建文四年（1402年）7月13日，靖難之役落下帷幕，谷王朱橞和曹國公李景隆打開南京城的金川門迎接燕王進京，這個時候的建文帝已經是走投無路，坐以待斃。可曆史告訴我們，朱棣并沒有找到建文帝的蹤影，是以，建文帝是生是死成了明初最大的一個謎案。
雖然關于建文帝的下落存有很大的争議，不過建文帝逃出南京城這一點大多還是贊成的。至于是怎麼逃出京城的，說法也有很多，其中“朱元璋留鐵盒救命”一說流傳最廣。
故事的經過是這樣的。金川門事變突發後，建文帝有自殺的念頭，老臣程濟看建文帝走投無路，他馬上算了一卦，結果發現建文帝隻有到南方才能躲過這場大劫。盡管此前建文帝對程濟并沒有太大的認可，不過對他一直擅長的“神算”還是深信不疑的。
就在這個時候，一直在建文帝身邊的太監王钺噗通一聲跪在地上，他對建文帝說：“皇上，小的有事向您禀告。昔日太祖高皇帝升仙時，曾經給您留下了一個鐵盒子，命小的悄悄将它安放在奉先殿，并特别訓示：‘隻有當大難臨頭之際方可打開它’”。
大臣們一聽竟然還有這樣的事情，焦急的心情馬上有了緩和，趕緊催促王钺将鐵盒子拿來。一會兒，王钺将那隻鐵盒子擡來了，頓時整個大殿上所有人的目光都鎖定在這隻鐵盒子上，隻見四周都被鐵汁澆灌，就連兩把鎖也被澆灌死。
建文帝見到鐵盒子後放聲大哭，稍稍過了一會，他緩過神來就下令将皇宮給點燃了。“神算子”等不及建文帝發令，就自作主張命人趕緊取來鐵器，猛砸那隻鐵盒子，不一會便被砸開了，衆人睜大眼睛想看看太祖高皇帝給他的孫子留下了什麼救命寶貝。
但令衆人失望的是，鐵盒子裡什麼寶器都沒有，有的就是他老人家當年當和尚行乞時求生的“法寶”：度牒（和尚的身份證）3張，上面分别寫着名字：應文、應能、應賢；還有袈裟、鞋帽一應俱備，剃刀一把：銀子十錠。
最令人驚奇的是盒子内還有朱元璋的禦筆：“應文從鬼門出，餘從水關禦溝而行，薄暮，會于神樂觀之西房”。這話的意思是：應文從鬼門出外，其餘的大臣從水關禦溝潛入行，到黃昏時，會集在南京城南的神樂觀的西房。
看到這些，建文帝朱允炆頓時什麼都明白了，他嘴裡不停地念叨：“天數啊！天數啊！”，程濟顧不了許多，馬上為建文帝剃度，這樣，朱允炆變成了“應文”和尚。那麼，朱元璋所說的“應能”、“應賢”指的又是誰呢？
建文朝大臣中還真有個叫楊應能的，他是建文帝的三弟吳王朱允熥府上的老師。楊應能見度牒上有的名字，便自動出來認了，也剃度為僧，甘願跟着朱允炆亡命天涯。這時有個監察禦史叫希賢的也毅然決然地走出了人群，對建文帝說：“微臣名賢，太祖所書‘應賢’應該是指我，微臣也甘願剃度跟随陛下！”這樣，應文、應能、應賢都有着落了，他們一一剃發，此番情景極為悲壯、凄慘。
那麼，建文帝又是怎麼逃出皇宮的？
這是600年以來人們對于建文帝最關注的問題，有兩種說法占據主流：
第一種說法
建文帝通過皇宮裡頭及其周圍的暗道逃離的。明代著名史學家談遷是這樣說的：建文帝在明皇宮大殿上打發走一些大臣後，就與程濟、梁良用等人通過暗道悄悄走出了西華門，來到了秦淮河邊，沿着秦淮河往南走，找到了一隻空船，建文帝一行人登船，梁良用拼命劃船，往城南方向行駛，不一會兒就到了南門，他們棄船登岸，改變了出逃路線與方向。
這個時候又出現了悲劇的一幕，建文帝上岸後，梁良用哭着對建文帝說：“陛下，臣就此與您永别了！”說完他就走到朱雀橋上投河自盡。梁良用一族在建文朝同朝為官的共有8人，他們個個都是忠臣節士，僅投河自盡殉國的就有5人。
再說建文帝一行在南門登岸後，就潛出聚寶門（南京中華門），乘着夜色悄悄來到聚寶門東北方的神樂觀。不久，其他十幾個大臣也一一前來會和。當夜，建文君臣就宿于道士王升所在的神樂觀，密議出逃之事。
第二種說法
這個說法影響最大的是出自明末清初著名學者谷應泰。他說：建文帝和九個大臣通過皇宮暗道，穿越鬼門逃離的。這裡面就有一個問題需要說明，朱元璋所說的“鬼門”究竟是什麼地方？
長期以來對于“鬼門”這個地方都沒有明确的說法，但很多人認為鬼門應該就是皇宮的北邊。因為古代人們出殡時走的都是北門，是以推測，鬼門就在皇宮的北邊，具體指的就是太平門。
上面說到朱元璋讓建文帝君臣在神樂觀會和，按照朱元璋的訓示，建文帝和九個大臣在趕往神樂觀途中遇到了神樂觀道士王升，建文帝十分驚訝。王升見面後，連忙跪下解釋道：“陛下不要驚訝，貧道早就知道陛下要來這裡。昨天夜裡高祖皇帝托夢給貧道，讓貧道在此恭候！”
在神樂觀進行具體部署後，最終建文帝君臣商定：大家分頭行動，建文帝前往浙江浦江方向最為妥當。因為浙江浦江鄭氏是個大族，曆來以“忠孝”治家，且本朝開國以來，他們一向對大明君主忠心耿耿。但計劃跟不上變化，建文帝此後還是去了吳江避難，之後又到了雲南，至此，建文帝的行蹤不定，後人也就無從具體得知了。