湖南长沙石门乡柏竹村左宗棠墓
从咸丰元年(1851年)一月十一日起义后，至第二年六月的近一年半时间内，太平军一直在广西境内同清军对战。此后在洪秀全的带领下，冲出广西，进人湖南。在湘南，太平军连克道州、郴州等重镇，清廷为之震惊。太平军突人湖南，使湖广总督程采极为恐惧，想躲到省城避祸，并函请尚在广西的钦差大臣赛尚阿督师湖南。赛尚阿又把湖南军务推卸给程采。鉴于这种状况，咸丰皇帝一面严旨赛尚阿、程采同办湖南军务，一面改任广西、湖南、湖北三省巡抚，想以此来加强内线的防御。这样，担任云南巡抚的张亮基初清廷任命为湖南巡抚。
太平军围困长沙，三湘形势危急。胡林翼于是向新任湖南巡抚张亮基推荐了左宗棠。张亮基接受了推荐，在赴湖南上任的路上，三次派专人携带书信到山中请左宗棠出山入幕，经张亮基遣人敦请，胡林翼积极敦促，以及好友郭嵩焘兄弟的劝说，加上道光二十九年(1849年)在湘江与林则徐会面时，听林则徐亲口称赞张亮基是一个直爽敏干的官员，左宗棠决定应聘，从此成了湘抚的幕宾。此时，长沙之役正在激烈地进行中。
攻占郴州后，西王萧朝贵率数千太平军从郴州出发，向长沙城发动进攻，打响了长沙战役。此时正值湖南新旧巡抚交接之际，张亮基尚未抵长沙，城防由帮办军务罗统典负责。但不久清军主力调往长沙，张亮基、左宗棠也先后来到，形势得到缓解。在张、左进人长沙城仅四天之后，洪秀全、杨秀清统率太平军主力也抵达长沙城南，双方鏖战更趋激烈。左宗棠刚刚进人湘幕，便审度形势，向张亮基提出了几条重要的建议，张亮基立即付诸实施。其中最主要的一条是他认为太平军背水面城，只有西路的土墙间、龙回潭是太平军的粮食补给线和惟一的西进路线，因此，他主张先派一支军队西渡，扼守要地，防止太平军逃窜，然后一鼓全歼。
此刻太平军全力围攻长沙城，多次轰塌城垣，左宗棠只得留在城中死守。但太平军进攻长沙80多天也未能克复，洪秀全决定撤军。十一月三十日深夜，太平军主力从长沙经龙回潭转移，后转战于益阳、岳州等地，冲出湖南，进人湖北。
左宗棠初次出山就显示出高人一筹的军事才识，他第一次掌握权力，没有像有的人那样瞻前顾后，而是敢作敢为，决不能手。他的果断使清军将帅无不刮目相看。由于左宗棠防守湖南有功，清廷下旨以知县用，并加同知衔，他第一次得到了官衔，步入仕途。在湖南担任幕僚的几年间，是左宗棠在政治上日益成熟，也学会了如何掌握和使用权力，用权的技巧日益精到，使他具备了进入最高统治层的素质和基础。这从后来他的政治生涯中更能清晰地看到。
左宗棠旧居
平定太平天国后，左宗棠把全部精力投人到福州船政局的筹建中，他打算通过兴建中国自己的造船企业，建造强大的海军，抵抗列强的武装侵略，实现富国强兵的目的。但是不久捻军势力崛起，陕西发生回民起义，陕甘总督杨岳斌办理未能有效，清政府便以“左宗棠威望素著，熟娴韬略，于军务、地方俱能措置裕如”为由特授任左宗棠为陕甘总督,命令他立即前往镇压。左宗棠对朝廷分给自己的任务从不推辞，虽然这样一来打乱了自己实业救国的宏伟计划，但到清王朝面临急切的危机时，他马上放下了手头的事情，推荐沈葆桢接替自己，很快安排妥当。
捻军是太平天国时期由捻党转化而来的活跃于安徽、河南和山东西南部及江苏北部一带的义军。咸丰三年(1853年)，太平军北伐路过安徽、河南，捻党纷纷响应，捻军起义由此兴起。咸丰五年(1855年)，各路捻军首领齐集于安徽雉河集，建立黄、白、红、黑、蓝五旗军制。同治二年(1863年)，清军僧格林沁部进攻雉河集，捻军战败，其余捻军转战各地。次年，太平天国因天京失陷而基本失败后，太平军北方余部在遵王赖文光率领下与梁王张宗禹、鲁王任化邦统率的捻军会合，组成新捻军。
新捻军依据太平军的编制进行整编，并改步兵为骑兵，大大提高了平原作战能力。同治四年(1865年);捻军在山东曹州全歼蒙古精锐骗兵僧格林沁部，杀死了僧格林沁，随后又重创前来镇压的曾国藩部湘军和李鸿章部准军，声势复振。同治五年(1866年)，新捻军在河南许州分兵两支，一支为东捻军，由遵王赖文光、鲁王任化邦率领，在中原继继搞清；另一支为西捻军，由梁王张宗禹督率，进兵陕甘，互为呼应。
左宗棠面对的正是西捻军。
左宗棠从福建启行时仅带楚军3000人，他奏请由刘典帮办陕甘军务并委托他再从湖南募兵3000人。他在湖北接见黄州守令，得知捻军大部已经进人湖北省，并接到清廷有关陕西剿捻不利的寄谕。他决定于原拟6000人外再加募6000人，合成12000人。鉴于捻军以步为骑的特点，左宗棠主张训练马队，制造炮车。他不仅奏请调派陆路提督高连升随同征剿，并请教广东巡抚蒋益澧从香港购办上好洋枪2000支。左宗棠把粮食补给和西征饷项视为军事行动的要着。他建议于湖北省城设立陕甘后路粮台，于陕西省城设立甘肃总粮台。左宗棠奏请除福建、广东、浙江等省协甘之饷仍拟解甘外，另由在上海设立的采办转运局委员胡雪岩向洋商借银120万两，以应急需。
正当左宗棠为进兵陕甘而积极谋划之际，清廷特授左宗棠为钦差大臣，督办陕甘军务。清廷同意左提出的“进兵陕西，必先清关外之贼”的用兵方略，并令左宗棠速入陕西，清廷还责令他到陕西后专心督剿，其陕甘总督督篆暂由穆图善署理，左宗常仍以陕甘总督、钦差大臣，督办陕甘军务身份任事。左宗掌接到命令后，马上投人到激烈的战事中。
二月二十日和二十四日，左部楚军分前、中、后三路从汉口启行向陕西进发。六月十八日，左宗掌抵达陕西潼关，驻西关外。此时，陕西境内活跃着捻军和陕西回军，以及董福样等武装势力。左宗棠主张必须将捻军全歼于陕西境内，以免传播到其他地区，更难收拾。
因此，左宗棠始终以“剿捻”为首要任务，他亲自驻扎邻近河南的潼关，防止捻攻入河南威胁中原。
西捻军在受到左宗棠和刘典分别由陕东和陕南的夹击后被迫于九月初向陕北进军，转入北山，试图打开进入山西的通道。左宗棠急忙重新部署兵力，力图阻止捻军进人山西，还在入陕之初，便认为剿捻之难，甚于太平军。因此，他到潼关后，设防于陕豫、陕鄂交界处，防范捻军攻入河南、湖北，不料捻军向北突围，加上陕西回军的牵制，使左宗棠对捻军的作战并不得力。十月下旬，捻军接连攻占陕北的延川等城。左宗棠调派与捻军作战的军队仅有刘松山所部1万人，郭宝昌3000人，刘厚基3000人，左宗棠感到心有余而力不足。
同治六年(1867年)十二月十八日，西捻军强渡黄河，从陕西进入山西。左宗棠非常惊慌，急派刘松山、郭宝昌入晋追剿，自己也随后拔队入晋。西捻军从山西经河南入直隶，于同治七年(1868年)二月六日逼近卢沟桥，清廷大为震惊。清廷鉴于西捻军进人直隶的状况，降旨先行将剿办捻军的钦差大臣李鸿章，随后并将署直隶总督官文和左宗棠交由刑部严加处置，以让他们戴罪立功。二月初，左宗棠率军抵达保定近郊。李鸿章、官文和山东巡抚丁宝桢等也督军加紧对进入直隶的西捻军予以堵防。尽管受到朝廷的严厉斥责，左宗棠并没有泄气，而是更加谨慎，重新布置作战事宜。
柳庄左宗棠旧居
张宗禹率西捻军由陕冲入晋、豫、直二省，应东捻军赖文光之求救以解东捻军在运河被围之势。但当西捻军仅到达晋、豫之际，东捻军已于1869年一月五日的扬州之战中被李鸿章部淮军全歼，赖文光被俘后就义于扬州。张宗禹不知此情，仍旧率西捻军北进，虽然逼近京畿，但也陷入清军的重围之中。
左宗棠亲自率军追击，明定赏格，以此激发士气。西捻军在清军的追剿下，被迫撤出直隶，于同治七年(1868年)三月二十三日夜渡过漳河进入河南。四月初，左宗棠督军追至河南彰德。西捻军又从河南进人山东西部并转人直隶静海。四月二十六日，左宗棠赶至山东穗州。六月初，捻军在直隶作战失利，转入山东海丰、宁津、陵县、临邑、济阳后，又从陵县转向西南进人德州。六月中下旬，张宗禹率西捻军试图从德州高家渡抢渡运河，结果为清军击退，被迫退至德平、平原、茌平。八月十六日的茌平南镇之役，西捻军被淮军全部击溃，只有张宗禹率十余骑突围至徒骇河边，不知所终。至此，捻军起义失败。清廷论功行赏，给左宗棠加太子太保衔。
左宗棠前后镇压太平天国运动、捻军起义，不遗余力，在危机中能坚持得住，敢于办事，善于办事，因此地位不断提高，权力也越来越大。