《藏書》《續藏書》是明代李贽的主要著作。李贽一生寫下了大量的史學著作，其中他最重視的是《藏書》，自稱“此吾精神心術所系，法家傳爰之書”。李贽自知此書與世不相宜，說“吾姑書之而姑藏之，以俟夫千百世之下有知我者”，故取名為《藏書》。
《藏書》共68卷，取材于曆代正史，用紀傳體載錄了自戰國至元末的曆史人物約800名。李贽按自己的觀點把這些曆史人物加以分類，對一些類目寫了總論，對一些人物、事件和言論寫了專論或簡短評語，評論尖銳、潑辣，富于批判精神。《續藏書》為《藏書》的續集，由王維俨于李贽去世7年後刊，共27卷，主要取材于明代的人物傳記和文集，載錄了明神宗以前明代人物約400名。《藏書》《續藏書》中，李贽對史書體例和編排進行了創造，對載錄的曆史人物做了與傳統見解不同的評價，集中展現了李贽的史學理念。
昭彰事實，垂鑒後世：對史書體例的創造。李贽在史學理念方面的首要貢獻，在于他第一次明确地從經學“袪魅”的角度，提出并論證了“六經皆史”“經與史相為表裡”，主張曆史學研究應史論結合，注重揭示興亡治亂的規律，以更好發揮其“昭彰事實，垂鑒後世”的社會功能，為“志在救時”的實踐目的服務。
遵循着史論結合、昭彰事實、垂鑒後世的思路，李贽在史書體例上有一個重要創造，即把“本紀”與“世家”合二為一，創造“世紀”體。這一創造，打破了傳統的“書君上以顯國統”的“本紀”體例，有利于人們從曆史中總結經驗教訓，獲得“治平之事與用人之方”的啟迪。一方面，那些雖然失敗卻影響過曆史程序的英雄人物，紛紛被寫入了“世紀”中。如陳勝和項羽，李贽專門為其寫了傳記《匹夫首倡》和《英雄草創》。另一方面，《藏書》《續藏書》着重記叙在曆史上有重大影響的帝王的事迹，不是任何帝王都可以在“世紀”中占有一席之地。如西漢，主要記述了漢高祖、漢文帝、漢武帝、漢昭帝、漢宣帝5位帝王的事迹，至于元、成、哀、平諸帝，則被認為“此不足稱帝矣”，附于宣帝之下一筆帶過。
《藏書》的列傳部分也與傳統的紀傳體史書的體例在分類上有很大不同，其列傳分為大臣、名臣、儒臣、武臣、賊臣、親臣、近臣、外臣八大類。從《藏書·世紀列傳總目後論》的說明來看，列傳各類編排的順序，即形成曆史由治而亂的過程。李贽認為儒臣為治終亂始的關鍵，其雲：“儒臣實不可以治天下國家。”在舉用儒臣前，治世有大臣、名臣，無論君王是否為聖明之主，舉用大臣便得以輔天下而至太平，使百姓得到安養。名臣雖未必知學然實有學者，憑其才能可至守成治世之功。李贽所謂之儒臣，其功皆在文學，故無益于天下，又以明哲保身處世，故天下無臣之事功，便日漸衰退至亂世。世亂則武臣必出，賊臣觊觎天下，親臣、近臣谄佞于君臣之間以取其利。天下至于大亂，大臣無所作為，隐于江湖，是以外臣為終。從《藏書》的這一史學體例來看，李贽的根本宗旨就是要從曆史事實中總結中國曆代王朝從興盛走向衰落的規律性，探求國家富強的道路。
道不虛談，注重實效：以事功為主的記載。《藏書》《續藏書》中，李贽判斷是非的标準以實效為準，而非道學者所依據的聖門古訓。他在書中開宗明義地反對以孔子的言論為判斷是非的标準；他高度贊揚秦始皇統一中國的功績，稱其為“千古一帝”；他贊賞法家革新進步的思想，給予著名法家人物及具有改革理念的政治家比較高的評價。李贽說：“夫當行而後言，非通于道者不能；可行而後言，非深于學者不能……真所謂通于道、深于學者也，故能潔己裕人，公恕并用，其言之而當行而可行者乎……實學也。”可以看出，李贽的“實學”理念包含了“當行”和“可行”兩種屬性，展現了“道不虛談，注重實效”的标準。
《藏書》《續藏書》中對于人物、事迹的記載皆是以事功為主，由其篇幅之長短可見其事功之多寡。例如，在世紀對于曆代君王的描述，事功如漢武帝者，其篇幅頗長，且所舉皆為武功；無事功如漢元帝者，篇幅很短，甚至僅一筆帶過，無從記錄。由此可見，《藏書》《續藏書》中曆史人物之定位，取決于事功的高低。
李贽把“童心說”推廣和運用于曆史學研究領域，提出了“論贊須具曠古隻眼”。他總是把有真才實學的士大夫和正統儒者對比，《藏書》對儒臣的批判無所不在。《藏書·世紀列傳總目後論》雲：“嗚呼！受人家國之托者，慎無刻舟求劍，托名為儒，求治而反以亂。而使世之真才實學，大賢上聖，皆終身空室蓬戶已也。則儒者之不可以治國家，信矣。”李贽說《藏書》“鑿鑿皆治平之事與用人之方”，這段話正是他對《藏書》的理論總結。
民貴君輕，以質救文：對治亂循環的突破。“合久必分，分久必合”的循環在中國曆史上一再上演。李贽在《藏書》中展現了對這種治亂循環的表述：“一治一亂若循環。自戰國以來，不知凡幾治幾亂矣。”他認為自戰國以來，中國朝代便在治亂之中不斷循環，而造成治亂的主因為“文”與“質”的消長。《世紀總論》說：“夫人生斯世，惟是質文兩者。兩者之生，原于治亂。其質也，亂之終而治之始也，乃其中心之不得不質者也，非矯也。其積漸而至于文也，治之極而亂之兆也，乃其中心之不能不文者也。皆忠也。”
李贽認為，曆史治亂循環不斷，乃在于君臣不能守其質樸本心。是以，李贽提出“以質救文”，希望能掙脫治亂循環的必然。李贽所強調的君臣之事功，其在于能夠使天下百姓得到安養。李贽認為百姓是國家的基礎，君臣的作為皆需從百姓出發，是以不可有為一己之私欲的奢靡行為。從曆代治亂循環的觀察，凡君王能守其質樸本心者，其能以國家為己任，用心之處皆為百姓安居樂業、民心歸順，政策自然通行，危亂無從發生。
審時度勢，适時變通：識主建功的時勢相對論。求變是李贽《藏書》的主旨之一，他在《藏書·世紀列傳總目》中提出了兩個命題：一是“如歲時然，晝夜更疊，不相一也”；二是“昨日是而今日非矣，今日非而後日又是矣”。時移則事移，不同的階段，是非标準也應随之更疊。是以，李贽青睐那些審時度勢适時變通的士大夫們。
李贽在曆史治亂循環的觀察中了解到，聖賢之君不可常遇，是以在一質一文的變易中，治亂随之嬗替。為順應此種變易，李贽認為為臣者應随時勢權宜，以求适得其所，建功于天下國家。《秦始皇帝傳》雲：“丞相李斯曰：五帝不相複，三代不相襲，各以治。”李贽于其下評點曰：“‘各以治’三字甚可貴。”李贽以三代聖主之治表示順勢之重要，他認為時勢是相對而生，是以不能受制于定法，為臣者居于朝必不能以安其身為滿足。《德業儒臣後論》雲：“雖有孔子之聖，苟無司寇之任，相事之攝，必不能一日安其身于魯也決矣。此自然之理，必至之符，非可以架空而臆說也。”李贽借由孔子表明，為臣者所事之君、所處之勢，應能展其才識，得以為之建功。若隻是安然于朝，不得其用，則應斷然罷去，歸順于明主以求用。即使是聖人，也是在審時度勢适時變通中成長起來的。
遇邦無道，吏隐為終：自我理想的寄托。《藏書》是李贽于晚年的發憤之作，此時期李贽的史學理念已臻成熟，人生曆練積累豐厚，是以無論是社會觀察或曆史觀察，都有其深刻的思考。然礙于明代的政治風氣與李贽作風相斥，其抱負無處伸展，是以寄托《藏書》《續藏書》，借由曆史的舞台展現其理想。從他對《外臣傳》人物的評論可見，李贽認為人既有才，則應為朝政建立事業，以安養天下百姓。但若是形勢迫于不遇明主，則隐于江湖待明主而出。
據曆史循環論，一質一文終緻一治一亂，《世紀總論》雲：“天下亂則賢人隐，故以外臣終焉。”天下亂則無道，賢人不得用則隐。有志之賢臣出走，徒留求名之儒臣，已然是國家衰亡之勢，是以李贽以外臣為治亂之終。李贽将外臣分為時隐、身隐、心隐、吏隐。李贽認為有才之人皆待賢君舉用，是以外臣隐于外是有其不得不隐之因。時隐外臣者，見君無用人之明，具真才實學之賢人，因時不得其勢則隐于江湖，以保其全身。李贽認為所學所為一旦陷于名利之中，誤以得名即是有德，而專學于名，反不知有具體作為，是失其本性。李贽《藏書》以吏隐為終，是德行合一的最佳表現，亦是其史學理念的最高原則。