这一部的名字叫巨大密室，按常理应是一个类似于孤岛上的密室逃脱剧情，但是在相棒系列里，简单的事情必须要配上一个复杂的社会高度，以及不可或缺的政治派系博弈。
太平洋上的一个私人岛屿，属于一位日本企业家，他是国防大学毕业但决定自主创业，赚了很多钱之后想回馈国家，所以买下了一个岛雇佣了诸多自卫队退役官兵组建了民兵训练基地。每个月都会有一部分体验者来这里，接受正规的军事训练，4天3晚的民兵集中活动，还受到了一些政客的赞许。
新一期的活动结束当晚发生命案，水谷老爷子自然被派到了岛上调查。起初各种东问西问表现相当不着调，想要迷惑对手往往需要些出其不意。直到警局又派来了新的警察和鉴识协助，案子也就水落石出了。
当自卫队出现在岛上并把他们都控制住带回东京后，事件冲突终于是上升到政治的高度了。民兵训练营的退役官兵之前曾盗取生化武器天花病毒，有关部门为了避免社会恐慌并没有将消息公布，而是派出自卫队秘密行动，准备彻底消灭所有痕迹。
虽然警察和自卫队都被那几个人摆了一道，但是看透真相的，依旧是水谷老爷子。提前备份送走的病毒找到了，事件也被社会披露了，但是BOSS和水谷老爷子的辩论远比这个事件精彩得多。
为了自我保护而千方百计拿到足以威胁别人的东西，以此换来的并不是和平而是牵制，其实也没有什么保障性。必要时，他们的性命绝对会先丧失掉，实力悬殊的牵制并没有太大的意义。