1530年姑妈玛格丽特意外去世后，神圣罗马帝国皇帝卡尔五世作为低地领主，当然需要任命新的总督。
不过不需要太费脑子，眼下就有现成的人选：他的亲三妹玛丽。
1526年，波希米亚和匈牙利两国国王拉约什二世在摩哈赤战役中跨越切莱流河时坠马，被重甲拖累而溺亡，身为王后的玛丽因此守寡。
由于拉二没有孩子，姐夫斐迪南就被选为继任两国国王，而斐迪南又是玛丽的二哥，皇帝唯一的弟弟。
斐迪南去匈牙利登基以前，玛丽曾经为他摄政，也算积累了工作经验，虽然屡次辞职未果。斐迪南到匈牙利后，玛丽结束使命回娘家。玛格丽特建议她改嫁苏格兰国王詹姆斯五世，但玛丽表示深爱亡夫，不想再嫁了。不知道玛格丽特是否从这个自己抚养过的侄女身上看到了年轻时的自己。玛格丽特没有孩子，玛丽也不会有了。
当时匈牙利另外推举国王亚诺什，不买斐迪南的账。1528年，斐迪南再喊玛丽为他摄政，玛丽坚持不肯，说应该另找聪明老练者。后来斐迪南将姑妈的死讯告诉玛丽时，仿佛也知道玛丽即将继任，说，你的道路即将不同了。
1531年，玛丽不情不愿地接受了兄长的任命，上任荷兰。上任才四个月，她就给二哥写信：这段经历就像脖子上绑着一根绳子。
同时，她还要接过玛格丽特的其他任务，照顾二姐已故丹麦废王后伊莎贝尔的两个女儿多萝西娅和克里斯蒂娜。皇帝希望给两个外甥女安排合适的婚事，尤其是年长的多萝西娅，将来一旦有机会，他希望能让她做回丹麦女王。
1532年，米兰公爵弗朗切斯科二世·斯福尔扎向才11岁的克里斯蒂娜求婚，玛丽觉得那么小的孩子不必急着嫁，但皇帝却同意了。玛丽千方百计，也只能让克里斯蒂娜拖到第二年才出嫁。
不知道是不是给气的，玛丽病了，顺便请辞，皇帝不许。又过了一年，多萝西娅也嫁给了行宫选帝侯腓特烈二世。此侯以前追求过玛丽的大姐莱奥诺尔，后来皇帝又想让玛丽改嫁他而被玛丽拒绝。这下玛丽成了他的亲家姨妈。
又过了一年，克里斯蒂娜因为守寡，又回来了。英格兰国王亨利八世向她伸出橄榄枝，皇帝又要玛丽促成，玛丽不肯。可能细心的朋友已经注意到，亨八是皇帝的小姨父，这是要做皇帝的外甥女婿？
皇帝还真的敢让姨父管他叫舅舅，只是1539年亨八被教会破门，只能作罢。后来克里蒂斯娜在1541年改嫁，在姐姐无嗣的情况下延续了家族血脉，是后话。
玛丽本来是主张宗教宽容的，但皇帝说，如果有人皈依新教路德宗，那么无论是他的父母、妻子、子女还是手足，都会是他最大的敌人。
玛丽被迫执行兄长的意志镇压新教徒，同时又尽自己的能力保护。这就让兄妹之间有了冲突。
1534年，玛丽抱怨和平年代竟然遭遇财政困难，皇帝安慰她，你已经做到最好了。同年，玛丽引用皇帝的话，号召治下各地互帮互助，联合防御。但因为帝国和皇帝的新大姐夫法国国王弗朗索瓦一世没谈拢，未果。
玛丽经常对兄长说，荷兰需要和平。但皇帝总是不以为然，结果因此被法国抢走了梅斯。玛丽被迫在1537年对法国发动战争，她又向兄长抱怨，低地不好治理，您还是亲临吧。
即使事实上她头脑冷静地解决了问题，她和法王签署条约，法王许诺不帮助她的敌人，她则许诺补偿在意大利战争中在低地失去土地的法国贵族。
1538年至1540年间，玛丽又不得不应对根特叛乱。叛乱被镇压后，皇帝又给了玛丽新的任期。
玛格丽特灵活且有魅力，能和平就不动手，但年轻的玛丽却铁腕专制，很少原谅他人和忘记仇恨，自己都知道自己活得像个女汉子。皇帝对她的表现很满意，因此还让她多当几年，给她的权力也超过了姑妈，但玛丽并不像姑妈一样享受这样的角色。
玛丽又施压治下，促成建立一支共同的荷兰舰队，对付打劫商人的苏格兰私掠船。她和勃艮第海军上将马克西米利安和议员科内利斯·德·谢珀一起推动了1550—1555年间低地国家海洋政策专业化，虽然待二人亲疏有别，但三人组还是完成了使命。世人都看到了，玛丽有活力，能实干。
1555年，皇帝宣布退位，把皇位让给弟弟斐迪南，西班牙王位让给儿子费利佩，低地也给费利佩。斐迪南表示不满，玛丽闻讯也表示要辞职。老皇帝父子都挽留，玛丽仍然坚持。她强调自己遇到的困难：自己的性别，因为与兄长的分歧无法自行其是，她已经当了24年的总督，已经50岁了（正好是玛格丽特去世时的年纪），不再是当初的少女了。以前迁就兄长也就算了，她不想以后再迁就已经多次不合的大侄子。她还请求辞职以后离开荷兰，以免再卷入纷争。
老皇帝终于同意了，玛丽官宣自己离任，并且解散了班底，把权力移交给费利佩。虽然对姑妈多有不满，但费利佩还是意图说服她留任。后来姑侄之间又发生了争执，玛丽在比利时的蒂伦豪特退隐，在离任后又在荷兰过了一年。
继任荷兰总督谁来呢？费利佩选择的是姨妈兼表姑葡萄牙公主贝亚特丽丝的儿子萨伏依公爵“铁头”埃马努埃莱·菲利贝托，也就是他自己的表弟，同时也是玛格丽特亡夫的侄子。
玛丽晚年想和她守寡的大姐以及同样退休了的老皇帝一起去母家卡斯蒂利亚度过退休生活。她本来因为从未去过卡国而害怕，万一大姐死了，她连入乡随俗都困难，于是做好了重回荷兰的预案，最后和兄姐一起坐船从根特前往。
1555年是一个非常合适的年份，因为这一年早些时候，这几位的母亲，事实上一直被关在修道院里的挂名西班牙女王胡安娜刚驾崩。
费利佩登基为西班牙国王费利佩二世以后，有时候由妹妹葡萄牙守寡太子妃胡安娜摄政。玛丽虽然屡次表示无心国事，却又主动提出为侄女分忧。胡安娜不愿分享权力，拒绝了。
1558年，玛丽的担心成真了，大姐死在了她的怀里。她伤心地问兄长以后怎么办，老皇帝又说服她再出山为荷兰摄政，许诺给她大笔收入。玛丽拒绝了，但费二却通过她的顾问说服她。
老皇帝病重后，玛丽最终同意复出，并且做好了准备。但是她的心脏已经不好了，多次发病，有时甚至一度被医生怀疑已经去世了。随着老皇帝驾崩，玛丽因为再失手足，心脏再遭重创，即使侄女胡安娜来访，她也想坚持兑现承诺回到荷兰，但身体不允许了，最终在西加莱斯去世。
本来玛丽孑然一身，遗嘱把一切都给老皇帝。现在老皇帝先走一步，就由费二继承了一切。临终时，玛丽宣布遗嘱由费二和胡安娜兄妹执行，把亡夫曾经佩戴过的心形金质奖章熔化成黄金，分发给穷人。
玛丽首先被安葬在巴利亚多利德的圣本尼迪克特修道院；15年后，费二下令改葬到埃斯科里亚尔修道院。
和姑妈一样，玛丽也是敏锐的艺术收藏家。她拥有几幅早期荷兰绘画的重要杰作以及更多的当代作品，也赞助文学、音乐、狩猎。
历史证明了玛丽是意志坚定、技巧娴熟的政治家。
1559年，因为西班牙和法国签订和约，萨公恢复了之前被法国夺走的封地，费二也从荷兰启程去西班牙。既然萨公回到封地，荷兰总督又要重新安排。
费二学习祖宗的榜样，安排的仍然是哈家的自己人，甚至仍然是女性。
但是，每个哈家的女总督得能顺利完成任务吗？