故事背景设定在一座小城镇，这里曾经发生过一起轰动全国的“校园防卫过当案”。十年前，高中生林峰因为在校园内遭到同学欺凌，而用刀刺伤了欺负他的同学李浩，导致李浩重伤昏迷。林峰被判有期徒刑十年，而李浩则一直处于植物人状态。这起案件引发了社会对“正当防卫”法条的争议和讨论 。
十年后，林峰刑满释放，回到了热闹镇。他希望能够重建自己的生活，但却发现自己仍然受到人们的歧视和排斥。他的唯一朋友是他的律师王晓晨，王晓晨曾经是林峰的高中同学，也是唯一为他辩护的人。王晓晨现在是一名成功的律师，他对林峰充满了同情和愧疚，希望能够帮助他重新融入社会 。
与此同时，李浩的姐姐李雪也回到了小镇。她是一名记者，她为了探寻真相，决定重新调查十年前的案件。她怀疑林峰并不是真正的凶手，而是被人陷害的替罪羊。她开始接触林峰，并与他产生了感情。但她不知道的是，她的行动引起了另一个人的注意——那就是当年主审此案的检察官苏明。苏明现在已经升任为市检察院的副检察长，他对李雪和林峰的接触感到不安，担心他们会揭露出当年他所掩盖的秘密 。
故事随着李雪和林峰的调查而逐渐展开，他们发现了当年案件背后隐藏着一个惊天的阴谋。原来，李浩并不是一个无辜的受害者，而是一个残忍的恶霸。他曾经强奸了一个女孩，并导致她怀孕自杀，这个女孩儿正是苏明的女儿。苏明为了报复李浩，利用了林峰作为替罪羊，让他背负了杀人未遂的罪名。而苏明自己则暗中安排了人去医院切断了李浩的氧气管，让他成为了植物人 。
这些惊人的真相让李雪和林峰震惊不已，他们决定将苏明告上法庭，揭发他的罪行。但是，他们面临着巨大的压力和阻力，因为苏明不仅是一名高级检察官，还有着强大的背景和势力。他不惜使用一切手段，包括威胁、贿赂、诬陷、暗杀等，来阻止李雪和林峰的行动。
故事最终达到了高潮，当李雪和林峰准备在法庭上揭露苏明的罪行时，苏明却突然拿出了一份文件，声称这是当年案件的最新证据。这份文件显示，林峰确实是杀李浩的凶手，而且他还有一个同伙——那就是王晓晨。原来，王晓晨也也参与了犯罪，为了掩盖自己的罪行，扮演了林峰的律师，并利用了李雪的感情，来获取更多的信息。苏明说，这份文件是王晓晨在监狱里写下的自白书，他已经被捕并承认了自己的罪行 。
这一反转让李雪和林峰大吃一惊，他们不敢相信王晓晨竟然是一个双面间谍。他们怀疑这份文件是苏明伪造的，但却没有任何证据来反驳。法庭上的气氛一片沉寂，所有人都在等待法官宣判。就在这时，一个声音突然响起：“我可以证明这份文件是假的！”所有人都转过头去看，发现说话的人竟然是李浩！原来，李浩并没有真正成为植物人，而是被苏明用药物控制了意识。在王晓晨的帮助下，李浩逃离了医院，并找到了李雪和林峰。他说，他愿意为自己的罪行负责，并揭露苏明的阴谋。这一反转让苏明大惊失色，他想要逃跑，但却被警察抓住。法官宣布了判决：苏明被判无期徒刑，林峰被判无罪释放，王晓晨被判缓刑三年，并给予司法赔偿。
《正当防卫》以一个相对公正和和平的结局结束，是一部引人入胜的犯罪悬疑剧，它不仅展现了一个复杂而曲折的故事线索，还探讨了一些关于法律、正义和人性的深刻话题。