1530年姑媽瑪格麗特意外去世後，神聖羅馬帝國皇帝卡爾五世作為低地領主，當然需要任命新的總督。
不過不需要太費腦子，眼下就有現成的人選：他的親三妹瑪麗。
1526年，波希米亞和匈牙利兩國國王拉約什二世在摩哈赤戰役中跨越切萊流河時墜馬，被重甲拖累而溺亡，身為王後的瑪麗是以守寡。
由于拉二沒有孩子，姐夫斐迪南就被選為繼任兩國國王，而斐迪南又是瑪麗的二哥，皇帝唯一的弟弟。
斐迪南去匈牙利登基以前，瑪麗曾經為他攝政，也算積累了工作經驗，雖然屢次辭職未果。斐迪南到匈牙利後，瑪麗結束使命回娘家。瑪格麗特建議她改嫁蘇格蘭國王詹姆斯五世，但瑪麗表示深愛亡夫，不想再嫁了。不知道瑪格麗特是否從這個自己撫養過的侄女身上看到了年輕時的自己。瑪格麗特沒有孩子，瑪麗也不會有了。
當時匈牙利另外推舉國王亞諾什，不買斐迪南的賬。1528年，斐迪南再喊瑪麗為他攝政，瑪麗堅持不肯，說應該另找聰明老練者。後來斐迪南将姑媽的死訊告訴瑪麗時，仿佛也知道瑪麗即将繼任，說，你的道路即将不同了。
1531年，瑪麗不情不願地接受了兄長的任命，上任荷蘭。上任才四個月，她就給二哥寫信：這段經曆就像脖子上綁着一根繩子。
同時，她還要接過瑪格麗特的其他任務，照顧二姐已故丹麥廢王後伊莎貝爾的兩個女兒多蘿西娅和克裡斯蒂娜。皇帝希望給兩個外甥女安排合适的婚事，尤其是年長的多蘿西娅，将來一旦有機會，他希望能讓她做回丹麥女王。
1532年，米蘭公爵弗朗切斯科二世·斯福爾紮向才11歲的克裡斯蒂娜求婚，瑪麗覺得那麼小的孩子不必急着嫁，但皇帝卻同意了。瑪麗千方百計，也隻能讓克裡斯蒂娜拖到第二年才出嫁。
不知道是不是給氣的，瑪麗病了，順便請辭，皇帝不許。又過了一年，多蘿西娅也嫁給了行宮選帝侯腓特烈二世。此侯以前追求過瑪麗的大姐萊奧諾爾，後來皇帝又想讓瑪麗改嫁他而被瑪麗拒絕。這下瑪麗成了他的親家姨媽。
又過了一年，克裡斯蒂娜因為守寡，又回來了。英格蘭國王亨利八世向她伸出橄榄枝，皇帝又要瑪麗促成，瑪麗不肯。可能細心的朋友已經注意到，亨八是皇帝的小姨父，這是要做皇帝的外甥女婿？
皇帝還真的敢讓姨父管他叫舅舅，隻是1539年亨八被教會破門，隻能作罷。後來克裡蒂斯娜在1541年改嫁，在姐姐無嗣的情況下延續了家族血脈，是後話。
瑪麗本來是主張宗教寬容的，但皇帝說，如果有人皈依新教路德宗，那麼無論是他的父母、妻子、子女還是手足，都會是他最大的敵人。
瑪麗被迫執行兄長的意志鎮壓新教徒，同時又盡自己的能力保護。這就讓兄妹之間有了沖突。
1534年，瑪麗抱怨和平年代竟然遭遇财政困難，皇帝安慰她，你已經做到最好了。同年，瑪麗引用皇帝的話，号召治下各地互幫互助，聯合防禦。但因為帝國和皇帝的新大姐夫法國國王弗朗索瓦一世沒談攏，未果。
瑪麗經常對兄長說，荷蘭需要和平。但皇帝總是不以為然，結果是以被法國搶走了梅斯。瑪麗被迫在1537年對法國發動戰争，她又向兄長抱怨，低地不好治理，您還是親臨吧。
即使事實上她頭腦冷靜地解決了問題，她和法王簽署條約，法王許諾不幫助她的敵人，她則許諾補償在意大利戰争中在低地失去土地的法國貴族。
1538年至1540年間，瑪麗又不得不應對根特叛亂。叛亂被鎮壓後，皇帝又給了瑪麗新的任期。
瑪格麗特靈活且有魅力，能和平就不動手，但年輕的瑪麗卻鐵腕專制，很少原諒他人和忘記仇恨，自己都知道自己活得像個女漢子。皇帝對她的表現很滿意，是以還讓她多當幾年，給她的權力也超過了姑媽，但瑪麗并不像姑媽一樣享受這樣的角色。
瑪麗又施壓治下，促成建立一支共同的荷蘭艦隊，對付打劫商人的蘇格蘭私掠船。她和勃艮第海軍上将馬克西米利安和議員科内利斯·德·謝珀一起推動了1550—1555年間低地國家海洋政策專業化，雖然待二人親疏有别，但三人組還是完成了使命。世人都看到了，瑪麗有活力，能實幹。
1555年，皇帝宣布退位，把皇位讓給弟弟斐迪南，西班牙王位讓給兒子費利佩，低地也給費利佩。斐迪南表示不滿，瑪麗聞訊也表示要辭職。老皇帝父子都挽留，瑪麗仍然堅持。她強調自己遇到的困難：自己的性别，因為與兄長的分歧無法自行其是，她已經當了24年的總督，已經50歲了（正好是瑪格麗特去世時的年紀），不再是當初的少女了。以前遷就兄長也就算了，她不想以後再遷就已經多次不合的大侄子。她還請求辭職以後離開荷蘭，以免再卷入紛争。
老皇帝終于同意了，瑪麗官宣自己離任，并且解散了班底，把權力移交給費利佩。雖然對姑媽多有不滿，但費利佩還是意圖說服她留任。後來姑侄之間又發生了争執，瑪麗在比利時的蒂倫豪特退隐，在離任後又在荷蘭過了一年。
繼任荷蘭總督誰來呢？費利佩選擇的是姨媽兼表姑葡萄牙公主貝亞特麗絲的兒子薩伏依公爵“鐵頭”埃馬努埃萊·菲利貝托，也就是他自己的表弟，同時也是瑪格麗特亡夫的侄子。
瑪麗晚年想和她守寡的大姐以及同樣退休了的老皇帝一起去母家卡斯蒂利亞度過退休生活。她本來因為從未去過卡國而害怕，萬一大姐死了，她連入鄉随俗都困難，于是做好了重回荷蘭的預案，最後和兄姐一起坐船從根特前往。
1555年是一個非常合适的年份，因為這一年早些時候，這幾位的母親，事實上一直被關在修道院裡的挂名西班牙女王胡安娜剛駕崩。
費利佩登基為西班牙國王費利佩二世以後，有時候由妹妹葡萄牙守寡太子妃胡安娜攝政。瑪麗雖然屢次表示無心國事，卻又主動提出為侄女分憂。胡安娜不願分享權力，拒絕了。
1558年，瑪麗的擔心成真了，大姐死在了她的懷裡。她傷心地問兄長以後怎麼辦，老皇帝又說服她再出山為荷蘭攝政，許諾給她大筆收入。瑪麗拒絕了，但費二卻通過她的顧問說服她。
老皇帝病重後，瑪麗最終同意複出，并且做好了準備。但是她的心髒已經不好了，多次發病，有時甚至一度被醫生懷疑已經去世了。随着老皇帝駕崩，瑪麗因為再失手足，心髒再遭重創，即使侄女胡安娜來訪，她也想堅持兌現承諾回到荷蘭，但身體不允許了，最終在西加萊斯去世。
本來瑪麗孑然一身，遺囑把一切都給老皇帝。現在老皇帝先走一步，就由費二繼承了一切。臨終時，瑪麗宣布遺囑由費二和胡安娜兄妹執行，把亡夫曾經佩戴過的心形金質獎章熔化成黃金，分發給窮人。
瑪麗首先被安葬在巴利亞多利德的聖本尼迪克特修道院；15年後，費二下令改葬到埃斯科裡亞爾修道院。
和姑媽一樣，瑪麗也是敏銳的藝術收藏家。她擁有幾幅早期荷蘭繪畫的重要傑作以及更多的當代作品，也贊助文學、音樂、狩獵。
曆史證明了瑪麗是意志堅定、技巧娴熟的政治家。
1559年，因為西班牙和法國簽訂和約，薩公恢複了之前被法國奪走的封地，費二也從荷蘭啟程去西班牙。既然薩公回到封地，荷蘭總督又要重新安排。
費二學習祖宗的榜樣，安排的仍然是哈家的自己人，甚至仍然是女性。
但是，每個哈家的女總督得能順利完成任務嗎？