蒙古攻滅大理後，對于南宋的戰略包圍也就達成了，在此役中的總指揮忽必烈，自然是頭号功臣。而以武功立國的蒙古，這次南征，拓地千裡，也大大的提高了忽必烈的聲望。以前一些宗王還說他沒有戰功隻重文治，現在可說事實勝于雄辯了。蒙哥汗也對弟弟的作為很滿意，讓他在關中、南京（汴梁）選擇一處做自己的封地，在姚樞的建議下，忽必烈選擇了關中。之後，蒙哥汗又把懷孟封給他，這樣一來，忽必烈的漢地封戶達到四萬四千戶，而且具有了“天府陸海”的關中，實力大大增強。
回到金蓮川，忽必烈繼續推行以漢法治漢地的嘗試，并且上奏蒙哥汗希望能夠讓自己便宜治理黃河以南，不受燕京尚書省的節制。此時，君臣兄弟倆的感情是蜜月期，蒙哥汗照準此意。這樣一來，幾乎整個中原都受忽必烈管轄了，他大張旗鼓的進行自己改革，派遣幕府中精于民政、财政的人才充任各地官員，而且“益重儒士，任之以政” ，如任命張耕、劉肅為刑州安撫使，史天澤、趙璧為河南經略使，廉希憲、商挺為宣撫使，管理京兆分地和關中，姚樞為關中勸農使，馬亨為榷課所（也就是稅務所）長官。
很快，中原、關中等地出現“大治”景象，人口增長，賦稅增多。原本苦不堪言的漢族百姓，對這位與其他人大不相同的蒙古王爺頓時充滿了感激之情，雖然未必會如姚樞所說“如赤子求母” ，但民心向背與否已然是必然的了，時人稱忽必烈為“賢王”，認為他“能用士而能行中國之道”，算得上“中國之主” 。
在獲得民心的基礎之上，忽必烈又大力籠絡漢人世侯，對他們極盡禮遇恩賞，使之對自己感恩戴德。所謂“世侯”，是指漢人地方實力派。在蒙古不停的打擊金朝之時，因為金軍的節節敗退，尤其是遷都汴梁之後，中央朝廷逐漸失去了對各地的控制。一些地方上的豪門大戶或者地方官員，便以“保衛桑梓”為名組織私軍，割據一方。
成吉思汗時代，命智将木華黎為太師國王專門經略中原，木華黎看出了這些人物的作用，對之采用招降手段，規定凡是納土歸降者，便任命為原地的地方長官，授予行省、領省、都元帥、副元帥之類的高官，後又授予萬戶長、千戶長、百戶長之類的蒙古官職，并且可以世襲。各地土豪大多都是識時務的“俊傑”，除了少部分有着忠義之心外，基本上都接受了這種招降。于是，西京劉黑馬、真定史天澤、順天張柔、東平嚴實、濟南張榮、宜都李璮、大名王珍、中山邸順、河東李守賢、太原郝和尚、鞏昌汪世顯等人都成了蒙古帝國的新貴，無不是統兵數萬，轄地千裡，專制一方的“土皇帝”，因為其爵位可以“父死子繼，兄終弟及”，這些人便被稱為“世侯”。
按照法律，這些世侯都要效忠于蒙古大汗，在封地收取的稅款也要有相當部分上繳汗廷，軍隊也要随時聽從大汗調遣。而忽必烈向蒙哥汗要了便宜治理中原的敕旨後，也就有了便宜和世侯們交往，将之納入自己麾下的機會。這些世侯誠然沒什麼民族大義，而且幾代在蒙古人治下享受榮華，但畢竟還是漢人，忽必烈這個對漢法、儒生極為感興趣的蒙古王爺對他們來說無疑會親近很多。何況，縣官不如現管，忽必烈是直接和他們打交道的皇親，并且是掌管漠南漢地的最高長官，是不能怠慢的。于是，世侯們對于忽必烈的關系逐漸緊密，他們是忠于汗廷還是忠于忽必烈，界限已經越來越模糊了。
同時，忽必烈還開始建設自己的“小金庫”。榷課所長官馬亨是忽必烈金蓮川幕府的心腹，掌管榷課所之後，财政大有改觀，可說日進鬥銀。可流水般的銀錢卻是一分一厘也沒有交給汗廷，而是都進入了忽必烈的“藩庫”。
用儒者理民政是擷取了民心，籠絡漢人世侯是擷取了軍心，現在又聚集了大量的金錢。忽必烈要幹什麼？當然，他這麼做是有充足理由對汗廷和自己的大哥蒙哥汗交代的：這是為了攻略南宋所做的準備。但在漠北的蒙古宗王們，尤其是蒙哥汗可卻不會輕易接受這個理由。原因很簡單：這樣的做自然可以說是攻宋，但若說你是要準備造反，也未嘗不可。對于蒙哥汗來說，這個弟弟的種種作為已經不能姑息了，私自接交世侯，不繳納充足的稅款還在其次，最重要的是他已經明目張膽的開始抛棄傳統，對于從祖先那裡傳下裡的種種制度越來越不重視。無論作為君主還是大哥，他認為自己有必要敲打敲打忽必烈了。
“正巧”，許多大臣和宗王都在彈劾忽必烈，各種罪名歸納起來主要有兩端：其一，“中土諸侯民庶翕然歸心”，其二，“王府諸臣多擅權為奸利事” 。有人告發，自然要調查，但這兩條罪名都是可以上升到“謀反”重罪的。以這樣的罪名調查，就要做好誅殺弟弟的準備。蒙哥汗雖然“剛明雄毅”，卻并非冷酷無情，他還不想徹底割舍骨肉親情，于是，他以經濟問題入手，對忽必烈治理的地區進行整頓，于是在1257年，開始了著名的“阿蘭答兒鈎考”。
鈎考，又稱作理算，意思是财務審計，是中央政府對地方财政進行清理、核算的一種方式。這是避免地方截留錢谷，私設“小金庫”。阿蘭答兒是當時蒙古帝國都城和林的副守，是蒙哥汗的心腹重臣。阿蘭答兒對忽必烈治理的漢地進行财物審計，便是“阿蘭答兒鈎考”。
阿蘭答兒其人在《元史》中記載性格苛刻橫暴，擅作威福。這當然是因為忽必烈吃過他的虧，官方記載絕對不會有什麼好評價。從整個鈎考過程來說，阿蘭答兒确實是殘暴專橫，對忽必烈的勢力極力打擊。不過，從當時蒙古帝國和蒙哥汗利益來說，阿蘭答兒又可說是“鐵面無私”，他不但嚴格執行了蒙哥汗的指令還有所發揮，設定了專門的“鈎考局”，列出一百四十二條條例，對于所有征商事宜不分巨細一律嚴查。一時間，關中、中原一帶與忽必烈關系密切的官員都被整肅。
經姚樞、趙秉忠等人勸谏而成立的宣撫司、經略司、從宜府、行部等衙署全被被取消。趙璧、馬亨等官員稱為重點鈎考對象，趙璧被多方羅織罪名，雖因其想來善待下屬，無人告讦而作罷，但仍被處于罰款。趙璧兩袖清風，拿不出錢來，所幸忽必烈代他償還才得以免罪。
而掌管稅收卻從不上交汗廷的馬亨就沒那麼幸運，被逮捕押解南下燕京關押。臨行前，忽必烈為馬亨送行，難過的說：“你走了，我怎麼幫你脫罪呢？”可阿蘭答兒有汗命在手，忽必烈隻能眼睜睜看着自己的忠臣被抓走。馬亨在獄中飽受摧殘，但堅不招供。阿蘭答兒礙于忽必烈的面子最後也不得不将之釋放。
至于世侯中與忽必烈走得近的史天澤、劉黑馬也都被褫奪了行政官職，隻因為是“勳舊”而沒有被過分追究。史天澤主動提出：“經略使司我實主治，是非功罪，皆當問我。” 希望能保護一些下屬官員，可惜卻起不了什麼作用。在阿蘭答兒嚴厲的鈎考之下，中下級官員被折磨緻死者有二十餘人，免職、罰款者不計其數。
面對着如此局面，忽必烈的憤恨和委屈可想而知，但從鈎考一開始，他的軍政一切權力便被剝奪，他沒有任何力量作出反抗，隻能在開平城裡生悶氣。姚樞見狀，連忙進谏：“大汗既是王爺的君主，又是兄長。千萬不要計較置氣，不然會有更大禍患。還是主動去觐見大汗，解釋一切，消除大汗對您的疑心，才能長久安全。”忽必烈認為有道理，于是忍下怒氣，主動前去觐見蒙哥汗。
是年12月，經過多次請求，蒙哥汗終于同意召見忽必烈，兄弟二人在可疊烈孫之地相見。俗話說人怕見面，樹怕扒皮，沒有見到弟弟時，蒙哥汗自然可以下手狠一些，待到一見面，同母所生的親情便不能不顧了。沒等忽必烈作出解釋，蒙哥汗便主動下令停止了鈎考，對一些被關押的官員，隻是杖責一頓完事，安撫了一肚子牢騷的弟弟。
漢地衆多官員們的噩夢終于結束，忽必烈也獲得了安全保障，可漢法治漢地的改革夭折了，自己失去一切權力，成為了閑住王府的“富家翁”，什麼抱負、理想似乎都成了泡影。兄弟君臣之間第二次暗鬥，忽必烈大敗虧輸。