2020.9.2丨遺傳圖譜産品類型

• 建庫測序分析
  • 重測序遺傳圖譜
    • 分析流程
      • 流程圖

        

    • 重測序圖譜劃bin原理
      • 概念
        • 把在所有個體中均沒有發生 重組的SNP劃分到一個區塊中，然後以該區塊作為一個标記進行圖譜建構 分析，極大的簡輕了分析的工作量。
      • 劃bin過程
        • Step1：根據SNP分型，确定每個樣品染色體區段的親本來源；
        • Step2：當出現親本來源改變，則改變發生的地方為重組斷點，每條 染色體上斷點之間為一個block；
        • Step3：将所有樣品的染色體進行線性比較，以每個重組斷點為界将 所有樣品的染色體劃分為若幹個區域，每個區域即為bin。 
      • 特點
        • 所有個體在bin内均沒有重組發生。
        • bin的長度在幾十kb到1-2Mb，是以無論開發的SNP有多少，在一定的群 體規模下，上圖的bin數目變化不大。
    • 測序方案及送樣要求
      • 測序方案

        

      • 送樣要求
        • DNA樣品 濃度：≥30ng/µl 總量：≥2µg 純度：OD260/280=1.7-2.2 電泳要求：主帶清晰，無降解或輕度降解。
        • 組織樣品 植物：1g新鮮葉片 動物：新鮮肌肉、肝髒組織0.5-1g，血液1.5m
    • 成功案例
      • 水稻亞種基因組測序與重組群體遺傳分析揭示地域性産量 與品質相關的遺傳位點 發表期刊：BMC Biology 影響因子：6.72（2018） 合作機關：沈陽農業大學水稻研究所
  • SLAF遺傳圖譜
    • 分析流程
      • 流程圖

        

    • 預實驗
      • 在正式進行SLAF建庫測序前，需對待測物種的基因組進行酶切位點序列分析，并給出多種酶切組合方案供選，以完成合同簽訂的标簽數目。 然後以酶切方案對小部分樣品進行實際分子實驗、測序、分析，并根據最終的分析的結果，确定最優的方案
      • 電子預實驗
        • 根據序列數目确定獲得多少slaf片段
      • 分子實驗
      • 無參物種如何做電子酶切？
        • a. 近緣物種基因組;
        • b. 基因組的GC含量、重複序列相似的物種
      • 什麼情況下需做預實驗？
        • a. 沒做過的物種;
        • b. 做過的物種，但沒做過的标簽數
      •  預實驗怎麼做？
        • a. 電子酶切選擇3種符合合同标簽數的酶切組合（可能是單酶切或者雙酶切）
        • b. 選擇2個親本和5個子代進行SLAF建庫+測序+分析（3種酶切方案均做）
        • c. 選擇1種最優方案，該方案能夠保證達到合同标簽數，能夠盡量保證分子标記開發的密度均勻。
    • SLAF标簽開發
      • 有參物種分析：将測序reads比對到參考基因組上，雙端比對到同一個位置的reads視為同一個SLAF标簽
    • 測序方案及送樣要求
      • 測序方案

        

      • 送樣要求
        • DNA樣品 濃度：≥20ng/µl 總量：≥2µg 純度：OD260/280=1.7-2.2 電泳要求：主帶清晰，無降解或輕度降解
        • 組織樣品 植物：0.5-1g新鮮葉片 動物：新鮮肌肉、肝髒組織0.25-0.5g，血液1.5ml
    • 成功案例
      • 黃瓜持綠基因突變使其産生長久的廣譜抗病性
  • 轉錄組遺傳圖譜
    • 分析流程

      

      • 流程圖

        

    • 測序方案及送樣要求
      • 測序方案
        • 親本資料量6G
        • 子代資料量4G
      • 送樣要求
        • RNA樣品 濃度：≥50ng/µl 總量：≥3µg 純度：OD260/280≥1.8，OD260/230 ≥0.5 RNA完整性：動物RIN≥7.0；植物RIN≥6.5；28S/18S≥1.0；圖譜基線無上 擡；5S峰正常。 
        • 組織樣品 普通樣品0.6g以上，RNA含量少的花、果實等組織需要加量送。
    • 成功案例
      • RNA遺傳圖譜定位甜瓜果實品質相關基因
• 純分析
  • 原始資料的從頭分析
  • SNP資料
  • 已分型資料
• 總結表
  • 黃色重點