2021.3.20丨Cutadapt資料統計腳本

• 摘要
  • 在使用sRNAnalyzer分析miRNA時，會調用到Cutadapt進行去接口。該過程的結果也将通過報告被記錄下來。然而，報告作為單個樣品的結果統計，沒有對所有樣品進行彙總，不友善客戶統計檢視。是以，我寫了一個簡單的統計腳本，用于抓取Cutadapt結果報告裡的基本資訊。
  • 需要擷取的基本資訊

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• 材料與方法
  • python版本：Python 3.8.5
• 使用代碼

  • import re
    import os
    newfile_name = 'Cutadapt_stat.txt' #生成輸出檔案夾名
    newfile = open(newfile_name,'w') #打開輸出檔案夾，準備錄入資訊
    for root,dirs,files in os.walk(r"./"): #讀取目前路徑所有檔案
    for file in files:
    if ".trimmed_Cutadapt.report" in file:
    #篩選檔案名并且擷取檔案路徑
    #print(os.path.join(root,file))檢視路徑名是否正确
    cutadapt_file = open(os.path.join(root,file),'r')#打開檔案
    genome_line = cutadapt_file.readlines() #按行讀取檔案，我們需要的資料在8-11行
    total_reads = genome_line[7].split(" ") #python第一行為genome_line[0],同時使用.split對注釋和數字進行分割，下同
    total_reads = total_reads[-1].replace('\n','') #過濾數值後的換行符
    total_adapters = genome_line[8].split(" ")
    too_short = genome_line[9].split(" ")
    Pass_filters = genome_line[10].split(" ")
    file_name = file.replace('.trimmed_Cutadapt.report','')
    result_stat = file_name+"\t"+total_reads+"\t"+total_adapters[-2]+"\t"+too_short[-2]+"\t"+Pass_filters[-2]+"\n"
    #print(result_stat) ，列印樣品統計結果
    newfile.write(result_stat)
    newfile.close()
    fastp_file.close()
               

• 結果展示
  • 統計結果

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  • 然後直接粘貼報告裡面

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  • 如果樣品少的話一行一行複制粘貼也可以，不過寫一個腳本才算是一勞永逸。另外，這個統計結果沒有加title是因為結題報告裡有表格和title，隻需要把各樣品結果統計粘貼上去即可。當然，如果需要的話可以自行添加。