1949年8月，毛主席電告粟裕，推遲解放台灣的時間，說“如有内應，則可早日舉行，否則必須推遲到我海空軍（特别是空軍）條件充分具備之時，故具體時間不能确定。”此時，毛主席所說的“内應”，指的就是中共台灣地下黨。
在粟裕籌劃解放台灣的準備階段，台灣地下黨的情報人員向華東局和中央提供了大量有價值的情報，也增加了粟裕等攻台軍事指揮員的信心。但就在粟裕準備解放台灣的關鍵時刻，台灣地下黨卻發生了一件事，那就是台灣地下黨負責人蔡孝乾叛變，緻使整個台灣地下黨幾乎全軍覆沒，很多人被國民黨特務殺害。
蔡孝乾在台灣共産黨的曆史上，是一個舉足輕重的人物，他的經曆也頗為傳奇。蔡孝乾原名蔡乾，1908年出生于台北彰化縣花壇鄉，6歲時進入彰化公學校。當時台灣處于日本侵略者的殖民統治中，并在台灣的中國小校強行推行日語教育，是以蔡孝乾從小就精通日語。
蔡孝乾從小就很孝順，除了幫助父母料理家務外，還在上學路上撿田螺賣錢，以減輕家裡的負擔。校長得知他的舉動後，在他的名字中加了一個孝字，從此之後改名為蔡孝乾。上世紀20年代，一些台灣學子看重大陸的學費低廉，紛紛到大陸學習，蔡孝乾于1924年來到上海大學社會科學系學習。上大學期間，蔡孝乾受到當時任教的任弼時，瞿秋白等人的影響，開始接觸馬克思主義，參加了進步組織—上海台灣青年會。
聶曦上校
1926年7月，蔡孝乾回到台灣後，宣傳革命思想，并參與建立了台灣共産黨。蔡孝乾曾多次被日本當局逮捕，1928年8月，蔡孝乾為了躲避日本當局的迫害，逃到了福建漳州。1932年，紅軍攻下漳州之後，紅一軍團政治部主任羅榮桓安排蔡孝乾到政治部工作，之後又讓他擔任列甯師範學院教官。同年，蔡孝乾被選舉為反帝同盟會主任。
1934年10月，蔡孝乾參加長征，成為了唯一一名參加過長征的台灣人，這是他之後能執掌台灣地下黨的主要原因。全面抗戰爆發後，蔡孝乾來到山西抗日前線，擔任八路軍總部野戰政治部敵工部部長，負責管理日俘和對日宣傳工作。1938年12月，蔡孝乾擔任八路軍民運部部長兼敵工部部長。
1945年8月15日，日本天皇宣布無條件投降。日本投降之後，國民黨立刻組織接受台灣，中共中央出于長遠打算，也打算在台灣島上重建立立組織，搜集台灣島内的軍政情報。資曆極其深厚的蔡孝乾便成為了台灣地下黨負責人，被派到台灣從事地下工作，華東局為了他能夠更好地開展工作，還給他調派了一批精兵強将。
華東局情報員朱楓
蔡孝乾雖然已經離開家鄉十餘載，但是對于台灣的風土人情是十分了解的，他立刻在台灣内部發展組織，擷取國民黨内部的機密情報。到1949年，蔡孝乾上司的台灣地下黨已經滲透到了國民黨政府機關的各個領域，各地還建立起了武裝組織，和島内的國民黨反動派打遊擊。
1949年4月，解放軍百萬大軍橫渡長江，解放台灣的計劃也被提上了日程，1949年6月14日，毛主席第一次提出攻台作戰的要求，他對粟裕說：“請開始注意研究奪取台灣的問題。”他詢問台灣是否能夠在較快的時間内奪取，用什麼方法奪取，有何辦法分化台灣國民黨軍，争取一部分反正實行裡應外合，交代粟裕“請着手研究，并将初步意見電告。”
與此同時，台灣地下黨也在緊張地忙碌着，1949年春，台灣地下黨就向各級黨委下達了通知，要求各級黨組織，必須将每個黨員，積極分子動員起來，在一切為了配合解放軍作戰的口号下，立刻轉入戰時機制，建立必要的戰時機構。
叛變人員宣誓效忠國民黨
到1949年春，台灣地下黨組織已經發展了1300名正式黨員，再加上一些同情革命，支援地下黨的群衆，可以控制的人員達到了五萬之衆。蔡孝乾還告訴華東局和粟裕，台灣地下黨将會在解放軍發動攻台戰役時，在島内制造混亂，牽制國民黨軍的兵力，配合解放軍的軍事行動。
但是國民黨也沒有閑着，1949年末，蔣介石到達台灣後，立刻讓自己的長子蔣經國重建國民黨軍隊政治機關，并開始打壓毛人鳳，讓蔣經國接收情報機關。蔣經國确實有一定的手段，他任用了一大批的精英骨幹，給台灣地下黨造成了很大的損失，谷正倫就是蔣經國當時最器重的一個大特務。
谷正倫原本是八路軍115師偵察大隊的一名隊長，後來在執行任務時被捕，随即叛變。叛變的谷正倫先後破壞了地下黨在濟南，北京等地的秘密電台，還制造了一系列的刺殺事件，是一個十分危險的人物。
吳石中将
而此時的台灣地下黨還沒有意識到危險，蔡孝乾在台灣待了三年多後，開始變得懈怠，還頻繁地出入高檔場所，結交國民黨内部的達官顯貴。蔡孝乾還和自己的小姨子住在了一起，為了讨好自己的小姨子，他還經常地挪用公款，購買奢侈品。
1950年1月29日，蔡孝乾回到他位于台北市泉州街的家中，被長期蹲守的特務逮捕。不過蔡孝乾也是有豐富鬥争經驗的老特工，國民黨特務并沒有從他嘴裡得出什麼有價值的資訊，谷正倫在對其進行審訊時候，察覺到此人身份的不一般，覺得他就算不是台灣地下黨負責人，也可能是台灣地下黨負責人的左右手。
後來蔡孝乾在和國民黨特務周旋了一段時間後逃走了，1950年2月27日，耐不住寂寞的蔡孝乾來到一家西餐廳吃飯，再次被捕。二度被捕後，蔡孝乾早就沒有了往日共産黨必将解放台灣的信心，在保密局的威逼利誘下，蔡孝乾叛變了。
蔡孝乾
蔡孝乾叛變後，國民黨當局抓捕了1800多人，台灣地下黨幾乎被一網打盡，損失慘重。谷正倫還順藤摸瓜，逮捕了地下黨安插在國民黨内部的幾位進階将領，如國防部參謀次長吳石中将，國防部中将高參陳寶倉，東南軍政長官公署總務處交際科科長聶曦上校等人，使得粟裕的攻台行動喪失了可靠的情報來源，不得不依靠海陸空軍強攻台灣。