基于转录组测序技术，分析其对马银花的生物信息有什么影响？
前言：杜鹃花是杜鹃花科杜鹃属植物的统称，在中国分布广泛，且自然资源丰富。马银花属于该属中的马银花亚属模式植物，花冠1.6~2.3cm，花淡紫色、紫色或粉红色，带有香味，具有园艺观赏性。
马银花在中国东部低山丘陵常有分布，且在部分林分中是优势种，但市场上少有人工栽培，属于未开发的状态，分子方面的信息也十分缺乏。
RNA-Seq技术（转录组测序技术）目前在生物学研究中被广泛地应用，灵敏度高，无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析，反映出组织或细胞中表达的转录本和表达水平。
本研究对马银花花朵样品进行转录组测序，共测了58.48Gb数据，碱基质量值Q20和Q30分别为98%~97.72%和94.38%~93.63%，说明马银花测序质量较高，后续分析结果可靠。
最终共得到72782个单基因簇，总长度为93338612bp，平均长度以及N50分别为1282bp和1951bp，N50长度较平均长度高52.18%，说明组装效果较好。
单基因簇长度在200~300bp之间的数目最多，达11523，GC含量平均为43.88%。
NR数据库是所有数据库注释单基因簇数目最多的，而NT数据库则是最少的。
52409条单基因簇在NR数据库中获得注释，注释的同源序列主要来自猕猴桃科、猕猴桃属的中华猕猴桃，这可能是由于杜鹃花科杜鹃属植物的基础数据较少，导致其转录组单基因簇并未比对到同科属物种中，但是这两个物种同属于杜鹃花目。
从GO功能注释来看，据其功能可分为细胞组分、分子功能和生物进程3大类和43个亚类，生物进程分为18个亚类，包含23291条单基因簇，其中9649条单基因簇参与细胞进程，4244条单基因簇参与代谢进程类。
细胞组分涉及的单基因簇共29545条，包含11个亚类，主要包括细胞膜类、细胞类和细胞器类等，单基因簇的数目分别为12806条、10413条和4551条，分别占这一类总数的43.35%、35.24%和15.4%。
分子功能涉及的单基因簇共46052条，包含14个亚类，其中20568条催化活性类单基因簇参与，数目最多，占这一类总数的44.66%，绑定功能类单基因簇的数目20087条，占这一类总数的43.62%，排名第二。
通过对单基因簇的TF分类统计，可分为58类，含有2081条单基因簇，其中MYB家族含有225条单基因簇，是数量最多的一个家族。
MYB转录因子参与诸多生物功能，广泛参与植物根、茎、叶、花的生长发育，参与生物胁迫或非生物胁迫响应，调控植物激素、色素代谢、次生代谢产物等。
MYB转录因子参与苯丙素类代谢途径，该途径产生的次级产物花青素和类黄酮类物质的合成与MYB类因子相关，对不同花色的花朵进行MYB转录因子的分析，可以发掘马银花花芽发育的相关反式作用因子，解释花色不同的原因。
mTERF家族数量次之，它对线粒体基因功能起着调控作用，在线粒体作用、生物进化、基因诊断与治疗等方面具有研究价值。
单基因簇比对KOG数据库，共有42437条得到注释，分为25类，数量最多的一般功能预测类群含有9284条注释的单基因簇，信号传导机制类群是数量排名第二的类群，含有5315条注释的单基因簇。
从马银花转录组测序数据中，检索到了32261个SSR位点，发生频率达44.33%，重复率最高的基元类型为二核苷酸，占总数的65.40%，其次是三核苷酸，占总数的17.01%。
SSR长度变化范围在12~76bp之间，SSR平均长度是22.15bp。
对马银花花朵进行转录组测序研究，数据组装后共获得72782条单基因簇，N50为1951bp。
N50是评价转录组组装质量的重要指标，该研究的N50长度较大青的1055bp和相思的1446bp大，说明马银花的转录组组装序列质量较高。
结论：
在单基因簇中共检索到32261个SSR位点，发生频率达44.33%，比部分植物的发生频率大，如长梗杜鹃有23.42%，杜鹃有27.24%，楠木更少只有13.97%，可能与植物种类不同有关，也可能是转录组分析或SSR分析方法不同造成的。
重复率最高的基元类型为二核苷酸，占总数的65.40%，与云锦杜鹃和锦锈杜鹃相同。
SSR分子标记在分子生物学方面已广泛应用，该研究获得的数据，可用于开展马银花的遗传多样性分析、杂交种鉴定、保护新品种，提升新品种选育进程。
