個人是江南名士，他寫的文字深得順治帝的贊賞。
順治帝随即下令，嚴肅查辦江南闱案，把方猷與錢開宗革職法辦，方章钺等人押到京城嚴審。方拱乾還要如實說明情況。
方拱乾同樣把他們方家與方猷家沒有任何關系，再次說自己的兒子依然能參加考試。其實方拱乾再這樣說，順治帝已經不信了。
此時順治帝已經決定舉起刀，要“殺雞儆猴”了。所謂的“雞”就是江南官員和才子們。因為順治當皇帝後，重用漢人漢官，但南方還依然有抗清的勢力。這些抗清勢力與江南才子關系千絲萬縷。
這次江南闱案發生後，順治帝認為機會來了，他迅速抓住此次案件，打壓了江南官員。是以即使方章铖與此案無關，但也在追查範圍内。
而江南是曆代王朝的交稅大區，受到王朝重視，當時流行一句話：“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。是以，順治必須要借助江南科場案，進一步打壓江南人士，確定清朝的長治久安。
對順治帝來說，他并不知道漢官們之間存在的黨争，因為這些黨争是明朝延續下來的。
關于江南科場案，還有一個不得不提的細節，那就是順治帝寵愛的妃子董鄂妃。順治十五年時，順治親自主持順天科場複試，128人中有8人文理不通被革去舉人。就在這時，董鄂妃生的皇四子病死，不足百天，是以董鄂妃很傷心。
看着愛妃傷心，順治皇帝心情也跟着變差，甚至眼神恍惚。而且在處理江南闱案件中，清朝一件接着一件事不斷發生。大臣陳之遴等人勾結宦官吳良輔事發，又讓順治帝很上火。因為順治入關後，他吸取明朝教訓，專設立鐵牌，嚴禁宦官幹政，交結漢官等行為，違者直接淩遲處死。陳之遴被革職發配盛京，最後死在流放地。而吳良輔并沒有受到處罰，是以有人說陳之遴被革職，是一場有預謀的陰影。
陳之遴是江南官員，也是劉正宗打擊範圍。但此時的順治帝已經惱火不已，這與痛失愛子，愛妃心情不好有直接關系。
後來董鄂妃有病，以及後宮的諸多事情，順治帝并沒有立即處理江南科場案。但後來醫董鄂妃病情加重，順治帝心理變得極其煩躁，是以在處理江南科場案時，更加苛刻。順治帝再次大開殺戒。不過方氏父子沒被殺，但被流放甯古塔，後來想辦法回到京城。
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參考資料：《清史稿》