湖南長沙石門鄉柏竹村左宗棠墓
從鹹豐元年(1851年)一月十一日起義後，至第二年六月的近一年半時間内，太平軍一直在廣西境内同清軍對戰。此後在洪秀全的帶領下，沖出廣西，進人湖南。在湘南，太平軍連克道州、郴州等重鎮，清廷為之震驚。太平軍突人湖南，使湖廣總督程采極為恐懼，想躲到省城避禍，并函請尚在廣西的欽差大臣賽尚阿督師湖南。賽尚阿又把湖南軍務推卸給程采。鑒于這種狀況，鹹豐皇帝一面嚴旨賽尚阿、程采同辦湖南軍務，一面改任廣西、湖南、湖北三省巡撫，想以此來加強内線的防禦。這樣，擔任雲南巡撫的張亮基初清廷任命為湖南巡撫。
太平軍圍困長沙，三湘形勢危急。胡林翼于是向新任湖南巡撫張亮基推薦了左宗棠。張亮基接受了推薦，在赴湖南上任的路上，三次派專人攜帶書信到山中請左宗棠出山入幕，經張亮基遣人敦請，胡林翼積極敦促，以及好友郭嵩焘兄弟的勸說，加上道光二十九年(1849年)在湘江與林則徐會面時，聽林則徐親口稱贊張亮基是一個直爽敏幹的官員，左宗棠決定應聘，從此成了湘撫的幕賓。此時，長沙之役正在激烈地進行中。
攻占郴州後，西王蕭朝貴率數千太平軍從郴州出發，向長沙城發動進攻，打響了長沙戰役。此時正值湖南新舊巡撫交接之際，張亮基尚未抵長沙，城防由幫辦軍務羅統典負責。但不久清軍主力調往長沙，張亮基、左宗棠也先後來到，形勢得到緩解。在張、左進人長沙城僅四天之後，洪秀全、楊秀清統率太平軍主力也抵達長沙城南，雙方鏖戰更趨激烈。左宗棠剛剛進人湘幕，便審度形勢，向張亮基提出了幾條重要的建議，張亮基立即付諸實施。其中最主要的一條是他認為太平軍背水面城，隻有西路的土牆間、龍回潭是太平軍的糧食補給線和惟一的西進路線，是以，他主張先派一支軍隊西渡，扼守要地，防止太平軍逃竄，然後一鼓全殲。
此刻太平軍全力圍攻長沙城，多次轟塌城垣，左宗棠隻得留在城中死守。但太平軍進攻長沙80多天也未能克複，洪秀全決定撤軍。十一月三十日深夜，太平軍主力從長沙經龍回潭轉移，後轉戰于益陽、嶽州等地，沖出湖南，進人湖北。
左宗棠初次出山就顯示出高人一籌的軍事才識，他第一次掌握權力，沒有像有的人那樣瞻前顧後，而是敢作敢為，決不能手。他的果斷使清軍将帥無不刮目相看。由于左宗棠防守湖南有功，清廷下旨以知縣用，并加同知銜，他第一次得到了官銜，步入仕途。在湖南擔任幕僚的幾年間，是左宗棠在政治上日益成熟，也學會了如何掌握和使用權力，用權的技巧日益精到，使他具備了進入最高統治層的素質和基礎。這從後來他的政治生涯中更能清晰地看到。
左宗棠舊居
平定太平天國後，左宗棠把全部精力投人到福州船政局的籌建中，他打算通過興建中國自己的造船企業，建造強大的海軍，抵抗列強的武裝侵略，實作富國強兵的目的。但是不久撚軍勢力崛起，陝西發生回民起義，陝甘總督楊嶽斌辦理未能有效，清政府便以“左宗棠威望素著，熟娴韬略，于軍務、地方俱能措置裕如”為由特授任左宗棠為陝甘總督,指令他立即前往鎮壓。左宗棠對朝廷分給自己的任務從不推辭，雖然這樣一來打亂了自己實業救國的宏偉計劃，但到清王朝面臨急切的危機時，他馬上放下了手頭的事情，推薦沈葆桢接替自己，很快安排妥當。
撚軍是太平天國時期由撚黨轉化而來的活躍于安徽、河南和山東西南部及江蘇北部一帶的義軍。鹹豐三年(1853年)，太平軍北伐路過安徽、河南，撚黨紛紛響應，撚軍起義由此興起。鹹豐五年(1855年)，各路撚軍首領齊集于安徽雉河集，建立黃、白、紅、黑、藍五旗軍制。同治二年(1863年)，清軍僧格林沁部進攻雉河集，撚軍戰敗，其餘撚軍轉戰各地。次年，太平天國因天京失陷而基本失敗後，太平軍北方餘部在遵王賴文光率領下與梁王張宗禹、魯王任化邦統率的撚軍會合，組成新撚軍。
新撚軍依據太平軍的編制進行整編，并改步兵為騎兵，大大提高了平原作戰能力。同治四年(1865年);撚軍在山東曹州全殲蒙古精銳騙兵僧格林沁部，殺死了僧格林沁，随後又重創前來鎮壓的曾國藩部湘軍和李鴻章部準軍，聲勢複振。同治五年(1866年)，新撚軍在河南許州分兵兩支，一支為東撚軍，由遵王賴文光、魯王任化邦率領，在中原繼繼搞清；另一支為西撚軍，由梁王張宗禹督率，進兵陝甘，互為呼應。
左宗棠面對的正是西撚軍。
左宗棠從福建啟行時僅帶楚軍3000人，他奏請由劉典幫辦陝甘軍務并委托他再從湖南募兵3000人。他在湖北接見黃州守令，得知撚軍大部已經進人湖北省，并接到清廷有關陝西剿撚不利的寄谕。他決定于原拟6000人外再加募6000人，合成12000人。鑒于撚軍以步為騎的特點，左宗棠主張訓練馬隊，制造炮車。他不僅奏請調派陸路提督高連升随同征剿，并請教廣東巡撫蔣益澧從香港購辦上好洋槍2000支。左宗棠把糧食補給和西征饷項視為軍事行動的要着。他建議于湖北省城設立陝甘後路糧台，于陝西省城設立甘肅總糧台。左宗棠奏請除福建、廣東、浙江等省協甘之饷仍拟解甘外，另由在上海設立的采辦轉運局委員胡雪岩向洋商借銀120萬兩，以應急需。
正當左宗棠為進兵陝甘而積極謀劃之際，清廷特授左宗棠為欽差大臣，督辦陝甘軍務。清廷同意左提出的“進兵陝西，必先清關外之賊”的用兵方略，并令左宗棠速入陝西，清廷還責令他到陝西後專心督剿，其陝甘總督督篆暫由穆圖善署理，左宗常仍以陝甘總督、欽差大臣，督辦陝甘軍務身份任事。左宗掌接到指令後，馬上投人到激烈的戰事中。
二月二十日和二十四日，左部楚軍分前、中、後三路從漢口啟行向陝西進發。六月十八日，左宗掌抵達陝西潼關，駐西關外。此時，陝西境内活躍着撚軍和陝西回軍，以及董福樣等武裝勢力。左宗棠主張必須将撚軍全殲于陝西境内，以免傳播到其他地區，更難收拾。
是以，左宗棠始終以“剿撚”為首要任務，他親自駐紮鄰近河南的潼關，防止撚攻入河南威脅中原。
西撚軍在受到左宗棠和劉典分别由陝東和陝南的夾擊後被迫于九月初向陝北進軍，轉入北山，試圖打開進入山西的通道。左宗棠急忙重新部署兵力，力圖阻止撚軍進人山西，還在入陝之初，便認為剿撚之難，甚于太平軍。是以，他到潼關後，設防于陝豫、陝鄂交界處，防範撚軍攻入河南、湖北，不料撚軍向北突圍，加上陝西回軍的牽制，使左宗棠對撚軍的作戰并不得力。十月下旬，撚軍接連攻占陝北的延川等城。左宗棠調派與撚軍作戰的軍隊僅有劉松山所部1萬人，郭寶昌3000人，劉厚基3000人，左宗棠感到心有餘而力不足。
同治六年(1867年)十二月十八日，西撚軍強渡黃河，從陝西進入山西。左宗棠非常驚慌，急派劉松山、郭寶昌入晉追剿，自己也随後拔隊入晉。西撚軍從山西經河南入直隸，于同治七年(1868年)二月六日逼近盧溝橋，清廷大為震驚。清廷鑒于西撚軍進人直隸的狀況，降旨先行将剿辦撚軍的欽差大臣李鴻章，随後并将署直隸總督官文和左宗棠交由刑部嚴加處置，以讓他們戴罪立功。二月初，左宗棠率軍抵達保定近郊。李鴻章、官文和山東巡撫丁寶桢等也督軍加緊對進入直隸的西撚軍予以堵防。盡管受到朝廷的嚴厲斥責，左宗棠并沒有洩氣，而是更加謹慎，重新布置作戰事宜。
柳莊左宗棠舊居
張宗禹率西撚軍由陝沖入晉、豫、直二省，應東撚軍賴文光之求救以解東撚軍在運河被圍之勢。但當西撚軍僅到達晉、豫之際，東撚軍已于1869年一月五日的揚州之戰中被李鴻章部淮軍全殲，賴文光被俘後就義于揚州。張宗禹不知此情，仍舊率西撚軍北進，雖然逼近京畿，但也陷入清軍的重圍之中。
左宗棠親自率軍追擊，明定賞格，以此激發士氣。西撚軍在清軍的追剿下，被迫撤出直隸，于同治七年(1868年)三月二十三日夜渡過漳河進入河南。四月初，左宗棠督軍追至河南彰德。西撚軍又從河南進人山東西部并轉人直隸靜海。四月二十六日，左宗棠趕至山東穗州。六月初，撚軍在直隸作戰失利，轉入山東海豐、甯津、陵縣、臨邑、濟陽後，又從陵縣轉向西南進人德州。六月中下旬，張宗禹率西撚軍試圖從德州高家渡搶渡運河，結果為清軍擊退，被迫退至德平、平原、茌平。八月十六日的茌平南鎮之役，西撚軍被淮軍全部擊潰，隻有張宗禹率十餘騎突圍至徒駭河邊，不知所終。至此，撚軍起義失敗。清廷論功行賞，給左宗棠加太子太保銜。
左宗棠前後鎮壓太平天國運動、撚軍起義，不遺餘力，在危機中能堅持得住，敢于辦事，善于辦事，是以地位不斷提高，權力也越來越大。