美国传教士在摩洛哥遭遇的挑战来自多个方面，首先是当地官员和民众的反对。
根据1880年7月3号的马德里会议备忘录显示，美国领事馆每年应向摩洛哥外交部长提供他们在摩洛哥的代理人和雇佣人员的名单，还应向其居住地区的管理者递交一份受其保护的人员名单。
其中，美国领事馆聘用的本地人、美国人在商贸活动中雇佣的当地代理人、向美国提供信息服务的本地人和为美国人服务的当地牧民或农民等，这四类人可以申请摩洛哥政府的保护。
但在实际操作中并非如此。为阻止美国传教士活动的进一步扩张，当地官员经常关闭传教士开办的商店，理由是这些商店向人们出售基督教的《圣经》。
1897年的一天，丹吉尔官员命人用水泥封住传教士开办的商店大门，内森雇佣的当地助手被逮捕。作为摩洛哥传教士的领袖，内森急忙赶到美国领事馆求助，要求摩洛哥政府赔偿1000美元的损失，并保证他的商店不再受到干扰。
美国传教士在摩洛哥的住房问题也很突出。尤其是韦利弗一家的住房申请受到了巨大的阻力，梅克内斯的官员拒绝他们的租房申请。
韦利弗一家找不到合适的住房，无奈之下只好暂住在卫生条件较差的当地犹太人聚居区。
1899年6月，韦利弗一家在梅克内斯租住的房子到期后希望租住到条件较好的地方，这一提议遭到了当地官员的拒绝。韦利弗将他的妻子和孩子送到非斯，自己一个人在之前房子的附近搭建了临时帐篷居住。当地官员者此举旨在迫使韦利弗离开梅克内斯。
摩洛哥外交部长认为摩洛哥政府不会为美国出传教士的利益负责。丹吉尔布道团的传教士内森向美国驻丹吉尔领事求助，要求摩洛哥为传教士提供住房。
后来，美国政府出面帮助传教士与摩洛哥当局进行交涉，指示其领事为摩洛哥的所有美国人提供合适的住房。摩洛哥外长向美国领事转达了他对传教士的不满：“……他们的行为方式与智者不同；他们把他们的影响留在危险的地方，与儿童和闲杂人员打交道，直到他们（当地人）可能已经密谋伤害他们……他们应当根据自己的身份，留在城里合适的地方。”
1899年，美国传教士迎来了第一个皈依者，他是摩洛哥的年轻小贩德雷斯（Drees），他在接受基督教的信仰后致力于向当地人传教。
但德雷斯的皈依并没有从实质上改变美国传教士在摩洛哥传教活动的艰难性。
其次是语言沟通的问题。随着美国传教士的传教目标从摩洛哥整体民众向柏柏尔人转移，语言问题变得更加复杂。对阿拉伯语、希伯来语、柏柏尔语和西班牙语中的一种或几种语言的学习花费了传教士的大部分时间。
《圣经》的翻译工作一般是传教士最为看重的传教手段之一，但在这个文盲率达到95%的国家，他们的翻译工作似乎很难达到预想的效果。但传教士相信，用当地人的语言给他们读《圣经》将会有巨大的启发意义。
到1899年，福音传教联盟每年向摩洛哥布道站拨付近1000美元的专款，专门用于《圣经》的翻译工作，这一数额占福音传教联盟每年资助摩洛哥布道团资金总额的六分之一。
最后是美国传教士内部的分裂。在传教工作进行的同时，传教士之间的关系发生了变化。由于个人冲突，内森与福音传教联盟的关系在1899年终止。
但他并没有立即离开摩洛哥，而是担任了美国领事的非正式顾问和私人侦探。1900年，哈默离开摩洛哥回到了美国。
1901年，克林顿·里德因临时医疗休假回到美国。1901年秋，5名新成员加入了这一使命，其中包括3名女性，他们的目标是将梅克内斯和非斯打造成摩洛哥的两大布道中心。
美国传教士在摩洛哥的传教活动因为英国传教士大卫·库珀（David J.Cooper）被害一案遭到了巨大的挫折。1902年10月，英国传教士大卫·库珀在非斯的街上被一个当地摩尔人谋杀。摩洛哥苏丹阿卜杜勒·阿齐兹（Abd al-Aziz）立即指示他的护卫抓捕凶手。
这名凶手在接受审问时给出的理由是被害者是一名基督徒，他认为应该杀死摩洛哥所有的基督徒。库珀死后不久的1903年1月，美国传教士收到了非斯英国领事馆的通知，要求他们离开摩洛哥，以免受到当地人的攻击。
虽然他们后来又返回了非斯继续传教，但经历这次事件后，传教士的士气一度受到重创，传教活动逐渐失去活力并终止。
参考文献：Yehoshua Ben-Arieh and Moshe Davis,eds.,Jerusalem in the Mind of the Western World,1800-1948,pp.187-188.
