這一部的名字叫巨大密室，按常理應是一個類似于孤島上的密室逃脫劇情，但是在相棒系列裡，簡單的事情必須要配上一個複雜的社會高度，以及不可或缺的政治派系博弈。
太平洋上的一個私人島嶼，屬于一位日本企業家，他是國防大學畢業但決定自主創業，賺了很多錢之後想回饋國家，是以買下了一個島雇傭了諸多自衛隊退役官兵組建了民兵訓練基地。每個月都會有一部分體驗者來這裡，接受正規的軍事訓練，4天3晚的民兵集中活動，還受到了一些政客的贊許。
新一期的活動結束當晚發生命案，水谷老爺子自然被派到了島上調查。起初各種東問西問表現相當不着調，想要迷惑對手往往需要些出其不意。直到警局又派來了新的警察和鑒識協助，案子也就水落石出了。
當自衛隊出現在島上并把他們都控制住帶回東京後，事件沖突終于是上升到政治的高度了。民兵訓練營的退役官兵之前曾盜取生化武器天花病毒，有關部門為了避免社會恐慌并沒有将消息公布，而是派出自衛隊秘密行動，準備徹底消滅所有痕迹。
雖然警察和自衛隊都被那幾個人擺了一道，但是看透真相的，依舊是水谷老爺子。提前備份送走的病毒找到了，事件也被社會披露了，但是BOSS和水谷老爺子的辯論遠比這個事件精彩得多。
為了自我保護而千方百計拿到足以威脅别人的東西，以此換來的并不是和平而是牽制，其實也沒有什麼保障性。必要時，他們的性命絕對會先喪失掉，實力懸殊的牽制并沒有太大的意義。