基于轉錄組測序技術，分析其對馬銀花的生物資訊有什麼影響？
前言：杜鵑花是杜鵑花科杜鵑屬植物的統稱，在中國分布廣泛，且自然資源豐富。馬銀花屬于該屬中的馬銀花亞屬模式植物，花冠1.6~2.3cm，花淡紫色、紫色或粉紅色，帶有香味，具有園藝觀賞性。
馬銀花在中國東部低山丘陵常有分布，且在部分林分中是優勢種，但市場上少有人工栽培，屬于未開發的狀态，分子方面的資訊也十分缺乏。
RNA-Seq技術（轉錄組測序技術）目前在生物學研究中被廣泛地應用，靈敏度高，無需了解物種基因資訊，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析，反映出組織或細胞中表達的轉錄本和表達水準。
本研究對馬銀花花朵樣品進行轉錄組測序，共測了58.48Gb資料，堿基品質值Q20和Q30分别為98%~97.72%和94.38%~93.63%，說明馬銀花測序品質較高，後續分析結果可靠。
最終共得到72782個單基因簇，總長度為93338612bp，平均長度以及N50分别為1282bp和1951bp，N50長度較平均長度高52.18%，說明組裝效果較好。
單基因簇長度在200~300bp之間的數目最多，達11523，GC含量平均為43.88%。
NR資料庫是所有資料庫注釋單基因簇數目最多的，而NT資料庫則是最少的。
52409條單基因簇在NR資料庫中獲得注釋，注釋的同源序列主要來自猕猴桃科、猕猴桃屬的中華猕猴桃，這可能是由于杜鵑花科杜鵑屬植物的基礎資料較少，導緻其轉錄組單基因簇并未比對到同科屬物種中，但是這兩個物種同屬于杜鵑花目。
從GO功能注釋來看，據其功能可分為細胞組分、分子功能和生物程序3大類和43個亞類，生物程序分為18個亞類，包含23291條單基因簇，其中9649條單基因簇參與細胞程序，4244條單基因簇參與代謝程序類。
細胞組分涉及的單基因簇共29545條，包含11個亞類，主要包括細胞膜類、細胞類和細胞器類等，單基因簇的數目分别為12806條、10413條和4551條，分别占這一類總數的43.35%、35.24%和15.4%。
分子功能涉及的單基因簇共46052條，包含14個亞類，其中20568條催化活性類單基因簇參與，數目最多，占這一類總數的44.66%，綁定功能類單基因簇的數目20087條，占這一類總數的43.62%，排名第二。
通過對單基因簇的TF分類統計，可分為58類，含有2081條單基因簇，其中MYB家族含有225條單基因簇，是數量最多的一個家族。
MYB轉錄因子參與諸多生物功能，廣泛參與植物根、莖、葉、花的生長發育，參與生物脅迫或非生物脅迫響應，調控植物激素、色素代謝、次生代謝産物等。
MYB轉錄因子參與苯丙素類代謝途徑，該途徑産生的次級産物花青素和類黃酮類物質的合成與MYB類因子相關，對不同花色的花朵進行MYB轉錄因子的分析，可以發掘馬銀花花芽發育的相關反式作用因子，解釋花色不同的原因。
mTERF家族數量次之，它對線粒體基因功能起着調控作用，線上粒體作用、生物進化、基因診斷與治療等方面具有研究價值。
單基因簇比對KOG資料庫，共有42437條得到注釋，分為25類，數量最多的一般功能預測類群含有9284條注釋的單基因簇，信号傳導機制類群是數量排名第二的類群，含有5315條注釋的單基因簇。
從馬銀花轉錄組測序資料中，檢索到了32261個SSR位點，發生頻率達44.33%，重複率最高的基元類型為二核苷酸，占總數的65.40%，其次是三核苷酸，占總數的17.01%。
SSR長度變化範圍在12~76bp之間，SSR平均長度是22.15bp。
對馬銀花花朵進行轉錄組測序研究，資料組裝後共獲得72782條單基因簇，N50為1951bp。
N50是評價轉錄組組裝品質的重要名額，該研究的N50長度較大青的1055bp和相思的1446bp大，說明馬銀花的轉錄組組裝序列品質較高。
結論：
在單基因簇中共檢索到32261個SSR位點，發生頻率達44.33%，比部分植物的發生頻率大，如長梗杜鵑有23.42%，杜鵑有27.24%，楠木更少隻有13.97%，可能與植物種類不同有關，也可能是轉錄組分析或SSR分析方法不同造成的。
重複率最高的基元類型為二核苷酸，占總數的65.40%，與雲錦杜鵑和錦鏽杜鵑相同。
SSR分子标記在分子生物學方面已廣泛應用，該研究獲得的資料，可用于開展馬銀花的遺傳多樣性分析、雜交種鑒定、保護新品種，提升新品種選育程序。
