其實沒有折磨三代皇帝，主要折磨的是康熙皇帝，因為康熙皇帝就在位六十一年，等到雍正繼位的時候“朱三太子”即使活着也得八九十歲了，還能造成多大的影響呢？
乾隆皇帝時期更不可能了，因為乾隆時期“朱三太子”墳頭草都得長成大樹了，再用“朱三太子”名号，完全就是違背自然規律啊！
其實朱三太子本人并沒有多少實力，真的朱三太子可能早就死了，也可能隐姓埋名了，而折磨清朝的是“朱三太子”這個名号，因為打着這個旗子，就可以造成不小的影響，威脅着清朝的統治！
公元1644年三月十七日，李自成的農民軍包圍北京，十八日晚上崇祯皇帝和太監王承恩登上煤山一起遠望城外，發現烽火遍地，隻能哀聲長歎。
李自成攻入北京，太監王廉急告崇祯皇帝，崇祯皇帝在宮中飲酒長歎：“苦我民爾！”
崇祯皇帝于是召來後宮的嫔妃和公主等人，先是逼迫周皇後和袁貴妃自殺，袁貴妃自殺不成，崇祯連砍數劍，倒在血泊中。
崇祯皇帝又砍傷了自己的長平公主，砍之前還流着淚說：“你為什麼要降生到帝王家來啊!”隻是長平公主當時暈死過去，崇祯以為她死了，就沒再管她。崇祯帝又砍死了妃嫔數人，又派人逼迫懿安張皇後自盡。
在殺了很多人後，崇祯開始清醒點了，于是派人送自己的三個兒子，即太子、永王、定王到勳戚周奎、田弘遇家避難。
十九日淩晨，崇祯皇帝登上煤山，自缢而死，死前隻有太監王承恩在身邊。李自成的大軍随後進入紫禁城，完全占領北京，明朝滅亡。
李自成雖然成功的滅亡了明朝，可是由于政策問題，李自成沒能招降吳三桂，緻使吳三桂聯合清軍在一片石大敗李自成，李自成在北京隻待了四十二天就倉惶西逃，逃走時運走了京城搜刮的大量金銀。
清軍入關後，遷都北京，開始了全國的統一戰争。明朝滅亡後，南方的南明對清朝的鬥争又持續了幾十年。等到康熙皇帝時期，全國基本統一。
可是清朝的全國統一戰争結束，并不代表着民間“反清複明”的思想終止，從康熙皇帝時期，打着崇祯皇帝皇子旗号進行“反清複明”的案件，如雨後春筍一樣，層出不窮。
甚至康熙皇帝時期就有十幾起打着“朱三太子”的名号進行反清複明的活動，很顯然這些所謂的“朱三太子”，絕大多數都是假明朝後裔。康熙皇帝也很關心“朱三太子”的案子，可以說康熙一直在找真正的朱三太子。
疑問一，為什麼明朝滅亡後，沒有人打着“朱三太子”的幌子，進行反清複明活動呢？
原因很簡單，明朝滅亡後，南方的一些明朝将領擁立了明神宗的孫子朱由崧為帝。崇祯皇帝是1644年三月十九日自殺，然後明朝滅亡，同年五月，朱由崧即帝位，年号弘光。
是以朱由崧可以說是和崇祯皇帝無縫對接，既然有正規的政權，自然不需要尋找崇祯帝的皇子，這時候也很少有人去關心這個事情。
弘光政權隻持續了一年時間，就因為黨争，導緻反清實力大減，當清軍南下時，左良玉還在和馬士英大戰，以至于揚州城的史可法沒有兵力阻擋清軍。揚州城破，發生了“揚州十日”這樣的慘案。南京被清軍占領，弘光帝後來被俘獲，弘光政權滅亡。
後來又有隆武政權，主政者是唐王朱聿鍵和鄭芝龍等人，與此同時魯王朱以海也在紹興監國，雙方沒有合作，卻再次内鬥，最後都被清朝打敗。隆武帝被亂箭射殺于汀州府衙，魯王朱以海逃往海外。
隆武政權結束後，又開始了永曆政權，由朱由榔稱帝，其間還和農民起義軍合作。著名戰将李定國，原來就是張獻忠的手下大将，投靠永曆政權後，屢次對抗清軍，打了不少的勝仗，可是最後還是沒能光複河山。1662年，朱由榔被吳三桂絞殺于雲南，永曆政權結束。同時南明也結束了。
從以上可以看出，明朝滅亡後，有太多的政權了，有反清複明之心的朝臣，根本就不需要打着崇祯皇帝皇子的旗号，因為有現成的旗号。
直到永曆帝被殺，明朝皇室宗親也都被屠殺的差不多了，才開始有“朱三太子”之說。
疑問二，為什麼要打着“朱三太子”旗号呢？“朱三太子”實力怎麼樣？
朱三太子其實不是指的崇祯皇帝的第三子，也可能是指的崇祯皇帝活着的第三個兒子，反正隻要是康熙皇帝時期的反清活動，大多數都是以“朱三太子”為旗号。
朱三太子本身沒有什麼實力，隻是這個名号太響了，因為崇祯皇帝的兒子，太有正統性了。
那麼既然崇祯皇帝的兒子有号召性，為什麼沒人以皇太子的名号反清呢？主要是因為，崇祯皇帝的太子，可能已經死了。
根據《明史》記載，崇祯皇帝有七個兒子，分别為：第一子朱慈烺，第二子懷隐王朱慈烜，第三子定王朱慈炯，第四子永王朱慈炤，第五子悼靈王朱慈煥，第六子悼懷王，以及皇七子。
活到成年的隻有三個兒子，也就是太子朱慈烺、永王、定王。
但是很多人都質疑《明史》，因為關于崇祯皇帝的兒子，其他史書記載的和《明史》都不一樣。
比如《甲申傳信錄》是怎麼說的：
大行皇帝有四子二女，皇太子言慈烺，甲申國變時十六歲。次長公主，次永王，言慈煥，少四歲。俱周後出，次定王慈燦，少六歲，田妃出。次坤儀公主，袁妃出。次懷隱王慈炤，田妃出。
從這裡可以看出，老大是朱慈烺，永王朱慈煥是老二，定王朱慈燦是老三。
《罪惟錄》中記載了，思宗第三子永王慈煥、第四子定王慈炯（一作慈燦），俱田貴妃出，是以這裡變成了老三是慈煥，老四是慈炯。正好和正史反過來。
不管怎麼說，我們可以确定的是崇祯的大兒子叫朱慈烺。我們先看一下朱慈烺的結局。
明朝滅亡後，太子朱慈烺被李自成捉住，以禮相待，被李自成封為宋王，李自成與吳三桂大戰的時候，太子趁亂跑路了，《明史》記載太子不知所蹤。
《明季南略》記載：
自成東出，人見太子馬銜尾随後，自成戰敗而還，失太子。至是，太子下落，遂不可知。
由此可見，《明季南略》也記載了太子不知下落。
但是随後不久發生了“南北太子”案，并且很多人都覺得“北太子案”中的是真太子。
北太子案内容，大概就是太子趁亂逃跑後，逃回了外公周奎家，當時長平公主也在周奎家，兄妹倆見面，抱頭痛哭。可是太子的外公周奎怕受連累，把外孫直接獻給了多爾衮。很顯然這個應該是真太子，可是多爾衮不願意說他是真的，因為如果表示這是真太子，就是一個燙手山芋，留着不行，殺了更不行。
周奎不敢隐，縛太子出獻攝政王，命都督謝弘儀收管。百姓聞先帝太子尚在，饋送牲牢、禮币者甚衆。攝政王恐生他變，命舊講官謝升識認。升承旨，力言不是。複令宮主認之，宮主見太子，淚下；周奎掌其頰，宮主驚走，亦言不是。《太子本紀》
多爾衮想了個方法，那就是讓人指認這個太子是假的，這樣就可以直接以“假冒太子”的名義殺了真太子。
當時有人說這是真太子，直接受到處罰，甚至遭到威脅。于是都改口說這是假太子。長平公主去指認太子，可是她見到太子流淚了，很顯然這是真太子。
周奎一看情況不對，直接打了外孫女一個耳光，長平公主隻能說是假太子。多爾衮于是以“假冒太子”之名，殺了真太子。
還有南太子案，就是有一位北方來得人，自稱太子，投奔弘光政權，可是當時都說這個不是真太子，因為他不知道宮中的事情，包括自己大伯（朱由校）的名字。
關于南太子案，很多史書都記載這是個假太子，原名叫王之明，因為長的像太子，于是假冒。
這個假太子的結局也很慘，弘光帝沒有殺他，但是清軍占領南京後，把他殺了。
當然還有很多太子的傳說，但是都沒有依據，比如說太子潛逃到了栾川，在老君山僞裝成道人30多年，被追随而來的遺民暗中尊為皇帝，直到51歲死去。
還有傳說，太子被當年東宮講讀之一李士淳帶回其老家廣東省梅州市，得以善終。
可是這些都是後來才傳說出來的，就當時清朝的環境來看，絕對沒有這些傳說的。是以在清朝康熙年間，很多人都相信太子已經被多爾衮殺死了，也就沒有人打着太子的旗号起事了。
朱三太子是誰呢？
史料對于崇祯皇帝的兒子記載有出入，但是他們一緻的記載是崇祯皇帝有三個兒子活到了成年，并且除了太子，還有永王和定王。
雖然對于永王和定王的名字，有争議，排序也有争議，但是可以看到崇祯确實有另外兩個兒子（除了太子）逃了出來。
在當時漢人心中，崇祯有兒子逃出來了，太子已經死了，南明政權沒了，反正一共有三個兒子逃出來，就以“朱三太子”為旗号起事，效果是最好的。
康熙時期，以朱三太子起事的多達十幾個，比如康熙十二年十二月二十二日楊起隆以“朱三太子”名義在京城糾衆反清，并建廣德年号，但旋即失敗。失敗後，楊潛逃。
直到康熙十九年在陝西漢中、興安一帶又有一個自稱朱三太子的人，秘密進行反清活動。但清廷并未能将該人捕獲。
一直持續到康熙四十六年，都有人假冒“朱三太子”起事。可是這些都不是崇祯皇帝的真兒子，因為真兒子可能早就躲起來了，哪裡敢起事呢！
王士元案就是一個例子。
大體上就是有一個老人，都七十五歲了，他的孩子們起名字都有一些金木水火土的符号，很怪異，這樣的名字引起了人們的注意，他名字叫王士元。
最後有官員審王士元，他說出了實情，說自己是崇祯皇帝的兒子朱慈煥，明朝滅亡後才十一歲，當時李自成把他交給了毛姓将軍，毛将軍把他帶到了河南種地，颠沛流離。
十三歲時，毛将軍聽說清兵正在緝捕流寇餘黨，于是抛下他，自己逃亡了。他走到朱元璋故居鳳陽，遇到一位姓王的老鄉紳，曾任明朝谏官，問清楚情況，王老先生為了感恩明朝，把他留在家裡收為養子，并且改姓“王”，取名“王士元”。
後來王老先生去世，王士元被王家子孫趕了出來，王士元就出家當和尚度日。有一位姓胡的人，他是明朝官員的後代，認識了王士元，欣賞他的才學，勸他還俗，并且把女兒嫁給王士元。
從此王士元以教書謀生，并且屢次搬家，哪裡風聲緊，他就離開，并且又改為張姓。等到官府抓到他的時候，王士元都七十五歲了。
王士元說：“自己完全沒有反清的思想，并且感念清朝對自己祖先陵墓的修繕，還把打敗了起義軍，為父親報了仇！”
不得不說王士元的求生欲望很強，他還說，三藩之亂自己都沒有起事，也沒有造兵器铠甲，根本就不想造反，隻想當順民。
官員也覺得“王士元”說的有理，于是上報康熙皇帝，康熙皇帝表示：“朱某雖無謀反之事，未嘗無謀反之心，應拟大辟，以息亂階。”
最後以謀反罪，将朱慈煥和兒孫全部斬首，從這裡就可以看出，“朱三太子”是康熙的心病，即便康熙以仁治天下，但是還是不願意放過前朝皇族後裔。
這些記錄是記載在《清稗類鈔》，但是在《清實錄》中記載的是崇祯第四子，并且這裡面肯定不好意思直接記載康熙殺前朝皇子。隻是說查閱前朝史書，崇祯皇帝的第四子已經于崇祯十四年病故，是以王士元是假皇子，于是處斬。
至是九卿等覆奏：朱三供伊系崇祯第四子。查崇祯第四子已于崇祯十四年前身故。又傳喚明代老年太監俱不認識。朱三明系假冒。朱三父子應淩遲處死。《清實錄》
很多人因為這一點，說清朝故意把已經去世的皇子和王士元牽扯，這樣制造一種皇四子已經去世的假象。
還有人甚至說清朝的《明史》對崇祯的兒子，排序和名字也有篡改，可是我覺得《明史》是沒有問題的，因為《清實錄》記載王士元說自己是皇四子，而《明史》中皇四子結局是下落不明，叫永王朱慈炤，這樣清朝根本就沒有自圓其說吧！
是以，可以說康熙殺“王士元”時，故意把已經去世的皇子和四皇子搞混了，但是不能說清朝篡改了《明史》中崇祯皇帝的子嗣排序。
綜上所述，“朱三太子”的實力并不強，可能真正的朱三太子（朱慈炯）早就吓得躲起來了，比如王士元（朱慈炤）這樣的崇祯兒子。凡是打着“朱三太子”旗号起事的人，都不是真皇子，隻是“朱三太子”這個牌子太響亮了，是以備受反清人士喜歡。
而康熙皇帝當然很讨厭“朱三太子”這個名号，因為就是這個名号使自己的統治不穩定，是以不管是真的朱三太子還是假的，康熙都會殺掉的。