活性污泥反應系統中的原動物相是判斷水質的重要标準
參與活性污泥反應的細菌屬還有：産堿菌屬、膠質菌屬、黃色菌屬、團毛單核細胞菌屬、大腸杆菌屬等。
在活性污泥反應體系中，還可有細菌屬：無色芽孢杆菌屬、氣體芽孢杆菌屬、芽孢杆菌屬、諾卡型菌屬、八球菌屬和類球菌屬。
其中細菌能成為活性污泥反應體系的主導屬，取決于污水原料的有機污染底物的性質，含有大量的糖類和污水中的烴類，有利于假單胞菌屬的生長繁殖，而污水中富含蛋白質，會使堿性細菌的增殖速度加快。
上述各屬細菌增殖率高，在适當的環境條件下，它們的代際時間一般隻有20-30min，這些屬的細菌還具有降解有機底物并将其轉化為穩定的無機物質的較強功能。
活性污泥反應系統中還存在不同種類和屬的先天性動物。在活性污泥反應系統中存活的原動物主要由細菌喂養，不同的原動物物種對環境條件的品質有不同的要求。結果，原生動物的出現，在屬和數量上都會随着混合液态細菌的狀況和水質的逐漸改善而改變，進而按軟骨、鞭毛蟲和纖毛蟲的順序排列。
在活性污泥反應系統啟動的初始階段，活性污泥和細菌尚未得到很好的培養，混合物中的細菌大多為遊離狀态，混合液态水質不好，此時原生動物為肉和腳類昆蟲，如根足變形蟲和輻射變形蟲。此外，可能還有一連串的梨波豆蟲屬于動物鞭毛蟲和跳側滴蟲。在環境條件品質進一步改善後，新興的原生動物将是遊泳纖毛蟲，其主要可能是：豆形蠕蟲、漫遊昆蟲、草蟲、腎形昆蟲和盾絲蟲。
當活性污泥菌群培養成熟、結構良好時，混合物中的菌種已"濃縮"在活性污泥菌群中，混合液的水質接近處理水時應達到的品質，此時将出現以固體纖毛為主體的原生動物， 它有一個單獨的小嘴鈴蟲，但也有一組昆蟲，這是常見的：塗鴉，毛細血管，多鰓和單孢菌。
通過顯微鏡的鏡面檢查，可以觀察活性污泥反應系統中出現的後代動物，識别和識别其屬，并相應地判斷處理後的水的品質，是以後代動物在活性污泥反應系統中被稱為訓示性微生物。
它是用顯微鏡判斷活性污泥反應系統中原動物生物相的水質和活性污泥品質的重要手段。
原生動物
此外，原始動物繼續以混合物中的遊離細菌為食，這在進一步淨化水質方面起着重要作用。細菌是活性污泥反應系統中淨化水質的第一承擔者和主要承擔者，而通過進料處理的水中的遊離細菌，使污水的生畜進一步淨化是污水淨化的第二承擔者。
輪蟲在動物後期并不常出現在活性污泥反應體系中，一般在處理水質優良的活性污泥體系中，如延遲曝氣活性污泥處理系統，是以，出現了轉盤，說明處理後的水已經得到很好的淨化處理，是水質穩定的标志。
在活性污泥反應系統中，原始動物捕食者細菌是活性污泥生态系統的第一捕食者，活體動物的第二捕食者是生态系統的第二捕食者。
在活性污泥反應系統中，會不時出現絲狀細菌。活性污泥反應系統中出現的絲狀細菌是澤西細菌。澤西島細菌是好氧菌，有機污染物具有很強的分解功能，在這方面，在污水活性污泥處理系統中存活一定數量的澤西菌，降解有機污染物是有益的，但是，如果在活性污泥反應系統中大量繁殖，會對活性污泥反應系統造成損害， 應避免這種情況。