太戊死後，其子仲丁繼位，開啟商代遷都之旅，并興兵征藍夷；仲丁死後，商代開始了長達百年的九世之亂，商朝内部王位紛争不斷，屢次遷都，諸侯叛離，同時與外邦連年戰争，商朝中衰。但在九世之亂中，還是有一位有為之君祖乙，使商朝得以短暫中興。
太戊死後，其子仲丁繼位。仲丁也叫中丁。
仲丁在位的第一年，因黃河決堤，将都城從亳都遷到嚣，也稱隞。嚣在今河南省鄭州市西北。
仲丁在位的第七年，位于商朝東南方的藍夷部族侵略商朝統治區域，仲丁率兵征讨并打敗藍夷。
仲丁九年去世，其弟外壬繼位。
在仲丁死後，其弟外壬奪取王位，開始了商朝長達百年的“九世之亂”，商朝面臨内外交困的局面：内部而言，王位紛争不斷，水患不斷，商朝屢次遷都，諸侯叛離；外部而言，與東方的夷族、西方的戎族時有戰争。商朝開始衰落。
商朝中心區域地圖
曆史記載：
《竹書紀年》：仲丁，名莊。元年辛醜，王即位，自亳遷于嚣，于河上。六年，征藍夷。九年，陟。 《史記·殷本紀》：中宗崩，子帝中丁立。帝中丁遷于隞。
商朝的九世之亂是指仲丁、外壬、河亶甲、祖乙、祖辛、沃甲、祖丁、南庚、陽甲這九代商王在位時期，因王位傳承制度的混亂造成的連續的王位争奪，同時加之黃河水患而造成的屢次遷都，更有外部與東夷和西戎的戰争，造成了諸侯不朝、商朝中衰的局面的曆史事件，這一事件大概持續了一百年左右。這一事件直到盤庚遷都、商朝中興之後才結束。
外壬
仲丁死後，其弟外壬繼位。外壬在甲骨文蔔辭中被稱作蔔壬。
外壬元年，商朝的兩個關系較為親密的諸侯國邳國、姺國發生了叛亂。邳國的祖先是夏禹時期的車正奚仲，也是商湯時期丞相之一仲虺的後代；姺國是從有莘氏發展而來的，商湯的妃子就是有莘國首領的女兒，而且伊尹也是從有莘國作為陪嫁奴隸而來到商國的。
從關系來講，邳國、姺國的祖先是商湯時的左右丞相，與商朝的關系應當是比較親密的，但在商朝衰落之後，在仲壬在位期間，都叛離了商朝的統治。
在外壬在位期間，他并沒有能力解決邳國、姺國的叛亂。最終解決兩國叛亂的是他的弟弟河亶甲。
外壬在位十年而崩（一說十五年），其弟河亶甲繼位。
《竹書紀年》：外壬，名發。元年庚戌，王即位，居嚣。邳人、姺人叛。十年，陟。 《史記·殷本紀》：帝中丁崩，弟外壬立，是為帝外壬。仲丁書阙不具。
河亶甲
河亶（dǎn）甲和仲丁、外壬同為太戊的兒子。
河亶甲元年，将都城從嚣遷到了相。相在今河南省安陽市内黃縣。其遷都的原因是為了緩解商朝内部争奪王位的沖突，同時躲避邳國、姺國的叛亂。
河亶甲三年，與商朝關系親密的諸侯國大彭國的首領彭伯，率軍幫助商朝平定了邳國的叛亂，邳國重新臣服于商朝。大彭國據說是彭祖的後代，在夏啟時大彭國首領彭伯壽就曾率軍幫助夏啟平定過武觀之亂。而傳說中的彭祖壽八百，其實是大彭國存在的年數，大彭國在後來武丁在位時為商所滅。
河亶甲四年，繼仲丁之後，商朝再度出兵征讨藍夷。
河亶甲五年，姺國和班方結盟。河亶甲命大彭國首領彭伯、豕韋國首領韋伯率軍征讨班方，打敗并臣服班方。姺國再無外援之後，面對大軍隻好投降，重新臣服于商朝并納貢。
河亶甲在位九年而崩，其子祖乙繼位。
就功績而言，河亶甲是要強于前任外壬的，他解決了商朝内部的叛亂，同時征讨了東方夷族，在一定程度上緩解了商朝的沖突，穩定了商朝的統治，為他的兒子祖乙中興奠定了基礎。
《竹書紀年》：河亶甲，名整。元年庚申，王即位，自嚣遷于相。三年，彭伯克邳。四年，征藍夷。五年，姺人入于班方。彭伯、韋伯伐班方，姺人來賓。九年，陟。 《史記·殷本紀》：河亶甲居相。 《史記·殷本紀》：帝外壬崩，弟河亶甲立，是為帝河亶甲。河亶甲時，殷複衰。
祖乙中興
祖乙元年，将都城從相遷到耿。耿在今山西省運城市河津市。遷都原因是因相居于黃河下遊，黃河長年水災，影響農業生産和商朝統治。
祖乙
祖乙二年，耿因黃河泛濫而被沖塌，将都城遷到邢。邢即今河北省邢台市。在此次遷都過程中，有一部分商朝貴族不願再遷徙，就落腳在耿。祖乙将其弟祖丙分封于耿，建立耿國。祖丙也被認為是耿姓的祖先。
祖乙三年，任命巫賢為卿士，相當于丞相。巫賢是祖乙一朝輔佐其中興商朝的賢臣，是太戊時大巫師巫鹹的兒子。
祖乙八年，邢遭遇水患。于是祖乙再次遷都到庇，庇在今山東省菏澤市郓城縣北。并在庇營建宮城，并立宗廟社稷。
祖乙十九年去世，其子祖辛繼位。祖乙死後，因中興商朝，被尊為中宗。
殷墟出土的祭祀祖乙的甲骨文
祖乙在位期間，憑借父親堅定的基礎，任用賢臣巫賢，對内發展民生，對外征服東夷，是的商朝的經濟得到發展，商朝得到一定程度上的複興。在後世，孟子和晏子都将祖乙和商湯、太甲、太戊、盤庚、武丁并列為商朝的有為之君。
出土于寶雞的西周青銅器“祖乙鹵”之上的銘文
《竹書紀年》：祖乙，名滕。元年己巳，王即位，自相遷于耿，命彭伯、韋伯。二年，圮于耿。自耿遷于庇。三年，命卿士巫賢。八年，城庇。十五年，命邠侯高圉。十九年，陟。祖乙之世，商道複興，廟為中宗。 《史記·殷本紀》：祖乙遷于邢。 《史記·殷本紀》：河亶甲崩，子帝祖乙立。帝祖乙立，殷複興。巫賢任職。 《孟子·公孫醜上》：由湯至于武丁，賢聖之君六七作。 《晏子春秋·内篇·谏上》：夫湯、太甲、武丁、祖乙，天下之盛君也。
祖辛
祖辛是祖乙之子，在甲骨文中他被稱作且辛。在他繼位後仍以庇為都城。而關于他在位時期的作為，史書上隻字未提。
祖辛在位十四年而崩，其弟沃甲繼位。
商晚期的青銅瑰寶——祖辛卣
《竹書紀年》：祖辛，名旦。元年戊子，王即位，居庇。十四年，陟。 《史記·殷本紀》：祖乙崩，子帝祖辛立。
沃甲
沃甲，在甲骨文蔔辭中作羌甲，《世本》一書中作開甲。沃甲在位時期的事迹在史書中同樣未曾提及。
沃甲在位五年而崩（一說二十五年），據說是患病而亡，谥号僖王，從其谥号來看，就是個碌碌無為、混吃等死的主。在其死後，由其哥哥祖辛的兒子祖丁繼位。
《竹書紀年》：開甲，名逾。元年壬寅，王即位，居庇。五年，陟。 《史記·殷本紀》：帝祖辛崩，弟沃甲立，是為帝沃甲。
祖丁
祖丁，在甲骨文中被稱作且丁，他是祖辛之子，沃甲之侄，盤庚之父。
在他繼位後也以庇為都城。而關于他在位時期的作為，史書上也是隻字未提。
祖丁在位九年而崩，谥号商莊王。在其死後，其弟南庚繼位。
《竹書紀年》：祖丁，名新。元年丁未，王即位，居庇。九年，陟。 《史記·殷本紀》：帝沃甲崩，立沃甲兄祖辛之子祖丁，是為帝祖丁。
南庚
勘誤：《史記》記載南庚是沃甲之子、祖丁堂弟；而根據甲骨文蔔辭記載，南庚是祖辛之子，是祖丁的親弟弟。
南庚繼位的前兩年，以庇為都。
南庚三年，将都城由庇遷到奄。奄即今山東省濟甯市曲阜市。遷都原因是因王位争奪而連續内亂，内部沖突尖銳，商朝國力再度衰落。
南庚在位二十八年病死，谥号商頃王，甄心動懼曰頃，意思是謹慎時刻保持警惕。在其死後，其侄陽甲繼位。
甲骨文中的南庚合文，合文是一種合體字，在後來的青銅器銘文中也常見到
《竹書紀年》：南庚，名更。元年丙辰，王即位，居庇。三年，遷于奄。六年，陟。 《史記·殷本紀》：帝祖丁崩，立弟沃甲之子南庚，是為帝南庚。
陽甲
陽甲是祖丁之子，南庚之侄，盤庚之兄；在甲骨文蔔辭中稱作象甲。
陽甲在位期間，仍以奄為都城。
陽甲三年，他發兵征讨了位于西方的丹山戎。丹山戎位于今山西省晉城市。
陽甲在位四年而崩，谥号商悼王，年中早夭曰悼。死後，其弟盤庚繼位。在盤庚在位期間，商朝終于定都，并且再次實作了中興。
史書中稱，在陽甲在位期間商朝衰落，諸侯不朝。要說這樣的局面是陽甲一人造成，這顯然是不公平的，這是自仲丁以來曆經九世商王，憂外患累積的的結果，是一個量變到質變的過程。
《竹書紀年》：陽甲，名和。元年壬戌，王即位，居奄。三年，西征丹山戎。四年，陟。 《史記·殷本紀》：帝南庚崩，立帝祖丁之子陽甲，是為帝陽甲。帝陽甲之時，殷衰。自中丁以來，廢适而更立諸弟子，弟子或争相代立，比九世亂，於是諸侯莫朝。