BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database

在本地使用blast确實比較麻煩，需要兩個步驟

• 建庫

• 比對

  這裡，根據官網提供的資訊，建庫又需要兩個步驟；

• 産生masking data
• 産生真正的BLAST資料庫

1.建庫

1.1 建立mask information files.

建立mask informations files有方式，大同小異，在"建庫"上的連結可以查詢。這裡講一種方法。

使用

dustmasker

方法建立。這個方法在下載下傳的blast的程式裡有，直接使用就行。

那麼好，我們就開始吧。

假設我們有一個核酸序列資料庫，這裡的資料庫指的就是很多條核酸序列

我這裡的檔案名為"Nuc.fasta"。

dustmasker -in Nuc.fasta -infmt fasta -parse_seqids -outfmt maskinfo_asn1_bin -out Nuc_all.asnb
           

• 參數說明
• in:輸入的檔案。之前說過，我的資料庫檔案名是"Nuc.fasta"。
• -infmt:輸入檔案的格式
• -parse_seqids:解析序列的id，這個隻需要提供參數，不要提供檔案名
• -outfmt:輸出檔案的格式，直接填寫即可`maskinfo_asnl_bin`即可。
• out：輸出檔案的檔案名。

如果怕差錯的話，直接複制，然後修改輸入檔案和輸出檔案即可，其它不用修改。

1.2 建立資料庫

使用

makeblastdb

建立資料庫。以下是指令

makeblastdb -in Nuc.fasta -input_type fasta -dbtype nucl -parse_seqids  -mask_data NucDatsBase.asnb -out Nuc_all 
           

• 參數解釋
• in:原本我們資料庫的檔案
• input_type:輸入檔案的格式，很明顯，我這裡是fasta格式
• dbtype:表示資料庫的類型，我這裡是核酸資料庫。
• mask_data:使用上一個步驟建立的檔案
• out:輸出檔案

這裡注意，一旦運作成功，就會建立很多個檔案，最要用檔案夾儲存起來。 

好了，到現在就建立完了。那麼，就可以比對了。

2.比對

這裡使用

blastn

使用剛剛建立的資料庫進行比對。

指令是；

blastn -db ../Nuc.fasta -query ../../seq.fasta  -out result_1 -index_name ../NucDataBase/Nuc_all.asnb 
           

• 參數解釋
• -db：原本資料庫的檔案
• query：需要比對的檔案
• out:輸出檔案
• index_name：之前建立的索引檔案。

這裡要注意,如果沒有提供

index_name

檔案，就會出現标題所展示的問題。