【blast安裝及使用】如何在Linux配置blast做序列對比

  下載下傳檔案路徑：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

  選擇預編譯的linux版本

下載下傳指令

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
           

對文檔解壓

tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
           

将其移至自己想要的安裝目錄中

mv ncbi-blast-2.2.30+ 自己的目錄路徑 # 移動
cd 自己的目錄路徑                    # 進入本地程序安裝路徑
mv ncbi-blast-2.2.30+ blast        # 修改目錄名
           

需要将blast+的路徑加入到環境變量中，友善以後的調取

可以用 vim 編輯器，在 ~/.bashrc檔案 輸入如下所示：

按 i 進入輸入模式，在最後加入以下行：

export PATH=自己的路徑:$PATH
           

按 esc 退出輸入模式，進入指令模式。輸入 :wq 儲存并退出

使之生效

source ~/.bashrc
           

驗證

blastn -version
           

參考文獻

[1]生信基礎 | 使用BLAST進行序列比對

[2]Linux安裝blast+及使用

[3]Linux解壓檔案出現錯誤

[4]Linux下BLAST的安裝與使用

[5]Ubuntu 下Blast+工具的安裝與環境配置