故事背景設定在一座小城鎮，這裡曾經發生過一起轟動全國的“校園防衛過當案”。十年前，高中生林峰因為在校園内遭到同學欺淩，而用刀刺傷了欺負他的同學李浩，導緻李浩重傷昏迷。林峰被判有期徒刑十年，而李浩則一直處于植物人狀态。這起案件引發了社會對“正當防衛”法條的争議和讨論 。
十年後，林峰刑滿釋放，回到了熱鬧鎮。他希望能夠重建自己的生活，但卻發現自己仍然受到人們的歧視和排斥。他的唯一朋友是他的律師王曉晨，王曉晨曾經是林峰的高中同學，也是唯一為他辯護的人。王曉晨現在是一名成功的律師，他對林峰充滿了同情和愧疚，希望能夠幫助他重新融入社會 。
與此同時，李浩的姐姐李雪也回到了小鎮。她是一名記者，她為了探尋真相，決定重新調查十年前的案件。她懷疑林峰并不是真正的兇手，而是被人陷害的替罪羊。她開始接觸林峰，并與他産生了感情。但她不知道的是，她的行動引起了另一個人的注意——那就是當年主審此案的檢察官蘇明。蘇明現在已經升任為市檢察院的副檢察長，他對李雪和林峰的接觸感到不安，擔心他們會揭露出當年他所掩蓋的秘密 。
故事随着李雪和林峰的調查而逐漸展開，他們發現了當年案件背後隐藏着一個驚天的陰謀。原來，李浩并不是一個無辜的受害者，而是一個殘忍的惡霸。他曾經強奸了一個女孩，并導緻她懷孕自殺，這個女孩兒正是蘇明的女兒。蘇明為了報複李浩，利用了林峰作為替罪羊，讓他背負了殺人未遂的罪名。而蘇明自己則暗中安排了人去醫院切斷了李浩的氧氣管，讓他成為了植物人 。
這些驚人的真相讓李雪和林峰震驚不已，他們決定将蘇明告上法庭，揭發他的罪行。但是，他們面臨着巨大的壓力和阻力，因為蘇明不僅是一名進階檢察官，還有着強大的背景和勢力。他不惜使用一切手段，包括威脅、賄賂、誣陷、暗殺等，來阻止李雪和林峰的行動。
故事最終達到了高潮，當李雪和林峰準備在法庭上揭露蘇明的罪行時，蘇明卻突然拿出了一份檔案，聲稱這是當年案件的最新證據。這份檔案顯示，林峰确實是殺李浩的兇手，而且他還有一個同夥——那就是王曉晨。原來，王曉晨也也參與了犯罪，為了掩蓋自己的罪行，扮演了林峰的律師，并利用了李雪的感情，來擷取更多的資訊。蘇明說，這份檔案是王曉晨在監獄裡寫下的自白書，他已經被捕并承認了自己的罪行 。
這一反轉讓李雪和林峰大吃一驚，他們不敢相信王曉晨竟然是一個雙面間諜。他們懷疑這份檔案是蘇明僞造的，但卻沒有任何證據來反駁。法庭上的氣氛一片沉寂，所有人都在等待法官宣判。就在這時，一個聲音突然響起：“我可以證明這份檔案是假的！”所有人都轉過頭去看，發現說話的人竟然是李浩！原來，李浩并沒有真正成為植物人，而是被蘇明用藥物控制了意識。在王曉晨的幫助下，李浩逃離了醫院，并找到了李雪和林峰。他說，他願意為自己的罪行負責，并揭露蘇明的陰謀。這一反轉讓蘇明大驚失色，他想要逃跑，但卻被警察抓住。法官宣布了判決：蘇明被判無期徒刑，林峰被判無罪釋放，王曉晨被判緩刑三年，并給予司法賠償。
《正當防衛》以一個相對公正和和平的結局結束，是一部引人入勝的犯罪懸疑劇，它不僅展現了一個複雜而曲折的故事線索，還探讨了一些關于法律、正義和人性的深刻話題。