勃艮第公爵夏尔在南锡战役阵亡后，独女玛丽成为继承人，但勃艮第的主要部分被法国国王路易十一兼并，奥地利大公、后来的神圣罗马帝国皇帝马克西米利安一世则因为娶了玛丽，得到了剩下的低地等部分。
马一和玛丽生有儿子腓力和女儿玛格丽特。玛丽死后，腓力继承了低地，娶了西班牙天主教双王阿拉贡国王费尔南多二世和卡斯蒂利亚女王伊莎贝尔的次女胡安娜。
玛格丽特取名自继外婆约克公主，曾许婚路十一的太子夏尔即后来的国王夏尔八世，因此她很早就被交给法国王宫由未来公爹抚养，并被培养成为太子妃、王后，接受夏尔的大姐安妮等人的教育，并且和夏尔真的产生了爱情。
但是夏八却为了强娶马一曾通过代理婚姻续娶的布列塔尼女公爵安妮，也就是玛格丽特曾经的继母，翻脸不认人了。法国朝廷再也不视玛格丽特为准王后，玛格丽特因此回家，最终嫁给了双王唯一的儿子胡安太子，也就是哈家和西班牙双重联姻。因为当时去西班牙订婚的船在比斯开湾遭到了风暴，吓得玛格丽特匆匆给自己写下墓志：
“这里躺着玛格丽特，心甘情愿的新娘，
结过两次婚，但死时仍是处女。”
如果这次墓志用上了，玛格丽特也就没有后来的故事了。
虽然是政治联姻，但胡安深爱玛格丽特的风趣幽默。无奈胡安短命，1498年，玛格丽特生下的遗腹女是死胎。之后回娘家以前，她还教小姑子卡塔丽娜，也就是那位未来的英格兰王后说法语。
玛格丽特回娘家时，正赶上大侄子出生接受洗礼。她本意给他起名马克西米利安，即致敬她的父亲，孩子的祖父，但腓力以自己外公的名字，给长子取名夏尔。
1501年，玛格丽特再嫁和自己同年的萨伏伊公爵菲利贝托二世，这次仍然夫妻恩爱，但不久萨公也病亡了。由于过于悲伤，玛格丽特从窗户跳出，若非获救就没命了。被说服办完丈夫的后事以后，她将其心脏防腐处理以便带在身边。
因为担心再嫁又要经历丧偶之痛，她拒绝家族将她再改嫁英格兰鳏夫国王亨利七世，即使这意味着没有子女的她以后也将不再有任何子女。
因为胡安没有弟弟，大姐母子也短命，于是轮到胡安娜和腓力一起成为两国继承人。伊一驾崩后，腓力寻求和胡安娜一起继承卡王位，因此和岳父费二起了冲突，并且突然早逝。
这样，低地的继承权就落到了腓力的长子夏尔，也就是那位未来的多国共主身上。作为继承人，他被要求在低地长大，因此没有随父母去西班牙，其实他的妹妹们也都如此（有一个例外，其他文有提及，本文不表）。
这时候夏尔还小，当然没法亲自管事；母亲胡安娜因为丧夫已经出现精神问题，卡国也不可能允许这位自家女王说走就走；爷爷马克西米利安一世是他最直接也最现实的监护人，作为勃艮第的姑爷也不是没道理可讲，并且确实被选为摄政，但作为神圣罗马帝国皇帝，他分身乏术，所以他指定玛格丽特为低地总督及监护夏尔。
如前所述，玛格丽特既是夏尔的姑妈，也是舅妈，甚至还是教母。她不仅监护夏尔，也监护夏尔的三个妹妹。
本来玛格丽特应该是根正苗红的低地大小姐，但因为她在法国宫廷长大，只会说法语却不会说荷兰语和德语，根据一些说法，低地并不把她当自家人，反而视同外人。
法国要求夏尔作为勃艮第等地领主入朝表忠。年轻时候被抛弃的经历，让玛格丽特深恨法国，但作为政治人物，她不能感情用事。她说服父皇和法国国王路易十二停战，并且在1508年亲往康布雷，促成康布雷联盟，确保法国不入侵低地，而转向北意大利。
低地希望和法国和海尔德和平共处。之前因为勃艮第老公爵夏尔夺取海尔德，腓力作为夏尔的外孙曾经一并继承海尔德，但民众选举海尔德老公爵阿道夫的儿子卡雷尔继位。腓力一度占据上风，还迫使卡雷尔同行见证自己作为姑爷继承卡王位，卡雷尔中途逃跑。腓力死后，卡雷尔才逐渐坐稳了海公之位。
这种情况下，卡雷尔不买哈家的账不稀奇。1511年，玛格丽特联合英格兰围攻文洛，卡雷尔就入侵荷兰，迫使解围。因为父皇马一也强调低地只要自卫，玛格丽特只能和卡雷尔签订和约，承认他为海尔德公爵、祖特芬伯爵。1514年，卡雷尔就违背和约进军阿纳姆。
1512年，玛格丽特对父皇说自己想通了，荷兰要靠和平、贸易生存，所以得中立。后来建立对抗法国的神圣同盟时，皇帝虽然参加，但是以皇帝的名义，而没有以低地摄政的名义，低地因此得以中立。同时，各条约也没有规定荷兰领主不能帮英、德攻打法国。
于是1513年的马刺战役，皇帝跟在英王亨利八世后面坐收渔利，低地还因为供给军需获得了巨大的利润。
1515年，夏尔在低地亲政，玛格丽特下位。
1519年皇帝驾崩后，夏尔和玛格丽特不顾教宗和法国反对，谈判由夏尔参选新皇帝。玛格丽特一度改为支持夏尔唯一的弟弟，生于西班牙的斐迪南，但夏尔却不愿将皇位让人。玛格丽特又是外交，又是贿赂，总算让大侄子击败了法国国王弗朗索瓦一世，继承了祖父的皇位，成为卡尔五世。卡五也投桃报李，让玛格丽特再以总督坐镇荷兰。
法国和西班牙之间的恩怨又添一笔。
因为外公费二更早也驾崩了，卡五成为了多国共主，虽然西班牙等国名义上是和胡安娜共治，但其实除了一次未遂叛乱造成的混乱以外，胡安娜一直被关在一家修道院里——这是之前她父王以她精神失常为由做的，而她的亲生儿子只是延续了这种状态。
从情感来讲，玛格丽特才更像卡五的亲妈，真正的亲妈胡安娜反而形同路人。
1525年帕维亚一战，卡五俘虏弗一，迫使其留下儿子为人质和放弃对低地的宣称。弗一脱身以后就不认账，入侵低地。
玛格丽特在战场上退敌，外交上再赴康布雷，和以前在法国的同学也是萨伏伊的大姑子法国王母（丈夫不是国王，所以不称太后）露易丝重逢。法国其实也没力气继续打了，于是达成一致：
之前法国实际占领的勃艮第部分，哈家再也不要了；而哈家实控的低地，法国也不再宣称宗主了。
除了治国以外，玛格丽特还会经商，因此导致荷兰繁荣。和英格兰谈判后，荷兰靠纺织业赚了大钱。
1523年，丹麦内乱，贵族废黜丹麦、瑞典两国国王克里斯蒂安二世，拥立王叔弗雷德里克为王，即弗雷德里克一世。克二的王后伊莎贝尔得名于外婆，正是卡五的妹妹。因为克二另有所爱，所以他们的夫妻关系并不好，后来克二的情妇中毒身亡，他们的关系才转好，伊莎贝尔还一度摄政。
新丹王不想得罪哈家，故意用哈家的母语德语给伊莎贝尔写信以为拉拢，但伊莎贝尔坚持与丈夫共进退，和丈夫和孩子们一同流亡回低地娘家，四处奔走寻求复国。
玛格丽特对自己抚养过的侄女没有感情，小编是不信的，但是为了确保粮食定期供应到荷兰，她接受了新丹王的拉拢，表示自己不会支持侄女婿复位。即使克二走通了大舅哥的门路，玛格丽特甚至违抗皇帝的命令，表示虽然家族利益重要，但荷兰的经济利益更重要。
皇帝也为姑妈抗命不快，但终其一生，唯一被他重新任命的总督就是他的这位姑妈。
只不知伊莎贝尔因为奔波于复国而在1526年早逝时作何感想。
玛格丽特治理荷兰，是荷兰历史上第一次经历中央集权，但玛格丽特治下的荷兰却和平，唯一的例外是新教改革，1523年有一批殉教者被绑在木桩上烧死。
玛格丽特还养了一些画家，造了一间图书馆；也收藏了美洲新大陆最早的藏品，皇帝得到阿兹特克国王蒙特祖马给殖民者埃尔南·科尔特斯的珍宝以后就送了她一些。因为太过文艺，伊拉斯谟、乌得勒支的阿德里安（后来的教宗阿德里安六世）和海因里希·科尔内利乌斯·阿格里帕等名人都来拜访。阿格里帕将他可以说是女权主义的作品《对女性的高贵和卓越的诽谤》献给了她。
玛格丽特还很喜欢英格兰外交家托马斯·博林的小女儿安妮，给她提供临时位置，说和这个小女孩相处，比和贵族相处更愉快。
当时没人知道这个女孩将来能做到什么位置，生了谁，又将有如何的下场。
玛格丽特甚至不知道自己的下场，如果不是那场意外，本来她统治荷兰的时间也许会比历史上更长，她的生命也不会止于1530年50岁时——
她踩到了一块碎玻璃，没有重视，结果因为坏疽，不得不截肢；医生给她打鸦片以便做手术，结果因为鸦片太浓，她再也没醒来。
这时候的玛格丽特仍然保持了年轻时的好习惯：在生命有危险时立好遗嘱——所有遗产只归皇帝一人，并写信要他和英法交好。
如今比利时梅赫伦的圣鲁姆博尔德大教堂旁还有一尊女总督的雕像。
而下一任的荷兰总督仍然是哈家的关系户，甚至也是女性，甚至是玛格丽特亲自带大的。