美國傳教士在摩洛哥遭遇的挑戰來自多個方面，首先是當地官員和群眾的反對。
根據1880年7月3号的馬德裡會議備忘錄顯示，美國領事館每年應向摩洛哥外交部長提供他們在摩洛哥的代理人和雇傭人員的名單，還應向其居住地區的管理者遞交一份受其保護的人員名單。
其中，美國領事館聘用的本地人、美國人在商貿活動中雇傭的當地代理人、向美國提供資訊服務的本地人和為美國人服務的當地牧民或農民等，這四類人可以申請摩洛哥政府的保護。
但在實際操作中并非如此。為阻止美國傳教士活動的進一步擴張，當地官員經常關閉傳教士開辦的商店，理由是這些商店向人們出售基督教的《聖經》。
1897年的一天，丹吉爾官員命人用水泥封住傳教士開辦的商店大門，内森雇傭的當地助手被逮捕。作為摩洛哥傳教士的領袖，内森急忙趕到美國領事館求助，要求摩洛哥政府賠償1000美元的損失，并保證他的商店不再受到幹擾。
美國傳教士在摩洛哥的住房問題也很突出。尤其是韋利弗一家的住房申請受到了巨大的阻力，梅克内斯的官員拒絕他們的租房申請。
韋利弗一家找不到合适的住房，無奈之下隻好暫住在衛生條件較差的當地猶太人聚居區。
1899年6月，韋利弗一家在梅克内斯租住的房子到期後希望租住到條件較好的地方，這一提議遭到了當地官員的拒絕。韋利弗将他的妻子和孩子送到非斯，自己一個人在之前房子的附近搭建了臨時帳篷居住。當地官員者此舉旨在迫使韋利弗離開梅克内斯。
摩洛哥外交部長認為摩洛哥政府不會為美國出傳教士的利益負責。丹吉爾布道團的傳教士内森向美國駐丹吉爾領事求助，要求摩洛哥為傳教士提供住房。
後來，美國政府出面幫助傳教士與摩洛哥當局進行交涉，訓示其領事為摩洛哥的所有美國人提供合适的住房。摩洛哥外長向美國領事轉達了他對傳教士的不滿：“……他們的行為方式與智者不同；他們把他們的影響留在危險的地方，與兒童和閑雜人員打交道，直到他們（當地人）可能已經密謀傷害他們……他們應當根據自己的身份，留在城裡合适的地方。”
1899年，美國傳教士迎來了第一個皈依者，他是摩洛哥的年輕小販德雷斯（Drees），他在接受基督教的信仰後緻力于向當地人傳教。
但德雷斯的皈依并沒有從實質上改變美國傳教士在摩洛哥傳教活動的艱難性。
其次是語言溝通的問題。随着美國傳教士的傳教目标從摩洛哥整體群眾向柏柏爾人轉移，語言問題變得更加複雜。對阿拉伯語、希伯來語、柏柏爾語和西班牙語中的一種或幾種語言的學習花費了傳教士的大部分時間。
《聖經》的翻譯工作一般是傳教士最為看重的傳教手段之一，但在這個文盲率達到95%的國家，他們的翻譯工作似乎很難達到預想的效果。但傳教士相信，用當地人的語言給他們讀《聖經》将會有巨大的啟發意義。
到1899年，福音傳教聯盟每年向摩洛哥布道站撥付近1000美元的專款，專門用于《聖經》的翻譯工作，這一數額占福音傳教聯盟每年資助摩洛哥布道團資金總額的六分之一。
最後是美國傳教士内部的分裂。在傳教工作進行的同時，傳教士之間的關系發生了變化。由于個人沖突，内森與福音傳教聯盟的關系在1899年終止。
但他并沒有立即離開摩洛哥，而是擔任了美國領事的非正式顧問和私人偵探。1900年，哈默離開摩洛哥回到了美國。
1901年，克林頓·裡德因臨時醫療休假回到美國。1901年秋，5名新成員加入了這一使命，其中包括3名女性，他們的目标是将梅克内斯和非斯打造成摩洛哥的兩大布道中心。
美國傳教士在摩洛哥的傳教活動因為英國傳教士大衛·庫珀（David J.Cooper）被害一案遭到了巨大的挫折。1902年10月，英國傳教士大衛·庫珀在非斯的街上被一個當地摩爾人謀殺。摩洛哥蘇丹阿蔔杜勒·阿齊茲（Abd al-Aziz）立即訓示他的護衛抓捕兇手。
這名兇手在接受審問時給出的理由是被害者是一名基督徒，他認為應該殺死摩洛哥所有的基督徒。庫珀死後不久的1903年1月，美國傳教士收到了非斯英國領事館的通知，要求他們離開摩洛哥，以免受到當地人的攻擊。
雖然他們後來又傳回了非斯繼續傳教，但經曆這次事件後，傳教士的士氣一度受到重創，傳教活動逐漸失去活力并終止。
參考文獻：Yehoshua Ben-Arieh and Moshe Davis,eds.,Jerusalem in the Mind of the Western World,1800-1948,pp.187-188.
