滿蒙聯姻是清朝的一項既定國策，尤其在清初立國未穩的時候，滿蒙之間的關系則顯得尤為重要。是以，皇太極的五宮後妃都是蒙古族女子，這就确立了蒙古貴妃在後宮中的獨尊地位。順治五年(1648年)，多爾衮為了實作自己的逼宮政變，同時基于政治上聯結蒙古的考慮，派英親王阿濟格率隊前往蒙古行聘，盡管此時他尚未成為皇父攝政王，卻俨然行使父皇之權，為順治擇婚。對于多爾衮的企圖，孝莊皇太後十分明了，但她也希望能夠保持蒙古女人在後宮的獨尊地位，而且多爾衮標明的又是她的親任女，就是當年送她入金的哥哥吳克善之女。俗話說:“姑舅親，輩輩親，打斷骨頭連着筋。”因而，對此她并未反對，況且她的反對也是徒勞的，倒是在湯若望的幫助下，她抓住時機主動下嫁，才阻止了多爾衮奪位的野心。
順治六年(1649年)八月，多爾衮親自去蒙古接回了選立的吳克善之女，據稱這位未來的皇後儀容出衆，足稱佳麗，亦極巧慧，确有母儀天下之風。盡管如此，順治對這位蒙古女子似乎并不中意，可能是出于對多爾衮的怨恨吧，進而也遷怒于自己的這位表妹身上。但封建時代的帝王能号令天下，運籌大業，卻往往對自己的婚姻之事無能為力，至少在選擇冊封皇後的問題上是如此。是以，雖然同時選送的還有許多女子，其中也不乏容德出衆的佼佼者，但為了取悅新婚不久的母後，他深知自己對多爾衮權勢的無力反抗，不得不選擇了他的表妹一一博爾濟吉特氏為皇後。于是，多爾衮釀制的這杯愛情苦酒，在他與孝莊皇太後的共同壓迫下，使順治皇帝無奈地喝了下去。
婚後的順治與博爾濟吉特氏生活得并不美滿，無論是在思想、感情、性格、意趣等各方面都不一緻，使順治頗為苦惱，屢有廢後之心。尤其多爾衮死時，皇後的冊封大禮尚未舉行，完全可廢後換新，因為這位皇後就是多爾衮為他標明的。但廢後必須得到太後的同意，順治帝投鼠忌器，礙着母親的面子沒敢如此，仍然于順治八年(1651年)八月冊封博爾濟吉特氏為皇後，诏全國，成為國母。據順治帝自己說，皇後生性妒忌，又嗜奢糜。更壞的是“處心弗端”，見到“貌少妍者即憎惡，欲置之死。”有一次皇後到教坊司見那裡的女樂穿紅着綠，如花似玉，不由醋意橫生，下令裁掉所有女樂，一律改為太監彈弄，一有宴樂，則令他們素服登場，一時間使廷内風景大煞。而她自己卻極盡奢華之能事，“凡諸服禦，不以珠玉绮繡綴飾”，甚至因所用食具中有非金之器，則大為不悅。更有甚者，這位皇後醋意極大使其他妃嫔難得恩，即使對皇帝的舉動也“不猜防”。
順治左右為難，廢又廢不得，忍又難再忍。一怒之下，順治擇地别居，不再與皇後相見，是以皇後雖體健色妍，卻一直沒有子嗣，可見順治帝對她的冷落。對于帝、後之間的不和，孝莊皇太後早有所聞。雖然皇後是多爾衮選立的，但卻是自己的侄女，是自己鞏固蒙古女人于後宮地位的一個砝碼，是維系自己和科爾沁利益的關鍵所在。況且，普通百姓之家休妻尚不是易事，撤廢“國母”豈不更要惹得天下風言風語，影響大清的尊嚴與國體麼?是以，對于順治帝屢屢流露出的廢後之意，她都痛加申斥，堅持不允，并敦促他早行冊封之禮。于是，皇後的冊封大禮是行了，可剛冊封完畢，順治帝就擇地别居，以示反抗。對于男女之間的事，孝莊皇太後自知無能為力，她隻想無論如何，隻要能維持現狀，則足矣。
然而，在短短的不到兩年間，順治帝就因“含忍久之，郁慊成疾”，身體衰弱，容顔憔悴，衆多太醫也東手無策。孝莊皇太後十厘清楚地知道倘若長此下去，勢必是以而葬送兒子的性命，那才是大清國真正的根呀。于是，在兒子與侄女之間，她選擇了前者。“心病還須心藥醫”，她隻有犧牲女一生的幸福來換取兒子康複，因為失去了兒子，無論是她的地位，還是科爾沁的利益，蒙古女人的尊崇都将是以而受損。一封太後親書的手被送到了順治的手中:在廢後題上允許他自行裁酌。這不啻于天降福音，得谕後的順治，精神大振，立刻下令禮部及内院諸大臣，“命曆代廢後事例具奏。”消息傳開，滿朝震驚，立國未久，無緣無故，卻要休妻廢後，簡直太不可思議了。尤其那些以封建禮教為法的漢族官僚們更難于了解與接受。
順治十年(1653年)八月二十四日大學士馮、陳名夏等五人聯名奏谏，請求皇帝“深思熟慮，慎重舉動”，而招來的卻是順治帝的一頓臭罵。龍顔不悅，諸臣都膽戰心驚，若寒蟬，無人再敢聲。兩天後，皇帝的聖旨下發到禮部，諸臣才恍然大悟。
“今後乃王于朕幼沖時因親定婚，未經選擇。自冊立之始，即與展志意不協，宮參商已曆三載，事上禦下，淑善難期，不足仰承宗廟之重。道于八月ニ十五日奏閱皇太後，降為靜妃，議居側宮原來，皇上已與太後計議妥當，所謂的“議廢”隻不過是補か一個手續罷了，看來已無人能阻止這一切的發生。廢除皇後，不是以謀夫皇，穢亂中，勾結外敵等名義，卻因“志意不協”“無能之人”，可能這是曆史上第份、也是唯一一份以感情的融治與否作為标準的廢後诏書。盡管如此，卻依然有許多人不避帝威，冒死上奏。八月二十七日，禮部儀制司員外郎孔允越上奏:
“皇後正位三年，末聞顯有失，特以無能’二字定廢之案，何以服皇後之心，且何以服天下後世之心?君後猶父母，父親想要休棄母親，即使心知母親過錯，還涕泣勸父;況且不知道母親何錯，又怎麼口無言不為母親請命呢?假如皇後确不如帝意，也可仿效舊制，設立東西兩宮，共襄内治。”句句是實，字字珠玑，使順治帝難以反駁，但帝意已決，又有太後的應允，一切都已成定局了。九月初一日的諸王大臣會議上再次提出了“仍以皇後正位中宮”，并“選立東西兩官”作為折中議案，順治帝堅決拒絕了。并下谕道:“(規谏者)必須真聞确見，事情果然可行，朕自然聽從。倘若無真聞确見，僅自揣摩而言之可行與否，讓朕聽從，必撤職查辦”。諸大臣面面相觑，誰能對這種宮廷秘事“真聞确見”?即使略知一二，又怎敢公布于朝廷?看來帝命難違。況且皇太後也已應允，衆臣無言，孔允慌忙上奏一再剖白，願“席満待罪靜聽處分”。無人敢再勸，于是，初五日，鄭親王濟爾哈朗召集議政王會議，一錘定音，遵旨而行。
僅二十天，博爾濟吉特氏便永居冷宮了，将自己一生的幸福與青春埋葬在這深宮内院中，又成為一個政治婚煙的性品。不能不說，這是一個悲劇，一個那個時代所造就的悲劇，而此悲劇的形成一定程度上也歸咎于孝莊皇太後。“成也蕭何，敗也蕭何”。始作者是她，拉開悲序幕的也是她。地始終以一個政治家的眼光和女人的私欲來對待兒子的婚煙，造成了一個又一個的悲劇。在順治帝的眼中，她是一位出色的政治家，但決不是一個優秀的母親。她輔弼幼主，有條不紊地處理各種政務，果斷而又迅速地穩定了清初政局，緩和了社會沖突，為大清數百年基業立下了不功勳;可在後宮之中，卻由于她的存在使那兒從未真正平靜過。看來，曆史就是這樣，魚與熊掌又怎可兼得呢?無論是婚姻還是親情、思想、文化就會變得無比殘酷、野蠻、可怕。